| 1. |
- Andersson, Anna-Carin, et al.
(author)
-
Genetisk variation hos vildaväxter och djur i Sverige : En kunskapsöversikt om svenska arter och populationer, teori och undersökningsmetoder Genetic variation in natural populations of animals and plants in Sweden – a review of case studies, theory and some methods
- 2007
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- Sverige har genom Konventionen om biologisk mångfald förbundit sig att bevarasin biologiska mångfald (biodiversitet) på ekosystem-, art- och gennivån. Ettvanligt synsätt är att bevarandet av ekosystem och naturtyper också bevarararter och att bevarandet av arter också bevarar genetisk variation inom arterna.Det finns en ökande insikt om att bevarandet av arter inte nödvändigtvis bevarar den genetiska mångfalden inom arterna. Bevarandet av genetisk variationhar hittills fått relativt liten uppmärksamhet inom den praktiska naturvården.På senare år har en del forskare argumenterat för att bevarandearbetetkanske borde fokuseras på att försöka förhindra utdöenden av genetisktdistinkta populationer snarare än att förhindra att arter dör ut. Förespråkarnamenar att man genom att satsa på att bevara genetiskt distinkta populationerbättre bevarar en arts evolutionära potential och anpassningsförmåga. På såsätt minskar risken att arten dör ut även i ett längre tidsperspektiv.Naturvårdsverket fick ett regeringsuppdrag 2006 att ”i samråd med Statensjordbruksverk, Skogsstyrelsen, Fiskeriverket och Sveriges lantbruksuniversitet,ta fram ett nationellt handlingsprogram för bevarande av genetisk variation hosvilda växter och djur.” Den här kunskapsöversikten är en del av underlagetinom uppdraget och har två huvudmålsättningar.Den första målsättningen med kunskapsöversikten är att beskriva den genetiska variationen i svenska populationer utifrån ett antal teman. Dessa teman ärvalda för att belysa vilka generella frågeställningar och problem som i dagslägetidentifieras som betydelsefulla inom den bevarandegenetiska forskningen. Varjetemaavsnitt redovisar det internationella forskningsläget, med exempel på relevanta genetiska studier av svenska organismer.Kunskapsöversiktens andra målsättning är att göra ämnesområdet genetikmer lättillgängligt för personer som inte har arbetat med genetiska frågeställningar tidigare eller de som vill repetera den teoretiska bakgrunden. Den somhar kunskap i populationsgenetiska och evolutionära processer behöver inteläsa detta för att kunna tillgodogöra sig resten av kunskapsöversikten. Kunskapsöversiktens syfte är inte att ge en heltäckande redogörelse för allagenetiska studier som är gjorda i Sverige. Studier före 1997 finns sammanställdai två tidigare rapporter (Laikre & Ryman 1997; Lönn m.fl. 1998). Dessa rapporter är fortfarande mycket aktuella. Eftersom det sker mycket genetiskforskning i Sverige och andra länder, gör den här kunskapsöversikten inteanspråk på att samla all nyvunnen genetisk kunskap om vilda växter och djursedan 1997, utan fokus ligger på de processer som kan antas förändra dengenetiska variationen i vilda populationer utifrån ett svenskt perspektiv.Nyttan av genetisk mångfald. Genetiska skillnader mellan individer, dengenetiska variationen, utgör grunden för all evolution och anpassning. Om allaindivider av en art är genetiskt identiska sätts evolutionen ur spel, med följd attarten inte kan anpassa sig till nya situationer t.ex. de klimatförändringar somförväntas ske till följd av mänskliga utsläpp av växthusgaser. Att mäta dengenetiska variationen och sätta den i samband med evolutionär förändring och ekologisk funktion i vilda populationer är forskningsmässigt mycket krävande.Dock visar en sammanfattande studie av ett stort antal växtstudier ett tydligtsamband mellan populationsstorlek, genetisk variation och olika mått på fertilitetoch livsduglighet, och en annan att ålgräsängar bestående av flera genotypervar mindre känsliga för miljöförändringar, växte tätare och hyste fler smådjur,än genetiskt enhetliga ålgräsängar.Mänskliga aktiviteter kan ha negativa konsekvenser för den genetiskamångfalden och därmed för anpassningsförmågan. Oavsett om variationen ärtill nytta för dagens populationer vet vi inte säkert vilka egenskaper som blirnödvändiga för överlevnaden i en ny miljösituation.Genetisk utarmning av små populationer. Minskad populationsstorlek ärett problem för