Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-155991" >
Topological data an...
Topological data analysis (TDA) of U-BIOPRED paediatric peripheral blood gene expression identified asthma phenotypes characterised by alternative splicing of glucocorticoid receptor (GR) mRNA
-
Schofield, James P. R. (författare)
-
Bigler, Jeanette (författare)
-
Boedigheimer, Michael (författare)
-
visa fler...
-
Affleck, Karen (författare)
-
Taylor, Adam (författare)
-
Pavlidis, Stelios (författare)
-
Riley, John H. (författare)
-
Strazzeri, Fabio (författare)
-
Roberts, Graham (författare)
-
Brandsma, Joost (författare)
-
Bansal, Aruna (författare)
-
Nicholas, Ben (författare)
-
Xian, Yang (författare)
-
Rowe, Anthony (författare)
-
Corfield, Julie (författare)
-
Wilson, Susan (författare)
-
Ward, Jonathan (författare)
-
Lutter, Rene (författare)
-
Fleming, Louise (författare)
-
Shaw, Dominick (författare)
-
Per, Bakke (författare)
-
Caruso, Massimo (författare)
-
Dahlen, Sven-Erik (författare)
-
Fowler, Stephen (författare)
-
Hashimoto, Simone (författare)
-
Horvath, Ildiko (författare)
-
Howarth, Peter (författare)
-
Krug, Norbert (författare)
-
Montuschi, Paolo (författare)
-
Sanak, Marek (författare)
-
- Sandström, Thomas, 1957- (författare)
- Umeå universitet
-
Singer, Florian (författare)
-
Sun, Kai (författare)
-
Pandis, Ioannis (författare)
-
Auffray, Charles (författare)
-
de Meulder, Bertrand (författare)
-
Lefaudeux, Diane (författare)
-
Knowles, Richard (författare)
-
Fitch, Neil (författare)
-
Sousa, Ana (författare)
-
Adcock, Ian (författare)
-
Chung, Kian Fan (författare)
-
Sterk, Peter (författare)
-
Skipp, Paul (författare)
-
Djukanovic, Ratko (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- European Respiratory Society, 2018
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: European Respiratory Journal. - : European Respiratory Society. - 0903-1936 .- 1399-3003. ; 52
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background: Molecular stratification of childhood asthma could enable targeted therapy.Aims: Unbiased analysis of gene expression in paediatric severe (SA) and moderate/mild asthma (MA) blood samples to identify sub-phenotypes.Methods: Transcriptomic profiling by microarray analysis of blood from the U-BIOPRED paediatric cohort (Fleming ERJ 2015), pre- and school-age children, (SApre, n=62; MApre, n=42; SAsc, n=75 and MAsc, n=37). Topological data analysis (TDA) was used for unbiased clustering.Results: Sub-phenotypes, P1, P2, P3 and P4 were identified and are highlighted in the TDA network in the figure and a heatmap of selected variables. P1 (38% of the cohort, median 11 yrs) was characterised by low expression of glucocorticoid receptor (GR) mRNA splice variant with a long 3’ UTR (q = 2.43E-17), but no significant difference in the expression of glucocorticoid receptor (GR) mRNA splice variant with a short 3’ UTR. In P1, COX2 expression was up (q = 1.89E-06) and IFN-γ was down (q = 5.61E-06), characteristics of a decreased steroid response.Conclusion: Unbiased analysis of U-BIOPRED paediatric peripheral blood gene expression identified a sub-phenotype, P1, with an inhibited steroid response. P1 is associated with low expression of a splice variant of GR with a long 3’ UTR.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Lungmedicin och allergi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Respiratory Medicine and Allergy (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- vet (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Schofield, James ...
-
Bigler, Jeanette
-
Boedigheimer, Mi ...
-
Affleck, Karen
-
Taylor, Adam
-
Pavlidis, Stelio ...
-
visa fler...
-
Riley, John H.
-
Strazzeri, Fabio
-
Roberts, Graham
-
Brandsma, Joost
-
Bansal, Aruna
-
Nicholas, Ben
-
Xian, Yang
-
Rowe, Anthony
-
Corfield, Julie
-
Wilson, Susan
-
Ward, Jonathan
-
Lutter, Rene
-
Fleming, Louise
-
Shaw, Dominick
-
Per, Bakke
-
Caruso, Massimo
-
Dahlen, Sven-Eri ...
-
Fowler, Stephen
-
Hashimoto, Simon ...
-
Horvath, Ildiko
-
Howarth, Peter
-
Krug, Norbert
-
Montuschi, Paolo
-
Sanak, Marek
-
Sandström, Thoma ...
-
Singer, Florian
-
Sun, Kai
-
Pandis, Ioannis
-
Auffray, Charles
-
de Meulder, Bert ...
-
Lefaudeux, Diane
-
Knowles, Richard
-
Fitch, Neil
-
Sousa, Ana
-
Adcock, Ian
-
Chung, Kian Fan
-
Sterk, Peter
-
Skipp, Paul
-
Djukanovic, Ratk ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Lungmedicin och ...
- Artiklar i publikationen
-
European Respira ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet
-
Karolinska Institutet