Mitochondrial genome and polymorphic microsatellite markers from the abyssal sponge Plenaster craigi Lim & Wiklund, 2017: tools for understanding the impact of deep-sea mining

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/266232" > Mitochondrial genom...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Taboada, Sergi (författare)

Mitochondrial genome and polymorphic microsatellite markers from the abyssal sponge Plenaster craigi Lim & Wiklund, 2017: tools for understanding the impact of deep-sea mining

Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2017-09-30
Springer Science and Business Media LLC,2018

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/266232
https://gup.ub.gu.se/publication/266232URI
https://doi.org/10.1007/s12526-017-0786-0DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

© 2017, The Author(s). The abyssal demosponge Plenaster craigi is endemic to the Clarion - Clipperton Zone (CCZ) in the NE Pacific, a region with abundant seafloor polymetallic nodules and of potential interest for mining. Plenaster craigi encrusts on these nodules and is an abundant component of the ecosystem. To assess the impact of mining operations, it is crucial to understand the genetics of this species, because its genetic diversity and connectivity across the area may be representative of other nodule-encrusting invertebrate epifauna. Here we describe and characterize 14 polymorphic microsatellite markers from this keystone species using Illumina MiSeq, tested for 75 individuals from three different areas across the CCZ, including an Area of Particular Environmental Interest (APEI-6) and two areas within the adjacent UK1 mining exploration area. The number of alleles per locus ranged from 3 to 30 (13.33 average alleles for all loci across areas). Observed and expected heterozygosity ranged from 0.909–0.048 and from 0.954–0.255, respectively. Several loci displayed significant deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium, which appears to be common in other sponge studies. The microsatellite loci described here will be used to assess the genetic structure and connectivity on populations of the sponge across the CCZ, which will be invaluable for monitoring the impact of mining operations on its habitat. Also, we provide the annotated mitochondrial genome of P. craigi, compare its arrangement with other closely related species, and discuss the phylogenetic framework for the sponge after Maximum Likelihood and Bayesian Inference analyses using nucleotide and amino acid sequences data sets separately.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Ekologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Ecology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Zoologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Zoology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
Clarion-Clipperton Zone
Conservation genetics
Marine protected area
Next-generation sequencing
Polymetallic nodules
Population genetics

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Kenny, Nathan J. (författare)
Riesgo, Ana (författare)
Wiklund, Helena,1965 (författare)
Paterson, Gordon L.J. (författare)
Dahlgren, Thomas G.,1963Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för marina vetenskaper,Department of marine sciences(Swepub:gu)xdahth (författare)
Glover, Adrian G. (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för marina vetenskaper (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Marine Biodiversity: Springer Science and Business Media LLC48:1, s. 621-6301867-16161867-1624

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Marine Biodiversity (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Taboada, Sergi; Kenny, Nathan J.; Riesgo, Ana; Wiklund, Helena, ...; Paterson, Gordon ...; Dahlgren, Thomas ...; visa fler...; Glover, Adrian G ...; visa färre...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Ekologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Zoologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

Artiklar i publikationen: Marine Biodivers ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se