många djur och växter i människopåverkade områden. Små,isolerade populationer förlorar genetisk variation p.g.a. slumpmässiga, lokalaprocesser (genetisk drift), och på sikt kan även anpassningsförmågan påverkas.Undersökningar visar att många populationer är tillräckligt små och isoleradeför att påverkas av genetisk utarmning, och att utarmade populationer ofta harlägre fertilitet och överlevnadsförmåga som en följd av ökad inavel eller att värdefulla alleler gått förlorade. Enligt flera studier kan det dock räcka med ettfåtal immigranter för att motverka negativa effekter av inavel. Däremot är detsvårt att dra generella slutsatser om hur genetisk utarmning påverkar populationers långsiktiga anpassningsförmåga utifrån de få studier som hittills utförts.Genetisk mångfald efter genflöde och hybridisering. Mänskliga aktiviteterhar i många fall medfört ett ökat genutbyte mellan naturliga djur- och växtpopulationer. Ett stort eller långväga genflöde kan påverka de populationersom tar emot genflödet. Det finns flera fall där mänskliga aktiviteter ökat genflödet genom att skapa gränszoner eller ”hybridmiljöer” där genetiskt olikapopulationer eller närbesläktade arter kunnat mötas och utbyta gener medvarandra. Hos flera arter, t.ex. skogshare respektive växten gulluzern vet manatt gener från införda eller domesticerade släktingar (fälthare resp. blåluzern)spridits ut i den svenska naturen. Däremot saknar vi fortfarande kunskap omdet genflöde som sker när nyanlagda vägslänter besås med utländskt gräsfröeller när utplanterade skogsträd, fåglar och fiskar med främmande bakgrundkommer i kontakt med inhemska bestånd i Sverige. Studier av bl.a. lax visar att genflöde kan vara skadligt genom att ge upphovtill hybrider med låg fertilitet eller livskraft (utavelsdepression). I andra fall hargenflödet gått så långt att arters särprägel hotas, som i fallet med de individfattiga öländska bestånden av silverviol som lätt bildar hybrider med andraarter. Ibland har det uppstått populationer med förmåga att invadera naturligaekosystem efter det att människan underlättat hybridisering mellan närbesläktade arter. Negativa effekter av genflöde måste också beaktas när naturvårdsprojekt avser förstärka populationer genom att tillföra uppfödda individer ellerindivider från andra, avlägsna populationer.Genetiska effekter av beskattning. Många djur- och växtarter utsätts för enregelbunden beskattning i form av fiske, jakt eller skogsbruk. Beskattning förväntas bl.a. öka risken för genetisk utarmning genom att minska den genetiskteffektiva populationsstorleken. I en studie av torsk ledde lokal beskattning tillett ökat inflöde av individer (och gener) från andra populationer, med följd att även det storskaliga variationsmönstret också påverkades. Det finns flera exempel på beskattade djurpopulationer som genomgått en riktad evolutionär förändring, som ett resultat av att beskattningen varit selektiv. I flera fall har dennaförändring minskat populationens förmåga att återhämta sig. Genetisk mångfald och pågående habitat- och klimatförändringar. Lokalanpassning innebär att populationer av en art är genetiskt anpassade till olikamiljötyper. Förmågan att anpassa sig utgör populationers evolutionära potentialoch denna är generellt sett större ju mer genetisk variation som finns i en population. Det finns många exempel på svenska arter som utvecklat lokalt anpassadepopulationer i vissa miljöer, t.ex. strandsnäcka, blåmussla, sill, storspigg, spåtistel, tall, och vitklöver. Förekomsten av lokala anpassningar betyder attindivider från olika populationer inte är direkt utbytbara – lokalt anpassadepopulationer har ett bevarandevärde i sig. Lokal anpassning är därigenom enviktig aspekt vid restaurering, stödutsättning och utnyttjande av populationer.För varje typ av anpassning behövs specifik genetisk variation och hur dennavariation är fördelad inom och mellan populationer samt i hur hög grad variationen kan spridas genom genflöde är i huvudsak okänt och ett område där viktig kunskap saknas. Genetisk särprägel hos svenska populationer. Sverige har få endemiska arteroch de som finns har uppkommit i sen tid som resultat av lokala processer(hybridisering, polyploidisering). Samtidigt finns det många genetiskt särprägladepopulationer. Populationerna är olika för att de har olika ursprung och invandringsvägar eller för att de är anpassade till sin lokala miljö. Taxonomiska enheter som arter, varieteter och former, liksom indelningar i evolutionärt signifikanta enheter och skötselenheter avspeglar en genetisk differentieringsom skett inom eller utanför landet. Genetiskt skilda grupper kan vara svåra atturskilja morfologiskt (de är kryptiska) och det finns flera studier där man medhjälp av molekylära markörer kunnat upptäcka tidigare okända genetiskstruktur hos svenska arter.Lönn m.fl. (1998) framhöll att populationer med en huvudsaklig utbredning i Sverige inte är marginella ur ett genetiskt perspektiv, medan arter som harhuvudsaklig sydlig utbredning och randpopulationer i Sverige är mindre genetiskt variabla här. I många fall är svenska populationer minst lika variabla sompopulationer i områden som inte varit nedisade under den senaste istiden. Dessamönster har bekräftats av senare undersökningar. Likaså styrker senare studieratt populationer från Öland och Gotland, Östersjön med dess stränder,fjällvärlden och det gamla odlingslandskapet är genetiskt särpräglade. Varjeförlorad population innebär en risk att värdefull genetisk variation – och därmed anpassningsförmåga – också går förlorad. Eftersom den genetiska mångfalden återfinns i enskilda popul
|
|
| 2. |
- Andersson, Ulrika, et al.
(author)
-
MNS16A minisatellite genotypes in relation to risk of glioma and meningioma and to glioblastoma outcome.
- 2009
-
In: International journal of cancer. Journal international du cancer. - : Wiley. - 1097-0215 .- 0020-7136. ; 125:4, s. 968-972
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The human telomerase reverse transcriptase (hTERT) gene is upregulated in a majority of malignant tumours. A variable tandem repeat, MNS16A, has been reported to be of functional significance for hTERT expression. Published data on the clinical relevance of MNS16A variants in brain tumours have been contradictory. The present population-based study in the Nordic countries and the United Kingdom evaluated brain-tumour risk and survival in relation to MNS16A minisatellite variants in 648 glioma cases, 473 meningioma cases and 1,359 age, sex and geographically matched controls. By PCR-based genotyping all study subjects with fragments of 240 or 271 bp were judged as having short (S) alleles and subjects with 299 or 331 bp fragments as having long (L) alleles. Relative risk of glioma or meningioma was estimated with logistic regression adjusting for age, sex and country. Overall survival was analysed using Kaplan-Meier estimates and equality of survival distributions using the log-rank test and Cox proportional hazard ratios. The MNS16A genotype was not associated with risk of occurrence of glioma, glioblastoma (GBM) or meningioma. For GBM there were median survivals of 15.3, 11.0 and 10.7 months for the LL, LS and SS genotypes, respectively; the hazard ratio for having the LS genotype compared with the LL was significantly increased HR 2.44 (1.56-3.82) and having the SS genotype versus the LL was nonsignificantly increased HR 1.46 (0.81-2.61). When comparing the LL versus having one of the potentially functional variants LS and SS, the HR was 2.10 (1.41-3.1). However, functionality was not supported as there was no trend towards increasing HR with number of S alleles. Collected data from our and previous studies regarding both risk and survival for the MNS16A genotypes are contradictory and warrant further investigations.
|
|
| 3. |
- Bethke, Lara, et al.
(author)
-
CASP8 D302H and meningioma risk : an analysis of five case-control series
- 2009
-
In: Cancer Letters. - Clare : Elsevier. - 0304-3835 .- 1872-7980. ; 273:2, s. 312-315
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Caspase 8 (CASP8) is a key regulator of apoptosis or programmed cell death, and hence a defence against cancer. The CASP8 polymorphism D302H has recently been shown to influence the risk of breast cancer. We tested the hypothesis that the CASP8 polymorphism D302H may influence risk of meningioma through analysis of five independent series of case patients and controls (n=631 and 637, respectively). Carrier status for 302H was not associated with a statistically significantly increased risk (OR=1.16; 95% CI: 0.87-1.53; P=0.31) making it unlikely that this variant contributes to the inherited risk of meningioma.
|
|
| 4. |
- Bethke, Lara, et al.
(author)
-
Comprehensive analysis of DNA repair gene variants and risk of meningioma
- 2008
-
In: Journal of the National Cancer Institute. - : Oxford University Press. - 0027-8874 .- 1460-2105. ; 100:4, s. 270-276
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Background: Meningiomas account for up to 37% of all primary brain tumors. Genetic susceptibility to meningioma is well established, with the risk among relatives of meningioma patients being approximately threefold higher than that in the general population. A relationship between risk of meningioma and exposure to ionizing radiation is also well known and led us to examine whether variants in DNA repair genes contribute to disease susceptibility.Methods: We analyzed 1127 tagging single-nucleotide polymorphisms (SNPs) that were selected to capture most of the common variation in 136 DNA repair genes in five case–control series (631 case patients and 637 control subjects) from four countries in Europe. We also analyzed 388 putative functional SNPs in these genes for their association with meningioma. All statistical tests were two-sided.Results: The SNP rs4968451, which maps to intron 4 of the gene that encodes breast cancer susceptibility gene 1–interacting protein 1, was consistently associated with an increased risk of developing meningioma. Across the five studies, the association was highly statistically significant (trend odds ratio = 1.57, 95% confidence interval = 1.28 to 1.93; Ptrend = 8.95 × 10−6; P = .009 after adjusting for multiple testing).Conclusions: We have identified a novel association between rs4968451 and meningioma risk. Because approximately 28% of the European population are carriers of at-risk genotypes for rs4968451, the variant is likely to make a substantial contribution to the development of meningioma.
|
|
| 5. |
- Bethke, Lara, et al.
(author)
-
Comprehensive analysis of the role of DNA repair gene polymorphisms on risk of glioma
- 2008
-
In: Human Molecular Genetics. - : Oxford University Press. - 0964-6906 .- 1460-2083. ; 17:6, s. 800-805
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Much of the variation in inherited risk of glioma is likely to be explained by combinations of common low risk variants. The established relationship between glioma risk and exposure to ionizing radiation led us to examine whether variants in the DNA repair genes contribute to disease susceptibility. We evaluated 1127 haplotype-tagging single-nucleotide polymorphisms (SNPs) supplemented with 388 putative functional SNPs to capture most of the common variation in 136 DNA repair genes, in five unique case–control series from four different countries (1013 cases, 1016 controls). We identified 16 SNPs associated with glioma risk at the 1% significance level. The highest association observed across the five independent case–control datasets involved rs243356, which maps to intron 3 of CHAF1A (trend odds ratio, 1.32; 95% confidence interval 1.14–1.54; P = 0.0002; false-positive report probability = 0.055, based on a prior probability of 0.01). Our results provide additional support for the hypothesis that low penetrance variants contribute to the risk of developing glioma and suggest that a genetic variant located in or around the CHAF1A gene contributes to disease risk.
|
|
| 6. |
- Bethke, Lara, et al.
(author)
-
Functional polymorphisms in folate metabolism genes influence the risk of meningioma and glioma
- 2008
-
In: Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention. - : American Association for Cancer Research (AACR). - 1055-9965 .- 1538-7755. ; 17:5, s. 1195-1202
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Folate metabolism plays an important role in carcinogenesis. To test the hypothesis that polymorphic variation in the folate metabolism genes 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR), methionine synthase (MTRR), and methionine synthase reductase (MTR) influences the risk of primary brain tumors, we genotyped 1,005 glioma cases, 631 meningioma cases, and 1,101 controls for the MTHFR C677A and A1298C, MTRR A66G, and MTR A2756G variants. MTHFR C677T-A1298C diplotypes were associated with risk of meningioma (P = 0.002) and glioma (P = 0.02); risks were increased with genotypes associated with reduced MTHFR activity. The highest risk of meningioma was associated with heterozygosity for both MTHFR variants [odds ratio (OR), 2.11; 95% confidence interval (95% CI), 1.42-3.12]. The corresponding OR for glioma was 1.23 (95% CI, 0.91-1.66). A significant association between risk of meningioma and homozygosity for MTRR 66G was also observed (OR, 1.41; 95% CI, 1.02-1.94). Our findings provide support for the role of folate metabolism in the development of primary brain tumors. In particular, genotypes associated with increased 5,10-methylenetetrahydrofolate levels are associated with elevated risk.
|
|
| 7. |
- Bethke, Lara, et al.
