Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:763d9716-047a-4bff-a09d-c6a288dd0949" >
The HUPO proteomics...
-
Mayer, Gerhard
(författare)
The HUPO proteomics standards initiative-mass spectrometry controlled vocabulary
- Artikel/kapitelEngelska2013
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2013-03-12
-
Oxford University Press (OUP),2013
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:763d9716-047a-4bff-a09d-c6a288dd0949
-
https://lup.lub.lu.se/record/3636491URI
-
https://doi.org/10.1093/database/bat009DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Anmärkningar
-
Controlled vocabularies (CVs), i.e. a collection of predefined terms describing a modeling domain, used for the semantic annotation of data, and ontologies are used in structured data formats and databases to avoid inconsistencies in annotation, to have a unique (and preferably short) accession number and to give researchers and computer algorithms the possibility for more expressive semantic annotation of data. The Human Proteome Organization (HUPO)-Proteomics Standards Initiative (PSI) makes extensive use of ontologies/CVs in their data formats. The PSI-Mass Spectrometry (MS) CV contains all the terms used in the PSI MS-related data standards. The CV contains a logical hierarchical structure to ensure ease of maintenance and the development of software that makes use of complex semantics. The CV contains terms required for a complete description of an MS analysis pipeline used in proteomics, including sample labeling, digestion enzymes, instrumentation parts and parameters, software used for identification and quantification of peptides/proteins and the parameters and scores used to determine their significance. Owing to the range of topics covered by the CV, collaborative development across several PSI working groups, including proteomics research groups, instrument manufacturers and software vendors, was necessary. In this article, we describe the overall structure of the CV, the process by which it has been developed and is maintained and the dependencies on other ontologies.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Montecchi-Palazzi, Luisa
(författare)
-
Ovelleiro, David
(författare)
-
Jones, Andrew R.
(författare)
-
Binz, Pierre-Alain
(författare)
-
Deutsch, Eric W.
(författare)
-
Chambers, Matthew
(författare)
-
Kallhardt, Marius
(författare)
-
Levander, FredrikLund University,Lunds universitet,Institutionen för immunteknologi,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Department of Immunotechnology,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)tmb-fle
(författare)
-
Shofstahl, James
(författare)
-
Orchard, Sandra
(författare)
-
Vizcaino, Juan Antonio
(författare)
-
Hermjakob, Henning
(författare)
-
Stephan, Christian
(författare)
-
Meyer, Helmut E.
(författare)
-
Eisenacher, Martin
(författare)
-
Institutionen för immunteknologiInstitutioner vid LTH
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Database: the journal of biological databases and curation: Oxford University Press (OUP), s. 009-0091758-0463
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Mayer, Gerhard
-
Montecchi-Palazz ...
-
Ovelleiro, David
-
Jones, Andrew R.
-
Binz, Pierre-Ala ...
-
Deutsch, Eric W.
-
visa fler...
-
Chambers, Matthe ...
-
Kallhardt, Mariu ...
-
Levander, Fredri ...
-
Shofstahl, James
-
Orchard, Sandra
-
Vizcaino, Juan A ...
-
Hermjakob, Henni ...
-
Stephan, Christi ...
-
Meyer, Helmut E.
-
Eisenacher, Mart ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Immunologi inom ...
- Artiklar i publikationen
-
Database: the jo ...
- Av lärosätet
-
Lunds universitet