onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-199758"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-199758" > Combining Orthology...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Hellmuth, MarcStockholms universitet,Matematiska institutionen (författare)
Combining Orthology and Xenology Data in a Common Phylogenetic Tree
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2021-11-23
- Cham :Springer,2021
- printrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-199758
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-199758URI
- https://doi.org/10.1007/978-3-030-91814-9_5DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- In mathematical phylogenetics, types of events in a gene tree T are formalized by vertex labels t(v) and set-valued edge labels λ(e). The orthology and paralogy relations between genes are a special case of a map δ on the pairs of leaves of T defined by δ(x,y)=q if the last common ancestor lca(x,y) of x and y is labeled by an event type q, e.g., speciation or duplication. Similarly, a map εε with m∈ε(x,y) if m∈λ(e) for at least one edge e along the path from lca(x,y) to y generalizes xenology, i.e., horizontal gene transfer. We show that a pair of maps (δ,ε) derives from a tree (T,t,λ) in this manner if and only if there exists a common refinement of the (unique) least-resolved vertex labeled tree (Tδ,tδ) that explains δ and the (unique) least-resolved edge labeled tree (Tε,λε) that explains ε (provided both trees exist). This result remains true if certain combinations of labels at incident vertices and edges are forbidden.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
- Mathematical phylogenetics
- Rooted trees
- Binary relations
- Symbolic ultrametric
- Fitch map
- Consistency
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Michel, Mira (författare)
- Nøjgaard, Nikolai N. (författare)
- Schaller, David (författare)
- Stadler, Peter F. (författare)
- Stockholms universitetMatematiska institutionen (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Advances in Bioinformatics and Computational BiologyCham : Springer, s. 53-6497830309181329783030918149
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- Advances in Bioinformatics and Computational Biology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Hellmuth, Marc
- Michel, Mira
- Nøjgaard, Nikola ...
- Schaller, David
- Stadler, Peter F ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
- Advances in Bioi ...
- Av lärosätet
- Stockholms universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