(author)
-
The Common D302H Variant of CASP8 Is Associated with Risk of Glioma
- 2008
-
In: Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention. - : American Association for Cancer Research (AACR). - 1055-9965 .- 1538-7755. ; 17:4, s. 987-989
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Caspase 8 (CASP8) is a key regulator of apoptosis or programmed cell death, and, hence, a defense against cancer. We tested the hypothesis that the CASP8 polymorphism D302H influences risk of glioma through analysis of five series of glioma case patients and controls (n = 1,005 and 1,011, respectively). Carrier status for the rare allele of D302H was associated with a 1.37-fold increased risk (95% confidence interval, 1.10-1.70; P = 0.004). The association of CASP8 D302H with glioma risk indicates the importance of inherited variation in the apoptosis pathway in susceptibility to this form of primary brain tumor.
|
|
| 8. |
- Kiuru, Anne, et al.
(author)
-
XRCC1 and XRCC3 variants and risk of glioma and meningioma
- 2008
-
In: Journal of Neuro-Oncology. - : Springer. - 0167-594X .- 1573-7373. ; 88, s. 135-142
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Several single nucleotide polymorphisms (SNPs) affecting DNA repair capacity and modifying cancer susceptibility have been described. We evaluated the association of SNPs Arg194Trp, Arg280His, and Arg399Gln in the X-ray cross-complementing group 1 (XRCC1) and Thr241Met in the X-ray cross-complementing group 3 (XRCC3) DNA repair genes with the risk of brain tumors. The Caucasian study population consisted of 701 glioma (including 320 glioblastoma) cases, 524 meningioma cases, and 1,560 controls in a prospective population-based case-control study conducted in Denmark, Finland, Sweden, and the UK. The studied SNPs were not significantly associated with the risk of brain tumors. The highest odds ratios (ORs) for the associations were observed between the homozygous variant genotype XRCC1 Gln399Gln and the risk of glioma (OR = 1.32; 95% confidence interval, CI, 0.97-1.81), glioblastoma (OR = 1.48; 95% CI, 0.98-2.24), and meningioma (OR = 1.34; 95% CI, 0.96-1.86). However, in pair-wise comparisons a few SNP combinations were associated with the risk of brain tumors: Among others, carriers of both homozygous variant genotypes, i.e., XRCC1 Gln399Gln and XRCC3 Met241Met, were associated with a three-fold increased risk of glioma (OR = 3.18; 95% CI, 1.26-8.04) and meningioma (OR = 2.99; 95% CI, 1.16-7.72). In conclusion, no significant association with brain tumors was found for any of the polymorphisms, when examined one by one. Our results indicated possible associations between combinations of XRCC1 and XRCC3 SNPs and the risk of brain tumors.
|
|
| 9. |
- Leonhardt, Henrik, 1963, et al.
(author)
-
Endovascular management of acute bleeding arterioenteric fistulas.
- 2008
-
In: Cardiovascular and interventional radiology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1432-086X .- 0174-1551. ; 31:3, s. 542-9
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The objective of this study was to review the outcome of endovascular transcatheter repair of emergent arterioenteric fistulas. Cases of abdominal arterioenteric fistulas (defined as a fistula between a major artery and the small intestine or colon, thus not the esophagus or stomach), diagnosed over the 3-year period between December 2002 and December 2005 at our institution, were retrospectively reviewed. Five patients with severe enteric bleeding underwent angiography and endovascular repair. Four presented primary arterioenteric fistulas, and one presented a secondary aortoenteric fistula. All had massive persistent bleeding with hypotension despite volume substitution and transfusion by the time of endovascular management. Outcome after treatment of these patients was investigated for major procedure-related complications, recurrence, reintervention, morbidity, and mortality. Mean follow-up time was 3 months (range, 1-6 months). All massive bleeding was controlled by occlusive balloon catheters. Four fistulas were successfully sealed with stent-grafts, resulting in a technical success rate of 80%. One patient was circulatory stabilized by endovascular management but needed immediate further open surgery. There were no procedure-related major complications. Mean hospital stay after the initial endovascular intervention was 19 days. Rebleeding occurred in four patients (80%) after a free interval of 2 weeks or longer. During the follow-up period three patients needed reintervention. The in-hospital mortality was 20% and the 30-day mortality was 40%. The midterm outcome was poor, due to comorbidities or rebleeding, with a mortality of 80% within 6 months. In conclusion, endovascular repair is an efficient and safe method to stabilize patients with life-threatening bleeding arterioenteric fistulas in the emergent episode. However, in this group of patients with severe comorbidities, the risk of rebleeding is high and further intervention must be considered. Patients with cancer may only need treatment for the acute bleeding episode, and an endovascular approach has the advantage of low morbidity.
|
|
| 10. |
|
|
