SweHLA: the high confidence HLA typing bio-resource drawn from 1000 Swedish genomes

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-393313" > SweHLA :

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Nordin, JessikaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab (författare)

SweHLA : the high confidence HLA typing bio-resource drawn from 1000 Swedish genomes

Artikel/kapitelEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2019-12-16
Springer Science and Business Media LLC,2020
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-393313
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-393313URI
https://doi.org/10.1038/s41431-019-0559-2DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Title in thesis list of papers: SweHLA: the high confidence HLA typing bio-resource drawn from 1,000 Swedish genomes
There is a need to accurately call human leukocyte antigen (HLA) genes from existing short-read sequencing data, however there is no single solution that matches the gold standard of Sanger sequenced lab typing. Here we aimed to combine results from available software programs, minimizing the biases of applied algorithm and HLA reference. The result is a robust HLA population resource for the published 1000 Swedish genomes, and a framework for future HLA interrogation. HLA 2nd-field alleles were called using four imputation and inference methods for the classical eight genes (class I: HLA-A, HLA-B, HLA-C; class II: HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DRB1). A high confidence population set (SweHLA) was determined using an n−1 concordance rule for class I (four software) and class II (three software) alleles. Results were compared across populations and individual programs benchmarked to SweHLA. Per gene, 875 to 988 of the 1000 samples were genotyped in SweHLA; 920 samples had at least seven loci called. While a small fraction of reference alleles were common to all software (class I = 1.9% and class II = 4.1%), this did not affect the overall call rate. Gene-level concordance was high compared to European populations (>0.83%), with COX and PGF the dominant SweHLA haplotypes. We noted that 15/18 discordant alleles (delta allele frequency >2) were previously reported as disease-associated. These differences could in part explain across-study genetic replication failures, reinforcing the need to use multiple software solutions. SweHLA demonstrates a way to use existing NGS data to generate a population resource agnostic to individual HLA software biases.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Medicinsk genetik hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Medical Genetics hsv//eng
NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
Bioinformatics
Bioinformatik
Molekylär genetik
Molecular Genetics
Medicinsk genetik
Medical Genetics

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Ameur, AdamUppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)adame789 (författare)
Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA(Swepub:uu)kerli865 (författare)
Gyllensten, UlfUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik(Swepub:uu)ulfgyll (författare)
Meadows, Jennifer R. S.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)jenme818 (författare)
Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:European Journal of Human Genetics: Springer Science and Business Media LLC28:5, s. 627-6351018-48131476-5438

Internetlänk

Hitta via bibliotek

European Journal of Human Genetics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Nordin, Jessika; Ameur, Adam; Lindblad-Toh, Ke ...; Gyllensten, Ulf; Meadows, Jennife ...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Bioinformatik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

Artiklar i publikationen: European Journal ...

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se