SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-305451"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-305451" > Multiplexed, target...

  • Genshaft, Alex S.MIT, Inst Med Engn & Sci, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;MIT, Dept Chem, Cambridge, MA 02139 USA.;Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA.;MIT, Ragon Inst Massachusetts Gen Hosp, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;Harvard Univ, Cambridge, MA 02138 USA. (författare)

Multiplexed, targeted profiling of single-cell proteomes and transcriptomes in a single reaction

  • Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2016-09-19
  • Springer Science and Business Media LLC,2016
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-305451
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-305451URI
  • https://doi.org/10.1186/s13059-016-1045-6DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • We present a scalable, integrated strategy for coupled protein and RNA detection from single cells. Our approach leverages the DNA polymerase activity of reverse transcriptase to simultaneously perform proximity extension assays and complementary DNA synthesis in the same reaction. Using the Fluidigm C1 (TM) system, we profile the transcriptomic and proteomic response of a human breast adenocarcinoma cell line to a chemical perturbation, benchmarking against in situ hybridizations and immunofluorescence staining, as well as recombinant proteins, ERCC Spike-Ins, and population lysate dilutions. Through supervised and unsupervised analyses, we demonstrate synergies enabled by simultaneous measurement of single-cell protein and RNA abundances. Collectively, our generalizable approach highlights the potential for molecular metadata to inform highly-multiplexed single-cell analyses.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Li, ShuqiangBroad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA. (författare)
  • Gallant, Caroline J.Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)carga920 (författare)
  • Darmanis, SpyrosUppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Uppsala Univ, Sci Life Lab, Uppsala, Sweden.;Stanford Univ, Dept Bioengn, Stanford, CA 94305 USA.;Stanford Univ, Dept Appl Phys, Stanford, CA 94305 USA.;Howard Hughes Med Inst, Stanford, CA USA.(Swepub:uu)spyda949 (författare)
  • Prakadan, Sanjay M.MIT, Inst Med Engn & Sci, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;MIT, Dept Chem, Cambridge, MA 02139 USA.;Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA.;MIT, Ragon Inst Massachusetts Gen Hosp, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;Harvard Univ, Cambridge, MA 02138 USA. (författare)
  • Ziegler, Carly G. K.MIT, Inst Med Engn & Sci, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA.;MIT, Ragon Inst Massachusetts Gen Hosp, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;Harvard Univ, Cambridge, MA 02138 USA.;Harvard Univ, Div Hlth Sci & Technol, Cambridge, MA 02138 USA.;MIT, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA. (författare)
  • Lundberg, MartinOlink Prote, Uppsala, Sweden. (författare)
  • Fredriksson, SimonOlink Prote, Uppsala, Sweden. (författare)
  • Hong, JoyceMIT, Dept Elect Engn & Comp Sci, Cambridge, MA 02139 USA. (författare)
  • Regev, AvivBroad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA.;MIT, Dept Biol, Boston, MA 02142 USA.;MIT, Koch Inst, Boston, MA 02142 USA.;Howard Hughes Med Inst, Chevy Chase, MD 20815 USA. (författare)
  • Livak, Kenneth J.Fluidigm Corp, San Francisco, CA 94080 USA. (författare)
  • Landegren, UlfUppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)ulfland (författare)
  • Shalek, Alex K.MIT, Inst Med Engn & Sci, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;MIT, Dept Chem, Cambridge, MA 02139 USA.;Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA.;MIT, Ragon Inst Massachusetts Gen Hosp, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;Harvard Univ, Cambridge, MA 02138 USA.;Harvard Univ, Div Hlth Sci & Technol, Cambridge, MA 02138 USA.;MIT, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA. (författare)
  • MIT, Inst Med Engn & Sci, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;MIT, Dept Chem, Cambridge, MA 02139 USA.;Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA.;MIT, Ragon Inst Massachusetts Gen Hosp, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA.;Harvard Univ, Cambridge, MA 02138 USA.Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA USA. (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Genome Biology: Springer Science and Business Media LLC171465-69061474-760X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy