Quantification of GC-biased gene conversion in the human genome

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-261253" > Quantification of G...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Glemin, SylvainUppsala universitet,Växtekologi och evolution (författare)

Quantification of GC-biased gene conversion in the human genome

Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2015-05-20
Cold Spring Harbor Laboratory,2015
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-261253
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-261253URI
https://doi.org/10.1101/gr.185488.114DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Much evidence indicates that GC-biased gene conversion (gBGC) has a major impact on the evolution of mammalian genomes. However, a detailed quantification of the process is still lacking. The strength of gBGC can be measured from the analysis of derived allele frequency spectra (DAF), but this approach is sensitive to a number of confounding factors. In particular, we show by simulations that the inference is pervasively affected by polymorphism polarization errors and by spatial heterogeneity in gBGC strength. We propose a new general method to quantify gBGC from DAF spectra, incorporating polarization errors, taking spatial heterogeneity into account, and jointly estimating mutation bias. Applying it to human polymorphism data from the 1000 Genomes Project, we show that the strength of gBGC does not differ between hypermutable CpG sites and non-CpG sites, suggesting that in humans gBGC is not caused by the base-excision repair machinery. Genome-wide, the intensity of gBGC is in the nearly neutral area. However, given that recombination occurs primarily within recombination hotspots, 1%-2% of the human genome is subject to strong gBGC. On average, gBGC is stronger in African than in non-African populations, reflecting differences in effective population sizes. However, due to more heterogeneous recombination landscapes, the fraction of the genome affected by strong gBGC is larger in non-African than in African populations. Given that the location of recombination hotspots evolves very rapidly, our analysis predicts that, in the long term, a large fraction of the genome is affected by short episodes of strong gBGC.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Arndt, Peter F. (författare)
Messer, Philipp W. (författare)
Petrov, Dmitri (författare)
Galtier, Nicolas (författare)
Duret, Laurent (författare)
Uppsala universitetVäxtekologi och evolution (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory25:8, s. 1215-12281088-90511549-5469

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Genome Research (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Glemin, Sylvain; Arndt, Peter F.; Messer, Philipp ...; Petrov, Dmitri; Galtier, Nicolas; Duret, Laurent

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biokemi och mole ...

Artiklar i publikationen: Genome Research

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se