Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-299868" >
Multiple regulatory...
-
Tengvall, Katarina,1980-Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Uppsala University
(författare)
Multiple regulatory variants located in cell type-specific enhancers within the PKP2 locus form major risk and protective haplotypes for canine atopic dermatitis in German shepherd dogs
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2016-06-29
-
Springer Science and Business Media LLC,2016
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-299868
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-299868URI
-
https://doi.org/10.1186/s12863-016-0404-3DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:133810084URI
-
https://res.slu.se/id/publ/77570URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
BackgroundCanine atopic dermatitis (CAD) is a chronic inflammatory skin disease triggered by allergic reactions involving IgE antibodies directed towards environmental allergens. We previously identified a ~1.5 Mb locus on canine chromosome 27 associated with CAD in German shepherd dogs (GSDs). Fine-mapping indicated association closest to the PKP2 gene encoding plakophilin 2.ResultsAdditional genotyping and association analyses in GSDs combined with control dogs from five breeds with low-risk for CAD revealed the top SNP 27:19,086,778 (p = 1.4 × 10−7) and a rare ~48 kb risk haplotype overlapping the PKP2 gene and shared only with other high-risk CAD breeds. We selected altogether nine SNPs (four top-associated in GSDs and five within the ~48 kb risk haplotype) that spanned ~280 kb forming one risk haplotype carried by 35 % of the GSD cases and 10 % of the GSD controls (OR = 5.1, p = 5.9 × 10−5), and another haplotype present in 85 % of the GSD cases and 98 % of the GSD controls and conferring a protective effect against CAD in GSDs (OR = 0.14, p = 0.0032). Eight of these SNPs were analyzed for transcriptional regulation using reporter assays where all tested regions exerted regulatory effects on transcription in epithelial and/or immune cell lines, and seven SNPs showed allelic differences. The DNA fragment with the top-associated SNP 27:19,086,778 displayed the highest activity in keratinocytes with 11-fold induction of transcription by the risk allele versus 8-fold by the control allele (pdifference = 0.003), and also mapped close (~3 kb) to an ENCODE skin-specific enhancer region.ConclusionsOur experiments indicate that multiple CAD-associated genetic variants located in cell type-specific enhancers are involved in gene regulation in different cells and tissues. No single causative variant alone, but rather multiple variants combined in a risk haplotype likely contribute to an altered expression of the PKP2 gene, and possibly nearby genes, in immune and epithelial cells, and predispose GSDs to CAD.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Kozyrev, SergeyUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)sekoz957
(författare)
-
Kierczak, MarcinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)makie499
(författare)
-
Bergvall, KerstinSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences(Swepub:slu)47499
(författare)
-
Farias, Fabiana H. G.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)fabfa647
(författare)
-
Ardesjö-Lundgren, BritaSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Swedish Univ Agr Sci, Dept Anim Breeding & Genet, Uppsala, Sweden,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics(Swepub:slu)96398
(författare)
-
Olsson, MiaKarolinska Institutet,Karolinska Inst, Dept Med, Rheumatol Unit, Stockholm, Sweden
(författare)
-
Murén, EvaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)evmur020
(författare)
-
Hagman, RagnviSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences(Swepub:slu)50755
(författare)
-
Leeb, TossoUniv Bern, Inst Genet, Bern, Switzerland
(författare)
-
Pielberg, GerliUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)gepie020
(författare)
-
Hedhammar, ÅkeSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för kliniska vetenskaper (KV),Department of Clinical Sciences(Swepub:slu)49648
(författare)
-
Andersson, GöranSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics(Swepub:slu)50422
(författare)
-
Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA(Swepub:uu)kerli865
(författare)
-
Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
(creator_code:org_t)
-
Sveriges lantbruksuniversitet
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:BMC Genetics: Springer Science and Business Media LLC17:11471-2156
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Tengvall, Katari ...
-
Kozyrev, Sergey
-
Kierczak, Marcin
-
Bergvall, Kersti ...
-
Farias, Fabiana ...
-
Ardesjö-Lundgren ...
-
visa fler...
-
Olsson, Mia
-
Murén, Eva
-
Hagman, Ragnvi
-
Leeb, Tosso
-
Pielberg, Gerli
-
Hedhammar, Åke
-
Andersson, Göran
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Bioteknologi med ...
-
och Genetik och förä ...
- Artiklar i publikationen
-
BMC Genetics
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet