Genome analysis of the sugar beet pathogen Rhizoctonia solani AG2-2IIIB revealed high numbers in secreted proteins and cell wall degrading enzymes

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:slubar.slu.se:81037" > Genome analysis of ...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Andersson, LouiseSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology,Syngenta Seeds AB (författare)

Genome analysis of the sugar beet pathogen Rhizoctonia solani AG2-2IIIB revealed high numbers in secreted proteins and cell wall degrading enzymes

Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2016-03-17
Springer Science and Business Media LLC,2016
BioMed Central,2024

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:slubar.slu.se:81037
https://res.slu.se/id/publ/81037URI
https://doi.org/10.1186/s12864-016-2561-1DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Background: Sugar beet (Beta vulgaris) is a crop cultivated for its high content in sugar, but it is vulnerable to many soil-borne pathogens. One of them is the basidiomycete Rhizoctonia solani. This fungal species has a compatibility system regulating hyphal fusions (anastomosis). Consequently, R. solani species are categorized in anastomosis groups (AGs). AG2-2IIIB isolates are most aggressive on sugar beet. In the present study, we report on the draft genome of R. solani AG2-2IIIB using the Illumina technology. Genome analysis, interpretation and comparative genomics of five sequenced R. solani isolates were carried out. Results: The draft genome of R. solani AG2-2IIIB has an estimated size of 56.02 Mb. In addition, two normalized EST libraries were sequenced. In total 20,790 of 21,980 AG2-2IIIB isotigs (transcript isoforms) were mapped on the genome with more than 95 % sequence identity. The genome of R. solani AG2-2IIIB was predicted to harbor 11,897 genes and 4908 were found to be isolate-specific. R. solani AG2-2IIIB was predicted to contain 1142 putatively secreted proteins and 473 of them were found to be unique for this isolate. The R. solani AG2-2IIIB genome encodes a high number of carbohydrate active enzymes. The highest numbers were observed for the polysaccharide lyases family 1 (PL-1), glycoside hydrolase family 43 (GH-43) and carbohydrate estarase family 12 (CE-12). Transcription analysis of selected genes representing different enzyme clades revealed a mixed pattern of up-and down-regulation six days after infection on sugar beets featuring variable levels of resistance compared to mycelia of the fungus grown in vitro. Conclusions: The established R. solani AG2-2IIIB genome and EST sequences provide important information on the gene content, gene structure and transcriptional activity for this sugar beet pathogen. The enriched genomic platform provides an important platform to enhance our understanding of R. solani biology.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Tzelepis, GeorgiosSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology(Swepub:slu)46953 (författare)
Fogelqvist, JohanSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology(Swepub:slu)46819 (författare)
Dixelius, ChristinaSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtbiologi,Department of Plant Biology(Swepub:slu)48572 (författare)
Sveriges lantbruksuniversitetInstitutionen för växtbiologi (creator_code:org_t)
Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

Ingår i:BMC Genomics: Springer Science and Business Media LLC171471-2164

Internetlänk

Hitta via bibliotek

BMC Genomics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Andersson, Louis ...; Tzelepis, Georgi ...; Fogelqvist, Joha ...; Dixelius, Christ ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Utvecklingsbiolo ...

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Bioteknologi med ...; och Växtbioteknologi

Artiklar i publikationen: BMC Genomics

Av lärosätet: Sveriges Lantbruksuniversitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se