onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-97961"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-97961" > De novo search for ...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Larsson, PontusUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi (författare)
De novo search for non-coding RNA genes in the AT-rich genome of Dictyostelium discoideum : Performance of Markov-dependent genome feature scoring
- Artikel/kapitelEngelska2008
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2008-03-17
- Cold Spring Harbor Laboratory,2008
- printrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-97961
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-97961URI
- https://doi.org/10.1101/gr.069104.107DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Genome data are increasingly important in the computational identification of novel regulatory non-coding RNAs (ncRNAs). However, most ncRNA gene-finders are either specialized to well-characterized ncRNA gene families or require comparisons of closely related genomes. We developed a method for de novo screening for ncRNA genes with a nucleotide composition that stands out against the background genome based on a partial sum process. We compared the performance when assuming independent and first-order Markov-dependent nucleotides, respectively, and used Karlin-Altschul and Karlin-Dembo statistics to evaluate the significance of hits. We hypothesized that a first-order Markov-dependent process might have better power to detect ncRNA genes since nearest-neighbor models have been shown to be successful in predicting RNA structures. A model based on a first-order partial sum process (analyzing overlapping dinucleotides) had better sensitivity and specificity than a zeroth-order model when applied to the AT-rich genome of the amoeba Dictyostelium discoideum. In this genome, we detected 94% of previously known ncRNA genes (at this sensitivity, the false positive rate was estimated to be 25% in a simulated background). The predictions were further refined by clustering candidate genes according to sequence similarity and/or searching for an ncRNA-associated upstream element. We experimentally verified six out of 10 tested ncRNA gene predictions. We conclude that higher-order models, in combination with other information, are useful for identification of novel ncRNA gene families in single-genome analysis of D. discoideum. Our generalizable approach extends the range of genomic data that can be searched for novel ncRNA genes using well-grounded statistical methods.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
- Cell and molecular biology
- Cell- och molekylärbiologi
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Hinas, AndreaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)anhin676 (författare)
- Ardell, David H.Uppsala universitet,Centrum för bioinformatik (författare)
- Kirsebom, Leif A.Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)leifkirs (författare)
- Virtanen, AndersUppsala universitet,Molekylärbiologi (författare)
- Söderbom, Fredrik (författare)
- Uppsala universitetInstitutionen för cell- och molekylärbiologi (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory18:6, s. 888-8991088-90511549-5469
Internetlänk
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Larsson, Pontus
- Hinas, Andrea
- Ardell, David H.
- Kirsebom, Leif A ...
- Virtanen, Anders
- Söderbom, Fredri ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
- Genome Research
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
