Sökning: onr:"swepub:oai:research.chalmers.se:5e2b7184-a284-4ed1-9fe5-1ef9ce360f85" >
Improved software d...
-
Bengtsson-Palme, Johan,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Physiology
(författare)
Improved software detection and extraction of ITS1 and ITS2 from ribosomal ITS sequences of fungi and other eukaryotes for analysis of environmental sequencing data
- Artikel/kapitelEngelska2013
Förlag, utgivningsår, omfång ...
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:research.chalmers.se:5e2b7184-a284-4ed1-9fe5-1ef9ce360f85
-
https://research.chalmers.se/publication/180760URI
-
https://doi.org/10.1111/2041-210X.12073DOI
-
https://gup.ub.gu.se/publication/180760URI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-210224URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Anmärkningar
-
The nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region is the primary choice for molecular identification of fungi. Its two highly variable spacers (ITS1 and ITS2) are usually species specific, whereas the intercalary 5.8S gene is highly conserved. For sequence clustering and blast searches, it is often advantageous to rely on either one of the variable spacers but not the conserved 5.8S gene. To identify and extract ITS1 and ITS2 from large taxonomic and environmental data sets is, however, often difficult, and many ITS sequences are incorrectly delimited in the public sequence databases. We introduce ITSx, a Perl-based software tool to extract ITS1, 5.8S and ITS2 – as well as full-length ITS sequences – from both Sanger and high-throughput sequencing data sets. ITSx uses hidden Markov models computed from large alignments of a total of 20 groups of eukaryotes, including fungi, metazoans and plants, and the sequence extraction is based on the predicted positions of the ribosomal genes in the sequences. ITSx has a very high proportion of true-positive extractions and a low proportion of false-positive extractions. Additionally, process parallelization permits expedient analyses of very large data sets, such as a one million sequence amplicon pyrosequencing data set. ITSx is rich in features and written to be easily incorporated into automated sequence analysis pipelines. ITSx paves the way for more sensitive blast searches and sequence clustering operations for the ITS region in eukaryotes. The software also permits elimination of non-ITS sequences from any data set. This is particularly useful for amplicon-based next-generation sequencing data sets, where insidious non-target sequences are often found among the target sequences. Such non-target sequences are difficult to find by other means and would contribute noise to diversity estimates if left in the data set.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Ryberg, Martin,1976Uppsala universitet,Systematisk biologi(Swepub:uu)marry118
(författare)
-
Hartmann, MartinEidgenossische Forschungsanstalt fur Wald, Schnee Und Landschaft Eth-Bereichs,Forschungsanstalt Agroscope Reckenholz-Tanikon
(författare)
-
Branco, SaraUniversity of California
(författare)
-
Wang, Zheng,1980Yale University(Swepub:cth)wzheng
(författare)
-
Godhe, Anna,1967Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xgodan
(författare)
-
De Wit, Pierre,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xdewpi
(författare)
-
Sánchez-García, MarisolUniversity of Tennessee
(författare)
-
Ebersberger, IngoJohann Wolfgang Goethe Universität Frankfurt am Main,Goethe University Frankfurt
(författare)
-
Sousa, Filipe de,1982Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xdesfi
(författare)
-
Amend, Anthony S.University of Hawaii
(författare)
-
Jumpponen, AriKansas State University
(författare)
-
Unterseher, MartinUniversität Greifswald,University of Greifswald
(författare)
-
Kristiansson, Erik,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics(Swepub:gu)xkrier
(författare)
-
Abarenkov, KessyTartu Ülikool,University of Tartu
(författare)
-
Bertrand, YannGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xberya
(författare)
-
Sanli, Kemal,1986Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xsanlk
(författare)
-
Eriksson, Martin,1970Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)marte
(författare)
-
Vik, UnniUniversitetet i Oslo,University of Oslo
(författare)
-
Veldre, Vilmar
(författare)
-
Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xnihen
(författare)
-
Göteborgs universitetInstitutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Methods in Ecology and Evolution4:10, s. 914-9192041-210X
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Bengtsson-Palme, ...
-
Ryberg, Martin, ...
-
Hartmann, Martin
-
Branco, Sara
-
Wang, Zheng, 198 ...
-
Godhe, Anna, 196 ...
-
visa fler...
-
De Wit, Pierre, ...
-
Sánchez-García, ...
-
Ebersberger, Ing ...
-
Sousa, Filipe de ...
-
Amend, Anthony S ...
-
Jumpponen, Ari
-
Unterseher, Mart ...
-
Kristiansson, Er ...
-
Abarenkov, Kessy
-
Bertrand, Yann
-
Sanli, Kemal, 19 ...
-
Eriksson, Martin ...
-
Vik, Unni
-
Veldre, Vilmar
-
Nilsson, R. Henr ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Botanik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biologisk system ...
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Lantbruksvetensk ...
-
och Markvetenskap
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Annan lantbruksv ...
-
och Miljö och naturv ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Ekologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
visa fler...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Zoologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Datavetenskap
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
Methods in Ecolo ...
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Göteborgs universitet
-
Uppsala universitet