| 11. |
|
|
| 12. |
- Ranlund, Åsa, et al.
(author)
-
Metodbeskrivning : 2020 års inventeringar av gräsmarker och lövskogar
- 2021
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- En generell stickprovsdesign, inom vilken det går att inventera både vanliga och ovanliga fenomen på såväl nationell som regional nivå, utvecklades under 2019 och 2020. Under 2020 har den nya stickprovsdesignen använts för inventeringar av gräsmarker och lövskogar med syfte att förbättra nationella data på naturtyper med höga naturvärden, dvs. naturtyper som uppfyller kriterierna för EU:s art- och habitatdirektivs annex 1, samtidigt som vanligare naturtyper följdes där behov funnits för att komplettera befintliga data. I den här rapporten redovisar vi metodiken vi utvecklat för flygbilds- och fältinventeringarna samt hur urval av trakter till stickprov och provytor för fältbesök gått till.För gräsmarks- och lövskogsinventeringarna gjordes först ett gemensamt så kallat balanserat urval för att slumpmässigt välja ut trakter ur urvalsramen till stickprov. Sedan klassades alla provytor inom de utvalda trakterna i en flygbildsinventering till både lövskogs- och gräsmarksklasser. Utifrån de flygbildsinventerade klasserna skapades urvalsklasser separat för gräsmarks- respektive lövskogsinventeringen. Urvalsklasserna användes sedan för att välja ut provytor för fältbesök, ett urval som gjordes för gräsmarks- respektive lövskogsinventeringen oberoende av varandra.Metodiken för flygbildsinventering utvecklades för att gräsmarks- och lövskogsinventeringarna skulle kunna använda stora stickprov, i linje med den nya stickprovsdesignen. En viktig princip vid flygbildsinveteringen var överklassning, dvs att provytor inkluderades där klassningen var osäker. Detta för att säkerställa att alla gräsmarker och lövskogar inom inventeringarnas respektive ramverk hade möjlighet att ingå så att det statistiska kravet för stickprovsdesignen var uppfyllda. Provytor som utifrån flygbildsinventeringen helt säkert inte innehöll eftersökta naturtyper behövde inte besökas i fält vilket gjorde att fältbesöken fokuserades till provytor av intresse för gräsmarks- eller lövskogsinventeringarna. Det minskade kostnaden för fältbesök och vi kunde använda större stickprov. Sammantaget flygbildsinventerades över 137 000 provytor fördelat på 701 trakter inför fältinventeringen 2020.För fältinventeringen inom gräsmarks- och lövskogsinventeringarna introducerades flera nyheter jämfört med tidigare inventeringar för att samla in mer data på bl.a. naturtypers kvalitet. Varje delyta klassades t.ex. till en naturtyp oavsett om den uppfyller kravet för att bli klassad som en annex 1-naturtyp. Utöver det registrerades ett antal kvalitetsvariabler som visar vilka kriterier för annex 1 som är uppfyllda eller inte. Det gör att det går att jämföra areal och statusvariabler för en annex 1-naturtyp) med areal och statusvariabler av motsvarande naturtyp med låga naturvärden (dvs. där annex 1-kriterierna inte är uppfyllda). 1763 provytor fördelat på 187 trakter slumpades ut för att inventeras i fält 2020. Av dem inventerades 64 provytor 2021 eftersom de inte hanns med säsongen 2020.Eftersom antalet trakter är den viktigaste faktorn i att bestämma precisionen i skattningarna så vill vi inte minska antalet trakter eftersom det ökar osäkerheten i skattningarna. För att effektivisera inventeringarna arbetar vi därför med två olika angreppssätt för en viss stickprovstäthet. Dels vill vi förbättra möjligheten att korrekt kunna utesluta provytor, och ibland hela trakter, från fältbesök genom att förbättra flygbildsinventeringen. Det kan t.ex. handla om att minska överklassningen, genom att göra kriterierna för klasserna snävare . Under det första inventeringsåret 2020 tog det lite längre tid att inventera en trakt i fält än vad som var önskvärt. För att minska fälttiden kan vi därför behöva minska antalet provytor som vi inventerar per trakt alternativt förenkla fältmetodiken per provyta. Fältinsatsen kan också bli effektivare genom att inventering av smala linjära objekt, som åker- och vägrenar, görs