Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-231208" >
Deconwolf enables h...
-
Wernersson, Erik
(författare)
Deconwolf enables high-performance deconvolution of widefield fluorescence microscopy images
- Artikel/kapitelEngelska2024
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2024
-
2024
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-231208
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-231208URI
-
https://doi.org/10.1038/s41592-024-02294-7DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Microscopy-based spatially resolved omic methods are transforming the life sciences. However, these methods rely on high numerical aperture objectives and cannot resolve crowded molecular targets, limiting the amount of extractable biological information. To overcome these limitations, here we develop Deconwolf, an open-source, user-friendly software for high-performance deconvolution of widefield fluorescence microscopy images, which efficiently runs on laptop computers. Deconwolf enables accurate quantification of crowded diffraction limited fluorescence dots in DNA and RNA fluorescence in situ hybridization images and allows robust detection of individual transcripts in tissue sections imaged with x20 air objectives. Deconvolution of in situ spatial transcriptomics images with Deconwolf increased the number of transcripts identified more than threefold, while the application of Deconwolf to images obtained by fluorescence in situ sequencing of barcoded Oligopaint probes drastically improved chromosome tracing. Deconwolf greatly facilitates the use of deconvolution in many bioimaging applications. Deconwolf is a computationally efficient and user-friendly software tool for fluorescence microscopy image deconvolution that improves the analysis of diverse fluorescence in situ hybridization methods and can handle large datasets.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Gelali, Eleni
(författare)
-
Girelli, Gabriele
(författare)
-
Wang, Su
(författare)
-
Castillo, David
(författare)
-
Mattsson Langseth, Christoffer,1994-Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)chma0486
(författare)
-
Verron, Quentin
(författare)
-
Nguyen, Huy Q.
(författare)
-
Chattoraj, Shyamtanu
(författare)
-
Martinez Casals, Anna
(författare)
-
Blom, Hans
(författare)
-
Lundberg, Emma
(författare)
-
Nilsson, Mats,1969-Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)matsn
(författare)
-
Marti-Renom, Marc A.
(författare)
-
Wu, Chao-ting
(författare)
-
Crosetto, Nicola
(författare)
-
Bienko, Magda
(författare)
-
Stockholms universitetInstitutionen för biokemi och biofysik
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Methods1548-70911548-7105
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Wernersson, Erik
-
Gelali, Eleni
-
Girelli, Gabriel ...
-
Wang, Su
-
Castillo, David
-
Mattsson Langset ...
-
visa fler...
-
Verron, Quentin
-
Nguyen, Huy Q.
-
Chattoraj, Shyam ...
-
Martinez Casals, ...
-
Blom, Hans
-
Lundberg, Emma
-
Nilsson, Mats, 1 ...
-
Marti-Renom, Mar ...
-
Wu, Chao-ting
-
Crosetto, Nicola
-
Bienko, Magda
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Methods
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet