SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-303066"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-303066" > sepal :

  • Andersson, AlmaKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab (författare)

sepal : identifying transcript profiles with spatial patterns by diffusion-based modeling

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2021-03-11
  • Oxford University Press (OUP),2021
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-303066
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-303066URI
  • https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab164DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20211005
  • Motivation: Collection of spatial signals in large numbers has become a routine task in multiple omics-fields, but parsing of these rich datasets still pose certain challenges. In whole or near-full transcriptome spatial techniques, spurious expression profiles are intermixed with those exhibiting an organized structure. To distinguish profiles with spatial patterns from the background noise, a metric that enables quantification of spatial structure is desirable. Current methods designed for similar purposes tend to be built around a framework of statistical hypothesis testing, hence we were compelled to explore a fundamentally different strategy. Results: We propose an unexplored approach to analyze spatial transcriptomics data, simulating diffusion of individual transcripts to extract genes with spatial patterns. The method performed as expected when presented with synthetic data. When applied to real data, it identified genes with distinct spatial profiles, involved in key biological processes or characteristic for certain cell types. Compared to existing methods, ours seemed to be less informed by the genes' expression levels and showed better time performance when run with multiple cores.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Lundeberg, JoakimKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi(Swepub:kth)u1qkn9kw (författare)
  • KTHGenteknologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Bioinformatics: Oxford University Press (OUP)37:17, s. 2644-26501367-48031367-48111460-2059

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Andersson, Alma
Lundeberg, Joaki ...
Om ämnet
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Biologi
och Bioinformatik oc ...
Artiklar i publikationen
Bioinformatics
Av lärosätet
Kungliga Tekniska Högskolan

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy