Genomic Determinants of Protein Evolution and Polymorphism in Arabidopsis

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-172177" > Genomic Determinant...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Slotte, TanjaUppsala universitet,Evolutionsbiologi (författare)

Genomic Determinants of Protein Evolution and Polymorphism in Arabidopsis

Artikel/kapitelEngelska2011

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2011-09-16
Oxford University Press (OUP),2011
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-172177
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-172177URI
https://doi.org/10.1093/gbe/evr094DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Recent results from Drosophila suggest that positive selection has a substantial impact on genomic patterns of polymorphism and divergence. However, species with smaller population sizes and/or stronger population structure may not be expected to exhibit Drosophila-like patterns of sequence variation. We test this prediction and identify determinants of levels of polymorphism and rates of protein evolution using genomic data from Arabidopsis thaliana and the recently sequenced Arabidopsis lyrata genome. We find that, in contrast to Drosophila, there is no negative relationship between nonsynonymous divergence and silent polymorphism at any spatial scale examined. Instead, synonymous divergence is a major predictor of silent polymorphism, which suggests variation in mutation rate as the main determinant of silent variation. Variation in rates of protein divergence is mainly correlated with gene expression level and breadth, consistent with results for a broad range of taxa, and map-based estimates of recombination rate are only weakly correlated with nonsynonymous divergence. Variation in mutation rates and the strength of purifying selection seem to be major drivers of patterns of polymorphism and divergence in Arabidopsis. Nevertheless, a model allowing for varying negative and positive selection by functional gene category explains the data better than a homogeneous model, implying the action of positive selection on a subset of genes. Genes involved in disease resistance and abiotic stress display high proportions of adaptive substitution. Our results are important for a general understanding of the determinants of rates of protein evolution and the impact of selection on patterns of polymorphism and divergence.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences hsv//eng
dN/dS
neutral theory
purifying selection
translational selection
recurrent hitchhiking

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Bataillon, Thomas (författare)
Hansen, Troels T. (författare)
St. Onge, KateUppsala universitet,Växtekologi och evolution(Swepub:uu)katst351 (författare)
Wright, Stephen I. (författare)
Schierup, Mikkel H. (författare)
Uppsala universitetEvolutionsbiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Genome Biology and Evolution: Oxford University Press (OUP)3, s. 1210-12191759-6653

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Genome Biology and Evolution (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Slotte, Tanja; Bataillon, Thoma ...; Hansen, Troels T ...; St. Onge, Kate; Wright, Stephen ...; Schierup, Mikkel ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi

Artiklar i publikationen: Genome Biology a ...

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se