SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-108259"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-108259" > Whole genome resequ...

  • Rubin, Carl-JohanUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University (författare)

Whole genome resequencing reveals loci under selection during chicken domestication

  • Artikel/kapitelEngelska2010

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2010-03-10
  • London :Springer Science and Business Media LLC,2010
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-108259
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-108259URI
  • https://doi.org/10.1038/nature08832DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:120214214URI
  • https://res.slu.se/id/publ/57929URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-54624URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Domestic animals are excellent models for genetic studies of phenotypic evolution. They have evolved genetic adaptations to a new environment, the farm, and have been subjected to strong human-driven selection leading to remarkable phenotypic changes in morphology, physiology and behaviour. Identifying the genetic changes underlying these developments provides new insight into general mechanisms by which genetic variation shapes phenotypic diversity. Here we describe the use of massively parallel sequencing to identify selective sweeps of favourable alleles and candidate mutations that have had a prominent role in the domestication of chickens (Gallus gallus domesticus) and their subsequent specialization into broiler (meat-producing) and layer (egg-producing) chickens. We have generated 44.5-fold coverage of the chicken genome using pools of genomic DNA representing eight different populations of domestic chickens as well as red jungle fowl (Gallus gallus), the major wild ancestor. We report more than 7,000,000 single nucleotide polymorphisms, almost 1,300 deletions and a number of putative selective sweeps. One of the most striking selective sweeps found in all domestic chickens occurred at the locus for thyroid stimulating hormone receptor (TSHR), which has a pivotal role in metabolic regulation and photoperiod control of reproduction in vertebrates. Several of the selective sweeps detected in broilers overlapped genes associated with growth, appetite and metabolic regulation. We found little evidence that selection for loss-of-function mutations had a prominent role in chicken domestication, but we detected two deletions in coding sequences that we suggest are functionally important. This study has direct application to animal breeding and enhances the importance of the domestic chicken as a model organism for biomedical research.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Zody, Michael C.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University, Broad Institute of Harvard(Swepub:uu)miczo266 (författare)
  • Eriksson, JonasUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)joner150 (författare)
  • Meadows, JenniferUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University(Swepub:uu)jenme818 (författare)
  • Sherwood, EllenKarolinska Institutet (författare)
  • Webster, Matthew T.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University(Swepub:uu)maweb226 (författare)
  • Jiang, LinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University(Swepub:uu)linji179 (författare)
  • Ingman, MaxUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi,The Rudbeck Laboratory, Uppsala University(Swepub:uu)maxingma (författare)
  • Sharpe, TedBroad Institute of Harvard and MIT (författare)
  • Besnier, FrancoisSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics(Swepub:slu)52254 (författare)
  • Ka, SojeongUppsala universitet,Institutionen för neurovetenskap,Department of Neurosceince, Uppsala University(Swepub:uu)kasoj424 (författare)
  • Hallböök, FinnUppsala universitet,Medicinsk utvecklingsbiologi,Department of Neurosceince, Uppsala University(Swepub:uu)finnhb (författare)
  • Carlborg, ÖrjanSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences(Swepub:slu)48083 (författare)
  • Bed'hom, BertrandINRA, AgroParisTech, Animal Genetics and Integrative Biology (författare)
  • Tixier-Boichard, MichèleINRA, AgroParisTech, Animal Genetics and Integrative Biology (författare)
  • Jensen, PerLinköpings universitet,Zoologi,Tekniska högskolan(Swepub:liu)perje15 (författare)
  • Siegel, PaulVirginia Polytechnic Institute and State University, Department of Animal and Poultry Sciences (författare)
  • Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University, Broad Institute of Harvard and MIT(Swepub:uu)kerli865 (författare)
  • Andersson, LeifSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics,Uppsala University, Swedish University of Agricultural Sciences(Swepub:slu)48730 (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (creator_code:org_t)
  • Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:NatureLondon : Springer Science and Business Media LLC464:7288, s. 587-5910028-08361476-4687

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • Nature (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy