Sökning: onr:"swepub:oai:research.chalmers.se:d569625f-36de-459a-800a-ce14fb9f373c" >
A simple cut and st...
A simple cut and stretch assay to detect antimicrobial resistance genes on bacterial plasmids by single-molecule fluorescence microscopy
-
- Goyal, Gaurav, 1983 (författare)
- Karolinska Institute,Chalmers University of Technology,Karolinska Institutet,Karolinska University Hospital
-
- Ekedahl, Elina (författare)
- Chalmers University of Technology
-
- Nyblom, My, 1995 (författare)
- Chalmers University of Technology
-
visa fler...
-
- Krog, Jens (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Har omorganiserats,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Har omorganiserats,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics - Has been reorganised,Department of Astronomy and Theoretical Physics - Has been reorganised,Faculty of Science
-
- Frobrant, Erik (författare)
- Lunds universitet,Lund University,Lund Univ, Dept Astron & Theoret Phys, Lund, Sweden.
-
- Brander, Magnus (författare)
- Lunds universitet,Lund University,Lund Univ, Dept Astron & Theoret Phys, Lund, Sweden.
-
- Sewunet, Tsegaye (författare)
- Karolinska Institute,Karolinska Institutet
-
- Tangkoskul, Teerawit (författare)
- Mahidol University,Mahidol Univ, Fac Med, Siriraj Hosp, Bangkok, Thailand.,Siriraj Hospital
-
- Giske, Christian G. (författare)
- Karolinska Institutet,Karolinska universitetssjukhuset,Karolinska University Hospital
-
- Sandegren, Linus (författare)
- Uppsala University,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Thamlikitkul, Visanu (författare)
- Mahidol University,Mahidol Univ, Fac Med, Siriraj Hosp, Bangkok, Thailand.,Siriraj Hospital
-
- Ambjörnsson, Tobias (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Har omorganiserats,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Har omorganiserats,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics - Has been reorganised,Department of Astronomy and Theoretical Physics - Has been reorganised,Faculty of Science
-
- Westerlund, Fredrik, 1978 (författare)
- Chalmers University of Technology
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2022-06-03
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: Scientific Reports. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2045-2322 .- 2045-2322. ; 12:1
- Relaterad länk:
-
https://research.cha... (primary) (free)
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
http://dx.doi.org/10... (free)
-
https://research.cha...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
http://kipublication...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Antimicrobial resistance (AMR) is a fast-growing threat to global health. The genes conferring AMR to bacteria are often located on plasmids, circular extrachromosomal DNA molecules that can be transferred between bacterial strains and species. Therefore, effective methods to characterize bacterial plasmids and detect the presence of resistance genes can assist in managing AMR, for example, during outbreaks in hospitals. However, existing methods for plasmid analysis either provide limited information or are expensive and challenging to implement in low-resource settings. Herein, we present a simple assay based on CRISPR/Cas9 excision and DNA combing to detect antimicrobial resistance genes on bacterial plasmids. Cas9 recognizes the gene of interest and makes a double-stranded DNA cut, causing the circular plasmid to linearize. The change in plasmid configuration from circular to linear, and hence the presence of the AMR gene, is detected by stretching the plasmids on a glass surface and visualizing by fluorescence microscopy. This single-molecule imaging based assay is inexpensive, fast, and in addition to detecting the presence of AMR genes, it provides detailed information on the number and size of plasmids in the sample. We demonstrate the detection of several beta-lactamase-encoding genes on plasmids isolated from clinical samples. Furthermore, we demonstrate that the assay can be performed using standard microbiology and clinical laboratory equipment, making it suitable for low-resource settings.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Infektionsmedicin (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Infectious Medicine (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Goyal, Gaurav, 1 ...
-
Ekedahl, Elina
-
Nyblom, My, 1995
-
Krog, Jens
-
Frobrant, Erik
-
Brander, Magnus
-
visa fler...
-
Sewunet, Tsegaye
-
Tangkoskul, Teer ...
-
Giske, Christian ...
-
Sandegren, Linus
-
Thamlikitkul, Vi ...
-
Ambjörnsson, Tob ...
-
Westerlund, Fred ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Infektionsmedici ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
- Artiklar i publikationen
-
Scientific Repor ...
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet
-
Lunds universitet