onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-185218"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-185218" > A genome-wide study...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Guy, LionelUppsala universitet,Molekylär evolution (författare)
A genome-wide study of recombination rate variation in Bartonella henselae
- Artikel/kapitelEngelska2012
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2012-05-11
- Springer Science and Business Media LLC,2012
- electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-185218
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-185218URI
- https://doi.org/10.1186/1471-2148-12-65DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Background: Rates of recombination vary by three orders of magnitude in bacteria but the reasons for this variation is unclear. We performed a genome-wide study of recombination rate variation among genes in the intracellular bacterium Bartonella henselae, which has among the lowest estimated ratio of recombination relative to mutation in prokaryotes. Results: The 1.9 Mb genomes of B. henselae strains IC11, UGA10 and Houston-1 genomes showed only minor gene content variation. Nucleotide sequence divergence levels were less than 1% and the relative rate of recombination to mutation was estimated to 1.1 for the genome overall. Four to eight segments per genome presented significantly enhanced divergences, the most pronounced of which were the virB and trw gene clusters for type IV secretion systems that play essential roles in the infection process. Consistently, multiple recombination events were identified inside these gene clusters. High recombination frequencies were also observed for a gene putatively involved in iron metabolism. A phylogenetic study of this gene in 80 strains of Bartonella quintana, B. henselae and B. grahamii indicated different population structures for each species and revealed horizontal gene transfers across Bartonella species with different host preferences. Conclusions: Our analysis has shown little novel gene acquisition in B. henselae, indicative of a closed pan-genome, but higher recombination frequencies within the population than previously estimated. We propose that the dramatically increased fixation rate for recombination events at gene clusters for type IV secretion systems is driven by selection for sequence variability.
Ämnesord och genrebeteckningar
- Type IV Secretion Systems
- Recombination
- Bartonella
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Nystedt, BjörnUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi (författare)
- Sun, YuUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi (författare)
- Näslund, KristinaUppsala universitet,Molekylär evolution(Swepub:uu)kna15246 (författare)
- Berglund, Eva C.Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)evber498 (författare)
- Andersson, Siv G. E.Uppsala universitet,Molekylär evolution(Swepub:uu)san07069 (författare)
- Uppsala universitetMolekylär evolution (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:BMC Evolutionary Biology: Springer Science and Business Media LLC12, s. 65-1471-2148
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- BMC Evolutionary Biology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Guy, Lionel
- Nystedt, Björn
- Sun, Yu
- Näslund, Kristin ...
- Berglund, Eva C.
- Andersson, Siv G ...
- Artiklar i publikationen
- BMC Evolutionary ...
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
