Accurate Assignment of Significance to Neuropeptide Identifications Using Monte Carlo K-Permuted Decoy Databases

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-240011" > Accurate Assignment...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Akhtar, Malik N. (författare)

Accurate Assignment of Significance to Neuropeptide Identifications Using Monte Carlo K-Permuted Decoy Databases

Artikel/kapitelEngelska2014

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2014-10-17
Public Library of Science (PLoS),2014
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-240011
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-240011URI
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0111112DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

In support of accurate neuropeptide identification in mass spectrometry experiments, novel Monte Carlo permutation testing was used to compute significance values. Testing was based on k-permuted decoy databases, where k denotes the number of permutations. These databases were integrated with a range of peptide identification indicators from three popular open-source database search software (OMSSA, Crux, and X! Tandem) to assess the statistical significance of neuropeptide spectra matches. Significance p-values were computed as the fraction of the sequences in the database with match indicator value better than or equal to the true target spectra. When applied to a test-bed of all known manually annotated mouse neuropeptides, permutation tests with k-permuted decoy databases identified up to 100% of the neuropeptides at p-value < 10(-5). The permutation test p-values using hyperscore (X! Tandem), E-value (OMSSA) and Sp score (Crux) match indicators outperformed all other match indicators. The robust performance to detect peptides of the intuitive indicator "number of matched ions between the experimental and theoretical spectra" highlights the importance of considering this indicator when the p-value was borderline significant. Our findings suggest permutation decoy databases of size 1x10(5) are adequate to accurately detect neuropeptides and this can be exploited to increase the speed of the search. The straightforward Monte Carlo permutation testing (comparable to a zero order Markov model) can be easily combined with existing peptide identification software to enable accurate and effective neuropeptide detection. The source code is available at http://stagbeetle.animal.uiuc.edu/pepshop/MSMSpermutationtesting.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Kemi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Chemical Sciences hsv//eng

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Southey, Bruce R. (författare)
Andrén, Per E.Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)perandre (författare)
Sweedler, Jonathan V. (författare)
Rodriguez-Zas, Sandra L. (författare)
Uppsala universitetInstitutionen för farmaceutisk biovetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:PLOS ONE: Public Library of Science (PLoS)9:10, s. e111112-1932-6203

Internetlänk

Hitta via bibliotek

PLOS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Akhtar, Malik N.; Southey, Bruce R ...; Andrén, Per E.; Sweedler, Jonath ...; Rodriguez-Zas, S ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Kemi

Artiklar i publikationen: PLOS ONE

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se