Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-183199" >
Segmentation and Tr...
Segmentation and Track-Analysis in Time-Lapse Imaging of Bacteria
-
- Sadanandan, Sajith Kecheril (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Uppsala Univ, Dept Informat Technol, S-75105 Uppsala, Sweden; SciLifeLab, Sweden
-
- Baltekin, Özden (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Department of Cell and Molecular Biology, Computational and Systems Biology, Uppsala University, Sweden
-
- Magnusson, Klas E. G. (författare)
- KTH,ACCESS Linnaeus Centre,Signalbehandling
-
visa fler...
-
- Boucharin, Alexis (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Department of Cell and Molecular Biology, Computational and Systems Biology, Uppsala University, Sweden
-
- Ranefall, Petter (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Department of Information Technology, Uppsala University, Sweden; SciLifeLab, Sweden
-
- Jaldén, Joakim, 1976- (författare)
- KTH,ACCESS Linnaeus Centre,Signalbehandling
-
- Elf, Johan (författare)
- Uppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Department of Cell and Molecular Biology, Computational and Systems Biology, Uppsala University, Uppsala, 751 05, Sweden
-
- Wählby, Carolina, 1974- (författare)
- Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Department of Information Technology, Uppsala University, Sweden; SciLifeLab, Sweden; Broad Institute of Harvard and MIT, Cambridge, MA, USA
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- IEEE Communications Society, 2016
- 2016
- Engelska.
-
Ingår i: IEEE Journal on Selected Topics in Signal Processing. - : IEEE Communications Society. - 1932-4553 .- 1941-0484. ; 10:1, s. 174-184
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- In this paper, we have developed tools to analyze prokaryotic cells growing in monolayers in a microfluidic device. Individual bacterial cells are identified using a novel curvature based approach and tracked over time for several generations. The resulting tracks are thereafter assessed and filtered based on track quality for subsequent analysis of bacterial growth rates. The proposed method performs comparable to the state-of-the-art methods for segmenting phase contrast and fluorescent images, and we show a 10-fold increase in analysis speed.
Ämnesord
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Elektroteknik och elektronik (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Electrical Engineering, Electronic Engineering, Information Engineering (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
Nyckelord
- E. coli
- microscopy
- segmentation
- time-lapse
- tracking
- Datoriserad bildbehandling
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas