| 1. |
- Mäkeläinen, Suvi, et al.
(author)
-
Deletion in the Bardet-Biedl Syndrome Gene TTC8 Results in a Syndromic Retinal Degeneration in Dogs
- 2020
-
In: Genes. - : MDPI. - 2073-4425. ; 11:9
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- In golden retriever dogs, a 1 bp deletion in the canineTTC8gene has been shown to cause progressive retinal atrophy (PRA), the canine equivalent of retinitis pigmentosa. In humans,TTC8is also implicated in Bardet-Biedl syndrome (BBS). To investigate if the affected dogs only exhibit a non-syndromic PRA or develop a syndromic ciliopathy similar to human BBS, we recruited 10 affected dogs to the study. The progression of PRA for two of the dogs was followed for 2 years, and a rigorous clinical characterization allowed a careful comparison with primary and secondary characteristics of human BBS. In addition to PRA, the dogs showed a spectrum of clinical and morphological signs similar to primary and secondary characteristics of human BBS patients, such as obesity, renal anomalies, sperm defects, and anosmia. We used Oxford Nanopore long-read cDNA sequencing to characterize retinal full-lengthTTC8transcripts in affected and non-affected dogs, the results of which suggest that three isoforms are transcribed in the retina, and the 1 bp deletion is a loss-of-function mutation, resulting in a canine form of Bardet-Biedl syndrome with heterogeneous clinical signs.
|
|
| 2. |
- Alden-Joyce, Tara, et al.
(author)
-
Tanzanian Nursing Students' Experiences of Student Exchange in Sweden : A Qualitative Case Study
- 2023
-
In: Sage Open Nursing. - : Sage Publications. - 2377-9608. ; 9
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- IntroductionNeeds within healthcare are changing and nurses require new skills and knowledge in global nursing. Student exchange programs in global contexts provide an opportunity to develop the necessary skills. ObjectiveThe aim of this study was to describe Tanzanian nursing students' experiences of student exchange in Sweden. MethodsA qualitative design was used for this empirical study. Semistructured interviews were conducted with six Tanzanian nursing students who had participated in student exchange in Sweden. The participants were recruited by purposeful sampling. Inductive reasoning and qualitative content analysis were applied. ResultsFour main themes were formed; new roles, experience a new culture, establish new competencies, and global work ambitions. The findings revealed that the students experienced new approaches in Sweden, giving them new competencies and understanding. Furthermore, they increased their global perspectives on nursing and interest in working with global health issues, but they also experienced challenges in the new environment. ConclusionThe present study showed that Tanzanian nursing students benefitted from their student exchange, both personally, as well as for their future careers as nurses. More research is needed in examining nursing students from low-income countries participating in student exchange in high-income countries.
|
|
| 3. |
|
|
| 4. |
- Andersson, Elina, et al.
(author)
-
Gambling in the garden: Pesticide use and risk exposure in Ugandan smallholder farming
- 2021
-
In: Journal of Rural Studies. - : Elsevier BV. - 0743-0167. ; 82, s. 76-86
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The use and promotion of pesticides is on the increase in many sub-Saharan African countries, including in the smallholder sector. This paper stems from placed-based research in Uganda and aims at advancing current knowledge on smallholder farmers' motivations for pesticide use, the extent and character of such use, as well as on lived experiences regarding the impacts of pesticides. Data was generated through a household survey, in-depth interviews and focus group discussions with farmers, complemented by field observations and interviews with local agricultural actors. Conceptually, we draw on political ecology to link local practice to broader conditions and processes and their social-environmental outcomes. Our findings demonstrate that a large majority of farmers have resorted to pesticides as their primary strategy for pest control. Current practices entail substantial human health and environmental risks which tend to be socially differentiated, including along gender lines. Many farmers are concerned about the impacts and uncertainties surrounding pesticides, but face numerous barriers to behavioral change. While intensifying pest pressure is one such immediate barrier, our findings also suggest that deep structural forces shape farmers' adoption of pesticides and prevent adequate protective measures. Rapid market liberalization combined with poor regulation enforcement have resulted in widespread promotion of agro-chemicals and a large informal market for cheap, poor-quality products, including counterfeits. Low public spending on the agricultural sector, a malfunctioning extension system and systematic lack of development and promotion of strategies not centered on synthetic pesticides furthermore severely constrain farmers’ access to support on, and indeed options for, pest control. This lacking capacity and effort to adequately protect smallholders from pesticide exposure and ensure their ability to make informed decisions on pest management clearly places the burden of risk disproportionately on an already vulnerable group.
|
|
| 5. |
- Andersson, Elina, et al.
(author)
-
The first RT-qPCR confirmed case of tick-borne encephalitis in a dog in Scandinavia
- 2020
-
In: Acta Veterinaria Scandinavica. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0044-605X .- 1751-0147. ; 62
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Background Tick-borne encephalitis (TBE) is a zoonotic neurological disease caused by tick-borne encephalitis virus (TBEV), a flavivirus endemic in parts of Europe and Asia. Seroconversion without signs of clinical disease is common in dogs and most of the cases previously described have been tentatively diagnosed by combining neurologic signs with serum antibody titres. Here, the first Scandinavian RT-qPCR-confirmed clinical case of TBE in a dog is reported. Case presentation A 4-year old castrated male Pointer Labrador cross was presented with acute-onset ataxia. During hospitalisation, the dog developed seizures. Despite aggressive treatment with steroids, antimicrobials and sedation/anaesthesia, there was continued deterioration during the following 24 h after admission and the dog was euthanised and submitted for necropsy. Histopathological changes in the brain were consistent with lymphoplasmacytic and histiocytic meningoencephalomyelitis. RT-qPCR examination of the brain was positive for TBEV, confirming infection. Conclusions Meningoencephalomyelitis caused by TBEV should be a diagnostic consideration in dogs presenting with clinical signs of central nervous system disease such as acute-onset ataxia and seizures in areas where TBEV-positive ticks are endemic. Clinical TBE may be underdiagnosed in dogs due to lack of specific testing.
|
|
| 6. |
- Andersson, Maria, et al.
(author)
-
Transport av dräktiga djur, transport av unga djur och åldersbestämning av foster
- 2023
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- De flesta lantbruksdjur transporteras endast enstaka gånger i livet och har därför sällan möjlighet att vänja sig vid transporter på ett sätt som skulle förebygga stress och bidra till en god transportupplevelse. Att skapa förutsättningar som minimerar påverkan på djuren och underlättar drivning av djuren är därför av stor vikt. Livdjurstransport eller transport till slakt kan vara en mycket stressfylld situation för djur. EFSA har under 2022 publicerat tre olika utlåtanden om transport av nötkreatur, små idisslare och gris. EFSA har i sina utlåtanden identifierat följande relevanta välfärdsrisker: social stress i samband med omgruppering, stress då djuren hanteras av ovarsamma människor eller av människor som de inte är vana vid, stress på grund av värme eller kyla, skador, rörelsestress (orsakat av fordonets rörelser), predationsstress (specifikt hos får som drivs med hund), hunger, törst, respiratoriska problem (specifikt hos nötkreatur), begränsade rörelsemöjligheter, svårigheter att vila och sensorisk överstimulering. Sammantaget kan dessa välfärdsrisker leda till ackumulerad och hög stress, rädsla, smärta, obehag och utmattning hos djuren.Nötkreatur, grisar och får är sociala djur som lätt stressas om de separeras från sin grupp. Att ta hänsyn till deras naturliga flockbeteende genom att t.ex. inte driva djur enskilt utan i grupp (undantag för vuxna handjur som ofta behöver hanteras enskilt) är därför viktigt både före, under och efter transport. Omgrupperingar och social stress riskerar att leda till aggressioner och oönskade beteenden då djuren kan komma att skada sig själva eller varandra.Djurs tidigare erfarenheter av att bli hanterade av människor påverkar deras upplevelse och stressnivå vid hantering i samband med transport. En mer vänlig hantering av djuren tidigt i livet kan underlätta hanteringen i samband med transport. Djurens rädsla utgör en välfärdsrisk, både för djuren själva och för den transportör som ska hantera dem. Utlastningsutrymmen och drivvägar behöver vara väl designade för att få ett bra flöde när djuren lastas respektive lastas av och den som hanterar djuren behöver ha god kunskap om djurens naturliga beteenden.Hunger och törst kan uppstå hos djur under tiden från lastning till transport och urlastning. Risken för att djuren ska uppleva hunger och törst ökar med längre transporttider. Unga djur har ett naturligt tätare födointag vilket man kan behöva ta hänsyn till vid transport genom att erbjuda djuren möjlighet att äta och dricka oftare än äldre djur. I nuläget finns det inga optimala lösningar på hur man ska kunna tillgodose behovet av vatten eller annan utfodring på transport då intaget även påverkas av stress och sociala faktorer utöver vana vid utrustningen.Djurtätheten på transportfordonet är en viktig faktor som påverkar djurens möjligheter att hålla balansen och att kunna ligga ned och vila, men även risken för skador och död. Behovet av att kunna ligga ned under transport ökar med transportens längd och huruvida djuren ligger ned är kopplat till vilket utrymme som ges, där större utrymme leder till att fler djur ligger ned.Sen dräktighet räknas som ett tillstånd då det inte är lämpligt att transportera ett djur eftersom transport under denna period kan leda till negativa konsekvenser för djurets välfärd och risker för avkomman. Dräktighet innebär ökad sårbarhet både fysiskt och fysiologiskt. För dräktiga djur innebär därför den stress som förflyttning, lastning, ny miljö, okända människor, rörlig och ostabil transport, transportfordonets förutsättningar, samt avsaknad av foder och vatten under längre perioder, en större påfrestning med en ökad risk för negativa konsekvenser, än för icke-dräktiga djur. Dräktiga djur har en ökad metabolism och värmeproduktion, framförallt under sen dräktighet, vilket gör dräktiga djur mer känsliga för värmestress än icke-dräktiga djur. Vidare blir fysisk ansträngning jobbigare för det dräktiga djuret beroende både på den ökade tyngden och dess påverkan på rörelseapparaten. Även cirkulationssystemet blir mer ansträngt med en förhöjd hjärtfrekvens som följd. Vid värmestress ökar dessutom andningsfrekvensen påtagligt.Kortisol har en viktig roll i slutet av dräktigheten och för att initiera förlossning. I slutet av dräktigheten stiger kortisolnivåerna i moderdjurets blod till följd av att fostrets kortisolproduktion ökar. Förhöjda kortisolnivåer till följd av stress och fysisk ansträngning i samband med lastning, hantering, omgruppering, transport och nya miljöer kan orsaka abort eller för tidig igångsättning av förlossningen. Flera studier visar att det även finns risker under andra delar av dräktigheten. Transport ökar till exempel risken för embryonala förluster under tidig dräktighet hos gris, framför allt under vecka två till fyra, vilket är en kortisolkänslig period. För nötkreatur finns det risk för embryonala förluster vid transporter under dräktighetens första två månader och studier på får har visat på negativa effekter på lamm och ökad risk för fosterdöd vid förhöjda kortisolnivåer hos tackan. Det finns även en risk för epigenetiska effekter hos fostren vid stress hos moderdjuret, vilka kan komma att påverka avkomman senare i livet.När hondjuren ökar i vikt genom fostertillväxt och ökad volym av fostervätskor, påverkas deras rörlighet och förmåga att hålla balansen vilket kan göra att både lastning och transport försvåras samt innebära en ökad risk för halkskador och fläkningsskador. Eventuella led- och klövproblem kan dessutom förvärras eller försvåra rörelsemöjligheterna, även om uppenbar hälta inte alltid kan ses. Den ökade storleken gör att dräktiga djur kräver större plats under transporten, både för att djuren i sig är större, men också för att de ska kunna parera rörelser och hålla balansen. Dräktiga grisar minskar sin aktivitetsnivå och har större behov av att ligga ned och vila vilket behöver tillgodoses under transport.I slutet av dräktigheten, oklart exakt när, sker en uppmjukning av vävnaderna i bäckenregionen vilket är mer påtagligt för nötkreatur än för små idisslare och suggor. Uppmjukningen kvarstår även en tid efter förlossningen. Uppmjukningen ger försämrad stabilitet vid rörelse, vilket innebär risker vid både lastning och transport. Det är därför viktigt att man tar hänsyn till detta och har god tidsmarginal vid transport av dräktiga eller nyförlösta djur, så att djuren inte riskerar att transporteras under den tid som bäckenet är instabilt.Den vetenskapliga evidensen för EU:s regel om 90 % av den förväntade dräktighetstiden som gräns för transport av dräktiga djur förefaller oklar. Rådet ställer sig bakom konklusionen i EFSA:s utlåtande om transport av nötkreatur, små idisslare och gris, om att vetenskapliga belägg för den exakta nu gällande gränsdragningen saknas, samtidigt som det är tydligt att långt gången dräktighet är en riskfaktor för negativ djurvälfärd under transport. I de aktuella utlåtandena finns dock flera studier citerade som visar på sårbarhet för de dräktiga djuren och deras foster under en period som i många fall är längre än de sista 10 % av dräktighetstiden samt att det finns en ökad sårbarhet även under andra delar av dräktigheten och att både moderdjur och foster kan påverkas negativt av att transporteras.Det finns risk för att den stress som en transport innebär kan leda till att det sent dräktiga djuret aborterar eller att förlossningen sätts igång under eller strax efter transport. Då det således föreligger risker för foster och moderdjur vid transport av dräktiga djur under stora delar av dräktighetsperioden anser Rådet att transport av dräktiga djur (nötkreatur, får och gris) om möjligt bör undvikas.Vid transport av unga kalvar, smågrisar och lamm måste hänsyn tas till flera faktorer, såsom ålder, immunförsvarets utveckling, djurens allmänna hälsostatus, huruvida djuren är avvanda eller inte, social stress, etc. Unga djur är generellt känsligare än vuxna djur, och påverkas än mer av att utsättas för hunger och törst, kalla och varma transporter, och begränsade möjligheter att vila under transport. Under perioden då det passiva immunförsvaret går ned samtidigt som det aktiva immunförsvaret är under uppbyggnad är djuren extra känsliga för infektioner.Hur väl ett ungt djur klarar en transport beror bl.a. på längden på transporten (ju längre transport desto större risk för djurens välfärd), samt djurets ålder och vikt. Tiden mellan två och fyra veckor är en känslig ålder för transport av kalvar. Enligt EFSA bör inte kalvar transporteras tidigare än vid fem veckors ålder och de bör väga minst 50 kg. För lamm rekommenderas att djuren transporteras först efter avvänjning. Vidare behöver hänsyn tas till djurens behov av foder och vatten, så att deras närings- samt vätskebehov tillgodoses. Hänsyn behöver även tas till på vilket sätt de är vana vid att inta foder och vatten, och om djuret hålls på liknande sätt i transporten som de är vana vid, exempelvis i samma grupp eller tillsammans med sin mamma. Det kan vara klokt att utfodra djuren innan transport för att minska risken för hunger under transporten. Vid mjölkgiva till kalv behöver tid ges för digestion innan transport för att minska risken för diarré.Icke avvanda djur upplever en större stress runt transport än avvanda djur (vid transport utan moderdjur) och det är därför bättre att företrädesvis transportera djuren efter avvänjning. Unga djur är heller inte motoriskt färdigutvecklade, vilket kan påverka deras balans under transport samt vid på- och avlastning. Yngre djur ligger ned oc
|
|
| 7. |
- Andersson Norlén, Elina, et al.
(author)
-
Blood cultures with one venipuncture instead of two : a prospective clinical comparative single-center study including patients in the ICU, haematology, and infectious diseases departments
- 2023
-
In: Infectious Diseases. - : Taylor & Francis. - 2374-4235 .- 2374-4243. ; 55:9, s. 591-598
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Objectives: Blood culture is a key method for diagnosing bloodstream infections. In this prospective study, we aimed to investigate whether blood cultures collected with the one-puncture method results in fewer contaminants, i.e. microorganisms from the skin or the environment, and the same detection of relevant pathogens compared to the two-puncture method. Further, we aimed to investigate if the time to blood culture positivity could be useful in evaluating contaminants.Methods: Patients planned for blood cultures were asked to participate in the study. From each recruited patient, six blood culture bottles were drawn, bottles 1–4 from the first venipuncture and bottles 5–6 from the second venipuncture. Within each patient, bottles 1–4 were compared to bottles 1, 2, 5, and 6 for contaminants and relevant pathogens. A sub-analysis was conducted on patients admitted to the ICU and those in the haematology department. We also assessed time-to-positivity for coagulase-negative staphylococci.Results: In the final analysis, 337 episodes from 312 patients were included. Relevant pathogens were identified in 62/337 (18.4%) episodes in both methods. Contaminants were detected in 12 (3.6%) and 19 episodes (5.6%) using the one-puncture and two-puncture method (p =.039), respectively. Corresponding results were observed in the sub-analysis. Notably, relevant coagulase-negative staphylococci demonstrated a shorter time-to-positivity compared to contaminant coagulase-negative staphylococci.Conclusion: Blood cultures obtained using the one-puncture method resulted in significantly fewer contaminants and detected relevant pathogens equally to the two-puncture method. Time-to-positivity may be a useful additive indicator for predicting coagulase-negative staphylococci contamination in blood cultures.
|
|
| 8. |
- Björk, Albin, et al.
(author)
-
Protein and DNA methylation-based scores as surrogate markers for interferon system activation in patients with primary Sjögren's syndrome
- 2020
-
In: RMD Open. - : BMJ PUBLISHING GROUP. - 2056-5933. ; 6:1
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Objective: Standard assessment of interferon (IFN) system activity in systemic rheumatic diseases depends on the availability of RNA samples. In this study, we describe and evaluate alternative methods using plasma, serum and DNA samples, exemplified in the IFN-driven disease primary Sjogren's syndrome (pSS).Methods: Patients with pSS seropositive or negative for anti-SSA/SSB and controls were included. Protein-based IFN (pIFN) scores were calculated from levels of PD-1, CXCL9 and CXCL10. DNA methylation-based (DNAm) IFN scores were calculated from DNAm levels at RSAD2, IFIT1 and IFI44L. Scores were compared with mRNA-based IFN scores measured by quantitative PCR (qPCR), Nanostring or RNA sequencing (RNAseq).Results: mRNA-based IFN scores displayed strong correlations between B cells and monocytes (r=0.93 and 0.95, p<0.0001) and between qPCR and Nanostring measurements (r=0.92 and 0.92, p<0.0001). The pIFN score in plasma and serum was higher in patients compared with controls (p<0.0001) and correlated well with mRNA-based IFN scores (r=0.62-0.79, p<0.0001), as well as with each other (r=0.94, p<0.0001). Concordance of classification as 'high' or 'low' IFN signature between the pIFN score and mRNA-based IFN scores ranged from 79.5% to 88.6%, and the pIFN score was effective at classifying patients and controls (area under the curve, AUC=0.89-0.93, p<0.0001). The DNAm IFN score showed strong correlation to the RNAseq IFN score (r=0.84, p<0.0001) and performed well in classifying patients and controls (AUC=0.96, p<0.0001).Conclusions: We describe novel methods of assessing IFN system activity in plasma, serum or DNA samples, which may prove particularly valuable in studies where RNA samples are not available.
|
|
| 9. |
|
|
| 10. |
- Hajizadeh, Roghayeh, 1986-
(author)
-
Optimization of Snow Removal in Cities
- 2023
-
Doctoral thesis (other academic/artistic)abstract
- Removing snow in a city is an unavoidable task in Nordic countries like Sweden. A number of streets in an area need to be cleared of snow by a limited number of vehicles and the tours for the vehicles must be planned in order to minimize the time and/or cost. Since the amount of snow can vary significantly from one year to another, the plans/tours of one year cannot be used for the next year. Hence, new tours need to be planned each time. Snow removal can be done in rural or urban areas and in addition during snowfall or after a snowfall. In this thesis, we study urban snow removal after a snowfall. There are different relevant specifics of the urban snow removal problem. For instance, there are different types of streets which need different numbers of sweeps in order to remove the snow. In addition, some tasks must be done before other tasks can be started. This leads to precedence constraints. Furthermore, each vehicle needs a certain time to switch from a task to another task. The problem can be formulated as a huge time-indexed mixed integer programming which often is not directly solvable in practice. The contributions of this thesis include the study of different relaxations and heuristics to find feasible solutions and improve the bounds on the optimal objective function values which are discussed in five papers. Paper I deals with single vehicle snow removal. A branch-and-dive heuristic based on branch-and-bound principles is given in order to improve the solutions and bounds. In Paper II, feasible solutions for the snow removal problem with a limited number of identical vehicles are obtained. First, the work is broken down into smaller parts, one for each vehicle. Based on the obtained allocation, a feasible tour for each single vehicle snow removal is obtained. Finally, combined solution approaches and co-ordination of the vehicles to find a feasible solution for the original problem are discussed. In order to improve the computational efficiency, one can take advantage of the tree structure, since modern real life city networks often contain parts that are trees. In Paper III, tree parts are studied and a tree elimination procedure is given for the snow removal problem, to be used before searching for optimal tours. Two variations encountered in practice for normal streets are compared in Paper IV. The first variant is doing a middle sweep before the two side sweeps and the second one is doing only side sweeps. Paper V studies the problem from modeling perspective. The problem is formulated as a mixed integer programming model and different relaxations of it are investigated. Finally, Lagrangian relaxation of the problem is studied in Paper VI. Different possibilities for Lagrangian relaxations are investigated and subgradient optimization is used to solve the Lagrangian dual.
|
|
