Sökning: onr:"swepub:oai:research.chalmers.se:dc539b6a-8baa-4019-a629-5d14ef6ef3be" >
A Gene Co-Expressio...
A Gene Co-Expression Network-Based Drug Repositioning Approach Identifies Candidates for Treatment of Hepatocellular Carcinoma
-
- Yuan, Meng (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Shong, Koeun (författare)
- Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Li, Xiangyu (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Bash Biotech Inc, 600 West Broadway,Suite 700, San Diego, CA 92101 USA.,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
visa fler...
-
- Ashraf, Sajda (författare)
- Heka Lab, Sk 4 Heka Human Plaza Umraniye, TR-34774 Istanbul, Turkey.
-
- Shi, Mengnan (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Kim, Woonghee (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Nielsen, Jens B, 1962 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,BioInnovation Institute (BII),Chalmers Univ Technol, Dept Biol & Biol Engn, SE-41296 Gothenburg, Sweden.;BioInnovat Inst, DK-2200 Copenhagen, Denmark.
-
- Turkez, Hasan (författare)
- Atatürk Üniversitesi,Atatürk University,Ataturk Univ, Fac Med, Dept Med Biol, TR-25240 Erzurum, Turkey.
-
- Shoaie, Saeed, 1985 (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Kings Coll London, Fac Dent, Ctr Host Microbiome Interact, London SE1 9RT, England.,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH),King's College London
-
- Uhlén, Mathias (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH)
-
- Zhang, C. (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Zhengzhou Univ, Sch Pharmaceut Sci, Key Lab Adv Drug Preparat Technol, Minist Educ, Zhengzhou 450001, Peoples R China.,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH),Zhengzhou University
-
- Mardinoglu, Adil, 1982 (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Kings Coll London, Fac Dent, Ctr Host Microbiome Interact, London SE1 9RT, England.,Kungliga Tekniska Högskolan (KTH),Royal Institute of Technology (KTH),King's College London
-
- Shong, Ko Eun (författare)
- KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2022-03-19
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: Cancers. - : MDPI AG. - 2072-6694. ; 14:6
- Relaterad länk:
-
https://research.cha... (primary) (free)
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.3...
-
https://research.cha...
-
https://doi.org/10.3...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Hepatocellular carcinoma (HCC) is a malignant liver cancer that continues to increase deaths worldwide owing to limited therapies and treatments. Computational drug repurposing is a promising strategy to discover potential indications of existing drugs. In this study, we present a systematic drug repositioning method based on comprehensive integration of molecular signatures in liver cancer tissue and cell lines. First, we identify robust prognostic genes and two gene co-expression modules enriched in unfavorable prognostic genes based on two independent HCC cohorts, which showed great consistency in functional and network topology. Then, we screen 10 genes as potential target genes for HCC on the bias of network topology analysis in these two modules. Further, we perform a drug repositioning method by integrating the shRNA and drug perturbation of liver cancer cell lines and identifying potential drugs for every target gene. Finally, we evaluate the effects of the candidate drugs through an in vitro model and observe that two identified drugs inhibited the protein levels of their corresponding target genes and cell migration, also showing great binding affinity in protein docking analysis. Our study demonstrates the usefulness and efficiency of network-based drug repositioning approach to discover potential drugs for cancer treatment and precision medicine approach.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmaceutiska vetenskaper (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Pharmaceutical Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Nyckelord
- Hepatocel-lular carcinoma (HCC)
- Co-expression network
- Systems biology
- Survival analysis
- Drug repositioning
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
Cancers
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Yuan, Meng
-
Shong, Koeun
-
Li, Xiangyu
-
Ashraf, Sajda
-
Shi, Mengnan
-
Kim, Woonghee
-
visa fler...
-
Nielsen, Jens B, ...
-
Turkez, Hasan
-
Shoaie, Saeed, 1 ...
-
Uhlén, Mathias
-
Zhang, C.
-
Mardinoglu, Adil ...
-
Shong, Ko Eun
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Farmaceutiska ve ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Cancers
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Kungliga Tekniska Högskolan