Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-304218" >
Spatial deconvoluti...
-
Andersson, AlmaKTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
(författare)
Spatial deconvolution of HER2-positive breast cancer delineates tumor-associated cell type interactions
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2021-10-14
-
Springer Nature,2021
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-304218
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-304218URI
-
https://doi.org/10.1038/s41467-021-26271-2DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:147862720URI
-
https://lup.lub.lu.se/record/20a11c23-3da2-4593-83ed-a7c51fb7d46cURI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
QC 20211103
-
In the past decades, transcriptomic studies have revolutionized cancer treatment and diagnosis. However, tumor sequencing strategies typically result in loss of spatial information, critical to understand cell interactions and their functional relevance. To address this, we investigate spatial gene expression in HER2-positive breast tumors using Spatial Transcriptomics technology. We show that expression-based clustering enables data-driven tumor annotation and assessment of intra- and interpatient heterogeneity; from which we discover shared gene signatures for immune and tumor processes. By integration with single cell data, we spatially map tumor-associated cell types to find tertiary lymphoid-like structures, and a type I interferon response overlapping with regions of T-cell and macrophage subset colocalization. We construct a predictive model to infer presence of tertiary lymphoid-like structures, applicable across tissue types and technical platforms. Taken together, we combine different data modalities to define a high resolution map of cellular interactions in tumors and provide tools generalizing across tissues and diseases. While transcriptomics have enhanced our understanding for cancer, spatial transcriptomics enable the characterisation of cellular interactions. Here, the authors integrate single cell data with spatial information for HER2 + tumours and develop tools for the prediction of interactions between tumour-infiltrating cells.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Larsson, LudvigKTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u13lw4hm
(författare)
-
Stenbeck, LinneaKTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1v835xb
(författare)
-
Salmén, FredrikKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi,Hubrecht Inst KNAW Royal Netherlands Acad Arts &, Utrecht, Netherlands.;Univ Med Ctr Utrecht, Canc Genom Netherlands, Utrecht, Netherlands.,University Medical Center Utrecht(Swepub:kth)u1bw72vj
(författare)
-
Ehinger, AnnaLund University,Lunds universitet,Dept Genet & Pathol, Lab Med Reg Sane, Lund, Sweden.;Lund Univ, Dept Clin Sci Lund, Div Oncol, Lund, Sweden.,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Patologi, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Pathology, Lund,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Regional Laboratories Region Skåne(Swepub:lu)pat-amm
(författare)
-
Wu, Sunny Z.Garvan Inst Med Res, Kinghorn Canc Ctr, Sydney, NSW, Australia.;St Vincents Clin Sch, Fac Med, Sydney, NSW, Australia.,Garvan Institute of Medical Research
(författare)
-
Al-Eryani, GhamdanGarvan Inst Med Res, Kinghorn Canc Ctr, Sydney, NSW, Australia.;St Vincents Clin Sch, Fac Med, Sydney, NSW, Australia.,Garvan Institute of Medical Research
(författare)
-
Roden, DanielGarvan Inst Med Res, Kinghorn Canc Ctr, Sydney, NSW, Australia.;St Vincents Clin Sch, Fac Med, Sydney, NSW, Australia.
(författare)
-
Swarbrick, AlexGarvan Inst Med Res, Kinghorn Canc Ctr, Sydney, NSW, Australia.;St Vincents Clin Sch, Fac Med, Sydney, NSW, Australia.
(författare)
-
Borg, ÅkeLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments(Swepub:lu)onk-abo
(författare)
-
Frisen, JonasKarolinska Institutet
(författare)
-
Engblom, CamillaKarolinska Institutet
(författare)
-
Lundeberg, JoakimKTH Royal Institute of Technology,KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi(Swepub:kth)u1qkn9kw
(författare)
-
KTHGenteknologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Communications: Springer Nature12:12041-1723
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Andersson, Alma
-
Larsson, Ludvig
-
Stenbeck, Linnea
-
Salmén, Fredrik
-
Ehinger, Anna
-
Wu, Sunny Z.
-
visa fler...
-
Al-Eryani, Ghamd ...
-
Roden, Daniel
-
Swarbrick, Alex
-
Borg, Åke
-
Frisen, Jonas
-
Engblom, Camilla
-
Lundeberg, Joaki ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Communica ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Karolinska Institutet
-
Lunds universitet