Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-121444" >
The Atlantic salmon...
-
Lien, Sigbjorn
(författare)
The Atlantic salmon genome provides insights into rediploidization
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2016-04-18
-
Nature Publishing Group,2016
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-121444
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-121444URI
-
https://doi.org/10.1038/nature17164DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
The whole-genome duplication 80 million years ago of the common ancestor of salmonids (salmonid-specific fourth vertebrate whole-genome duplication, Ss4R) provides unique opportunities to learn about the evolutionary fate of a duplicated vertebrate genome in 70 extant lineages. Here we present a high-quality genome assembly for Atlantic salmon (Salmo salar), and show that large genomic reorganizations, coinciding with bursts of transposon-mediated repeat expansions, were crucial for the post-Ss4R rediploidization process. Comparisons of duplicate gene expression patterns across a wide range of tissues with orthologous genes from a pre-Ss4R outgroup unexpectedly demonstrate far more instances of neofunctionalization than subfunctionalization. Surprisingly, we find that genes that were retained as duplicates after the teleost-specific whole-genome duplication 320 million years ago were not more likely to be retained after the Ss4R, and that the duplicate retention was not influenced to a great extent by the nature of the predicted protein interactions of the gene products. Finally, we demonstrate that the Atlantic salmon assembly can serve as a reference sequence for the study of other salmonids for a range of purposes.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Koop, Ben F.
(författare)
-
Sandve, Simen R.
(författare)
-
Miller, Jason R.
(författare)
-
Kent, Matthew P.
(författare)
-
Nome, Torfinn
(författare)
-
Hvidsten, Torgeir R.Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)(Swepub:umu)tokv0002
(författare)
-
Leong, Jong S.
(författare)
-
Minkley, David R.
(författare)
-
Zimin, Aleksey
(författare)
-
Grammes, Fabian
(författare)
-
Grove, Harald
(författare)
-
Gjuvsland, Arne
(författare)
-
Walenz, Brian
(författare)
-
Hermansen, Russell A.
(författare)
-
von Schalburg, Kris
(författare)
-
Rondeau, Eric B.
(författare)
-
Di Genova, Alex
(författare)
-
Samy, Jeevan K. A.
(författare)
-
Vik, Jon Olav
(författare)
-
Vigeland, Magnus D.
(författare)
-
Caler, Lis
(författare)
-
Grimholt, Unni
(författare)
-
Jentoft, Sissel
(författare)
-
Vage, Dag Inge
(författare)
-
de Jong, Pieter
(författare)
-
Moen, Thomas
(författare)
-
Baranski, Matthew
(författare)
-
Palti, Yniv
(författare)
-
Smith, Douglas R.
(författare)
-
Yorke, James A.
(författare)
-
Nederbragt, Alexander J.
(författare)
-
Tooming-Klunderud, Ave
(författare)
-
Jakobsen, Kjetill S.
(författare)
-
Jiang, Xuanting
(författare)
-
Fan, Dingding
(författare)
-
Liberles, David A.
(författare)
-
Vidal, Rodrigo
(författare)
-
Iturra, Patricia
(författare)
-
Jones, Steven J. M.
(författare)
-
Jonassen, Inge
(författare)
-
Maass, Alejandro
(författare)
-
Omholt, Stig W.
(författare)
-
Davidson, William S.
(författare)
-
Umeå universitetInstitutionen för fysiologisk botanik
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature: Nature Publishing Group533:7602, s. 200-2050028-08361476-4687
Internetlänk
Hitta via bibliotek
-
Nature
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lien, Sigbjorn
-
Koop, Ben F.
-
Sandve, Simen R.
-
Miller, Jason R.
-
Kent, Matthew P.
-
Nome, Torfinn
-
visa fler...
-
Hvidsten, Torgei ...
-
Leong, Jong S.
-
Minkley, David R ...
-
Zimin, Aleksey
-
Grammes, Fabian
-
Grove, Harald
-
Gjuvsland, Arne
-
Walenz, Brian
-
Hermansen, Russe ...
-
von Schalburg, K ...
-
Rondeau, Eric B.
-
Di Genova, Alex
-
Samy, Jeevan K. ...
-
Vik, Jon Olav
-
Vigeland, Magnus ...
-
Caler, Lis
-
Grimholt, Unni
-
Jentoft, Sissel
-
Vage, Dag Inge
-
de Jong, Pieter
-
Moen, Thomas
-
Baranski, Matthe ...
-
Palti, Yniv
-
Smith, Douglas R ...
-
Yorke, James A.
-
Nederbragt, Alex ...
-
Tooming-Klunderu ...
-
Jakobsen, Kjetil ...
-
Jiang, Xuanting
-
Fan, Dingding
-
Liberles, David ...
-
Vidal, Rodrigo
-
Iturra, Patricia
-
Jones, Steven J. ...
-
Jonassen, Inge
-
Maass, Alejandro
-
Omholt, Stig W.
-
Davidson, Willia ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Nature
- Av lärosätet
-
Umeå universitet