genom en linjekorsningsinventering istället för via gräsmarks- och lövskogsinventeringarnas provytor. För lövskogsinventeringen 2020 var ålderskriteriet >30 år . Ett sätt att fokusera denna inventering mot naturtyper av större intresse är att höja ålderskriteriet så att inventeringen riktas mer mot äldre lövskogar. Utöver färre provytor skulle det antagligen också leda till att vi behöver besöka färre trakter inom lövskogsinventeringen. Nackdelen blir förstås att inventeringen inte inkluderar yngre skogar, så det är ett beslut som bör tas utifrån vilka frågeställningar som ska besvaras och hur prioriteringen ser ut för vilka data som ska samlas in.För att kunna ta tillvara de möjligheter som den nya stickprovsdesignen ger har vi utvecklat ny metodik för flygbildsinventering av stora stickprov inom gräsmarks- och lövskogsinventeringarna. Det förbättrar våra möjligheter att möta kraven på tillfredställande data även för mer ovanliga naturtyper. För att möta de ökade kraven på data till artikel 17-rapporteringen har vi också utvecklat och omprioriterat fältinventeringen. 2020 var det första året för gräsmarks- och lövskogsinventeringarna. Redan då fanns allt på plats men många delar behöver utvecklas vidare för att ytterligare effektivisera dem.
|
|
| 13. |
- Schlebusch, Carina, 1977-, et al.
(author)
-
Khoe-San Genomes Reveal Unique Variation and Confirm the Deepest Population Divergence in Homo sapiens
- 2020
-
In: Molecular biology and evolution. - : Oxford University Press (OUP). - 0737-4038 .- 1537-1719. ; 37:10, s. 2944-2954
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The southern African indigenous Khoe-San populations harbor the most divergent lineages of all living peoples. Exploring their genomes is key to understanding deep human history. We sequenced 25 full genomes from five Khoe-San populations, revealing many novel variants, that 25% of variants are unique to the Khoe-San, and that the Khoe-San group harbors the greatest level of diversity across the globe. In line with previous studies, we found several gene regions with extreme values in genome-wide scans for selection, potentially caused by natural selection in the lineage leading to Homo sapiens and more recent in time. These gene regions included immunity-, sperm-, brain-, diet-, and muscle-related genes. When accounting for recent admixture, all Khoe-San groups display genetic diversity approaching the levels in other African groups and a reduction in effective population size starting around 100,000 years ago. Hence, all human groups show a reduction in effective population size commencing around the time of the Out-of-Africa migrations, which coincides with changes in the paleoclimate records, changes that potentially impacted all humans at the time.
|
|
| 14. |
- Schlebusch, Carina, 1977-, et al.
(author)
-
Southern African ancient genomes estimate modern human divergence to 350,000 to 260,000 years ago
- 2017
-
In: Science. - : American Association for the Advancement of Science (AAAS). - 0036-8075 .- 1095-9203. ; 358:6363, s. 652-655
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Southern Africa is consistently placed as a potential region for the evolution of Homo sapiens We present genome sequences, up to 13x coverage, from seven ancient individuals from KwaZulu-Natal, South Africa. The remains of three Stone Age hunter-gatherers (about 2000 years old) were genetically similar to current-day southern San groups, and those of four Iron Age farmers (300 to 500 years old) were genetically similar to present-day Bantu-language speakers. We estimate that all modern-day Khoe-San groups have been influenced by 9 to 30% genetic admixture from East Africans/Eurasians. Using traditional and new approaches, we estimate the first modern human population divergence time to between 350,000 and 260,000 years ago. This estimate increases the deepest divergence among modern humans, coinciding with anatomical developments of archaic humans into modern humans, as represented in the local fossil record.
|
|
| 15. |
- Seipel, Peter, et al.
(author)
-
Spionchips kontrollerar dig
- 2004. - 7
-
Other publication (pop. science, debate, etc.)abstract
- Peter Seipel, Kia Höök, Gunnar Sjödin, Markus Bylund, Olle Olsson, Helena Andersson, Anders R Olsson
|
|
| 16. |
- Sjödin, Paula, et al.
(author)
-
Re-evaluation of receptor–ligand interactions of the human neuropeptide Y receptor Y1 : a site-directed mutagenesis study
- 2006
-
In: Biochemical Journal. - 0264-6021 .- 1470-8728. ; 1:393, s. 161-169
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Interactions of the human NPY (neuropeptide Y) receptor Y1 with the two endogenous agonists NPY and peptide YY and two non-peptide antagonists were investigated using site-directed mutagenesis at 17 positions. The present study was triggered by contradictions among previously published reports and conclusions that seemed inconsistent with sequence comparisons across species and receptor subtypes. Our results show that Asp287, at the border between TM (transmembrane) region 6 and EL3 (extracellular loop 3) influences peptide binding, while two aspartic residues in EL2 do not, in agreement with some previous studies but in disagreement with others. A hydrophobic pocket of the Y1 receptor consisting of Tyr100 (TM2), Phe286 (TM6) and His298 (EL3) has been proposed to interact with the amidated C-terminus of NPY, a theory that is unsupported by sequence comparisons between Y1, Y2 and Y5. Nevertheless, our results confirm that these amino acid residues are critical for peptide binding, but probably interact with NPY differently than proposed previously. Studies with the Y1-selective antagonist SR120819A identified a new site of interaction at Asn116 in TM3. Position Phe173 in TM4 is also important for binding of this antagonist. In contrast with previous reports, we found that Phe173 is not crucial for the binding of BIBP3226, another selective Y1 receptor antagonist. Also, we found that position Thr212 (TM5) is important for binding of both antagonists. Our mutagenesis results and our three-dimensional model of the receptor based on the high-resolution structure of bovine rhodopsin suggest new interactions for agonist as well as antagonist binding to the Y1 receptor.
|
|
| 17. |
- Škerlová, Jana, et al.
(author)
-
Structural and functional analysis of the inhibition of equine glutathione transferase A3-3 by organotin endocrine disrupting pollutants
- 2021
-
In: Environmental Pollution. - : Elsevier BV. - 0269-7491 .- 1873-6424. ; 268
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Organotin compounds are highly toxic environmental pollutants with neurotoxic and endocrinedisrupting effects. They are potent inhibitors of glutathione transferases (GSTs), thus impeding their detoxication and antioxidant functions. Several GSTs, including equine GST A3-3 (EcaGST A3-3), exhibit steroid double-bond isomerase activity and are involved in the biosynthesis of testosterone and progesterone. We have performed enzyme kinetics analyses of the inhibition of EcaGST A3-3 by organotin compounds. We have also solved crystal structures of EcaGST A3-3 in complexes with glutathione, and with glutathione together with covalently bound triethyltin. Our structural data indicate that the tin atom forms strong bonds with a covalent character not only with the glutathione, but also with a tyrosyl residue of the enzyme itself, thereby preventing the release of the glutathione-organotin adduct and completely blocking the enzyme function. This work presents a structural basis for the general mechanism of GST inhibition by organotin compounds and contributes to the understanding of their neurotoxic and endocrine disrupting effects.
|
|
| 18. |
- Škerlová, Jana, et al.
(author)
-
Structure and steroid isomerase activity of Drosophila glutathione transferase E14 essential for ecdysteroid biosynthesis
- 2020
-
In: FEBS Letters. - : Wiley. - 0014-5793 .- 1873-3468. ; 594:7, s. 1187-1195
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Ecdysteroids are critically important for the formation of the insect exoskeleton. Cholesterol is a precursor of ecdysone and its active form 20-hydroxyecdysone, but some steps in the ecdysteroid biosynthesis pathway remain unknown. An essential requirement of glutathione (GSH) transferase GSTE14 in ecdysteroid biosynthesis has been established in Drosophila melanogaster, but its function is entirely unknown. Here, we have determined the crystal structure of GSTE14 in complex with GSH and investigated the kinetic properties of GSTE14 with alternative substrates. GSTE14 has high-ranking steroid double-bond isomerase activity, albeit 50-fold lower than the most efficient mammalian GSTs. Corresponding steroid isomerizations are unknown in insects, and their exact physiological role remains to be shown. Nonetheless, the essential enzyme GSTE14 is here demonstrated to be catalytically competent and have a steroid-binding site.
|
|
| 19. |
- Staron, Miroslaw, 1977, et al.
(author)
-
Comparing Anomaly Detection and Classification Algorithms: A Case Study in Two Domains
- 2023
-
In: Lecture Notes in Business Information Processing. - 1865-1356 .- 1865-1348. ; 472 LNBIP, s. 121-136
-
Conference paper (peer-reviewed)abstract
- Utilizing large data sets in practical scenarios usually requires identifying, annotating and classifying rare events or anomalies. Although several methods exists, there are two classes of algorithms: anomaly detection algorithms and classification algorithms. Both types of algorithms have different characteristics and in this paper, we set out to compare them on two cases. We use data from a neurointensive care unit and from microwave radio transmissions. We apply Isolation Forest and Random Forest algorithms to find events in the data that occur with a frequency of ca. 1%. The results show that classification algorithms (Random Forest) perform better and can achieve up to 100% accuracy, while the anomaly detection algorithms (Isolation Forest) can achieve only 73% at best. Based on the results, we conclude that it is better to invest in annotating data á priori and use classification algorithms, despite the lower costs of using the anomaly detection algorithms.
|
|
| 20. |
- Wennerberg, Johan, et al.
(author)
-
Results from a prospective, randomised study on (accelerated) preoperative versus (conventional) postoperative radiotherapy in treatment of patients with resectable squamous cell carcinoma of the oral cavity : The ARTSCAN 2 study
- 2022
-
In: Radiotherapy and Oncology. - : Elsevier. - 0167-8140 .- 1879-0887. ; 166, s. 26-32
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Background and purposeAn earlier prospective randomised multicentre study (ARTSCAN) in head and neck cancer patients that compared conventionally fractionated radiotherapy (CF) with accelerated radiotherapy (AF) was inconclusive. In the subgroup of oral cavity squamous cell cancer (OCSCC) a large absolute, but not statistically significant, difference in local control was seen in favour of AF. This difference was more pronounced in resectable tumours. The finding raised the hypothesis that AF could be beneficial for OCSCC patients. In addition, the longstanding controversy on pre- or postoperative radiotherapy was addressed.Materials and methodsPatients with OCSCC, judged to withstand and likely benefit from combined therapy, were recruited. Subjects were randomised to either preoperative AF with 43 fractions given as a concomitant boost with two fractions/day to the tumour bearing volume to a total dose of 68 Gy in 4.5 weeks followed by surgery, or primary surgery with postoperative CF, total dose 60 or 66 Gy in 6–7 weeks. For patients whose tumours had high-risk features, 66 Gy and concomitant cisplatin was prescribed.Results250 patients were randomised. Median follow-up was 5 years for locoregional control (LRC) and 9 years for overall survival (OS). There were no statistically significant differences between the two treatment arms regarding LRC and OS. LRC at five years was 73% (95% CI, 65–82) in preoperative AF and 78% (95% CI, 70–85) in postoperative CF.Toxicity was more pronounced in preoperative AF.ConclusionThis study does not support that AF prior to surgery improves outcome in oral cavity cancer compared with postoperative CF.
|
|
