Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-350614" >
Unveiling new inter...
Unveiling new interdependencies between significant DNA methylation sites, gene expression profiles and glioma patients survival
-
- Dabrowski, Michal J. (författare)
- Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, Warsaw, Poland.
-
- Draminski, Michal (författare)
- Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, Warsaw, Poland.
-
- Diamanti, Klev (författare)
- Uppsala universitet,Beräkningsbiologi och bioinformatik
-
visa fler...
-
- Stepniak, Karolina (författare)
- Nencki Inst Expt Biol, Warsaw, Poland.
-
- Mozolewska, Magdalena A. (författare)
- Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, Warsaw, Poland.
-
- Teisseyre, Pawel (författare)
- Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, Warsaw, Poland.
-
- Koronacki, Jacek (författare)
- Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, Warsaw, Poland.
-
- Komorowski, Jan (författare)
- Uppsala universitet,Beräkningsbiologi och bioinformatik,Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, Warsaw, Poland
-
- Kaminska, Bozena (författare)
- Nencki Inst Expt Biol, Warsaw, Poland.
-
- Wojtas, Bartosz (författare)
- Nencki Inst Expt Biol, Warsaw, Poland.
-
visa färre...
-
Polish Acad Sci, Inst Comp Sci, Warsaw, Poland Beräkningsbiologi och bioinformatik (creator_code:org_t)
- 2018-03-13
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Scientific Reports. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2045-2322. ; 8
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://www.nature.c...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- In order to find clinically useful prognostic markers for glioma patients' survival, we employed Monte Carlo Feature Selection and Interdependencies Discovery (MCFS-ID) algorithm on DNA methylation (HumanMethylation450 platform) and RNA-seq datasets from The Cancer Genome Atlas (TCGA) for 88 patients observed until death. The input features were ranked according to their importance in predicting patients' longer (400+ days) or shorter (<= 400 days) survival without prior classification of the patients. Interestingly, out of the 65 most important features found, 63 are methylation sites, and only two mRNAs. Moreover, 61 out of the 63 methylation sites are among those detected by the 450 k array technology, while being absent in the HumanMethylation27. The most important methylation feature (cg15072976) overlaps with the RE1 Silencing Transcription Factor (REST) binding site, and was confirmed to intersect with the REST binding motif in human U87 glioma cells. Six additional methylation sites from the top 63 overlap with REST sites. We found that the methylation status of the cg15072976 site affects transcription factor binding in U87 cells in gel shift assay. The cg15072976 methylation status discriminates <= 400 and 400+ patients in an independent dataset from TCGA and shows positive association with survival time as evidenced by Kaplan-Meier plots.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Dabrowski, Micha ...
-
Draminski, Micha ...
-
Diamanti, Klev
-
Stepniak, Karoli ...
-
Mozolewska, Magd ...
-
Teisseyre, Pawel
-
visa fler...
-
Koronacki, Jacek
-
Komorowski, Jan
-
Kaminska, Bozena
-
Wojtas, Bartosz
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
-
Scientific Repor ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet