Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-447144" >
Galaxy-Kubernetes i...
Galaxy-Kubernetes integration: scaling bioinformatics workflows in the cloud
-
Moreno, Pablo (författare)
-
Pireddu, Luca (författare)
-
Roger, Pierrick (författare)
-
visa fler...
-
Goonasekera, Nuwan (författare)
-
Afgan, Enis (författare)
-
van den Beek, Marius (författare)
-
He, Sijin (författare)
-
- Larsson, Anders (författare)
- Uppsala universitet,Systematisk biologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
-
Schober, Daniel (författare)
-
Ruttkies, Christoph (författare)
-
- Johnson, David (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för informatik och media
-
Rocca-Serra, Philippe (författare)
-
Weber, Ralph JM (författare)
-
Gruening, Björn (författare)
-
Salek, Reza M (författare)
-
Kale, Namrata (författare)
-
Perez-Riverol, Yasset (författare)
-
Papatheodorou, Irene (författare)
-
- Spjuth, Ola, Professor, 1977- (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
Neumann, Steffen (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Cold Spring Harbor Laboratory, 2024
- Engelska.
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://www.biorxiv....
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Making reproducible, auditable and scalable data-processing analysis workflows is an important challenge in the field of bioinformatics. Recently, software containers and cloud computing introduced a novel solution to address these challenges. They simplify software installation, management and reproducibility by packaging tools and their dependencies. In this work we implemented a cloud provider agnostic and scalable container orchestration setup for the popular Galaxy workflow environment. This solution enables Galaxy to run on and offload jobs to most cloud providers (e.g. Amazon Web Services, Google Cloud or OpenStack, among others) through the Kubernetes container orchestrator.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
Nyckelord
- Bioinformatics
- Bioinformatik
Publikations- och innehållstyp
- vet (ämneskategori)
- ovr (ämneskategori)
- Av författaren/redakt...
-
Moreno, Pablo
-
Pireddu, Luca
-
Roger, Pierrick
-
Goonasekera, Nuw ...
-
Afgan, Enis
-
van den Beek, Ma ...
-
visa fler...
-
He, Sijin
-
Larsson, Anders
-
Schober, Daniel
-
Ruttkies, Christ ...
-
Johnson, David
-
Rocca-Serra, Phi ...
-
Weber, Ralph JM
-
Gruening, Björn
-
Salek, Reza M
-
Kale, Namrata
-
Perez-Riverol, Y ...
-
Papatheodorou, I ...
-
Spjuth, Ola, Pro ...
-
Neumann, Steffen
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet