onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-342835"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-342835" > Towards high-throug...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Towards high-throughput parallel imaging and single-cell transcriptomics of microbial eukaryotic plankton
-
- Grujčić, Vesna, 1988- (författare)
- Stockholms universitet,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Department of Ecology, Environment and Plant Sciences, Stockholm University, Stockholm, Sweden,Institutionen för ekologi, miljö och botanik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),KTH Royal Inst Technol, Dept Gene Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Ecol Environm & Plant Sci, Stockholm, Sweden.
-
- Saarenpää, Sami (författare)
- KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Dept Gene Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Sundh, John, 1981- (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Natl Bioinformat Infrastructure Sweden, Sci Life Lab, Solna, Sweden.
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- Public Library of Science (PLoS), 2024
- 2024
- Engelska.
- Ingår i: PLOS ONE. - : Public Library of Science (PLoS). - 1932-6203. ; 19:1 January
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Single-cell transcriptomics has the potential to provide novel insights into poorly studied microbial eukaryotes. Although several such technologies are available and benchmarked on mammalian cells, few have been tested on protists. Here, we applied a microarray single-cell sequencing (MASC-seq) technology, that generates microscope images of cells in parallel with capturing their transcriptomes, on three species representing important plankton groups with different cell structures; the ciliate Tetrahymena thermophila, the diatom Phaeodactylum tricornutum, and the dinoflagellate Heterocapsa sp. Both the cell fixation and permeabilization steps were adjusted. For the ciliate and dinoflagellate, the number of transcripts of microarray spots with single cells were significantly higher than for background spots, and the overall expression patterns were correlated with that of bulk RNA, while for the much smaller diatom cells, it was not possible to separate single-cell transcripts from background. The MASC-seq method holds promise for investigating "microbial dark matter”, although further optimizations are necessary to increase the signal-to-noise ratio.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Grujčić, Vesna, ...
- Saarenpää, Sam ...
- Sundh, John, 198 ...
- Sennblad, Bengt
- Norgren, Benjami ...
- Latz, Meike
- visa fler...
- Giacomello, Stef ...
- Foster, Rachel A ...
- Andersson, Ander ...
- visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinska och f ...
- och Cell och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
- PLOS ONE
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
