Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-460087" >
Interplay between c...
Interplay between copy number alterations and immune profiles in the early breast cancer Scandinavian Breast Group 2004-1 randomized phase II trial : results from a feasibility study
-
- Zerdes, Ioannis (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Simonetti, Michele (författare)
- Karolinska Inst, Dept Med Biochem & Biophys, Div Genome Biol, Stockholm, Sweden.;Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Matikas, Alexios (författare)
- Karolinska Institutet
-
visa fler...
-
- Harbers, Luuk (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Acs, Balazs (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Boyaci, Ceren (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Zhang, Ning (författare)
- Karolinska Inst, Dept Med Biochem & Biophys, Div Genome Biol, Stockholm, Sweden.;Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.
-
- Salgkamis, Dimitrios (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Agartz, Susanne (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Moreno-Ruiz, Pablo (författare)
- Karolinska Inst, Dept Oncol Pathol, Stockholm, Sweden.
-
- Bai, Yalai (författare)
- Yale Sch Med, Dept Pathol, New Haven, CT USA.
-
- Rimm, David L. (författare)
- Yale Sch Med, Dept Pathol, New Haven, CT USA.
-
- Hartman, Johan (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Mezheyeuski, Artur (författare)
- Uppsala universitet,Experimentell och klinisk onkologi
-
- Bergh, Jonas (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Crosetto, Nicola (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Foukakis, Theodoros (författare)
- Karolinska Institutet
-
visa färre...
-
Karolinska Institutet Karolinska Inst, Dept Med Biochem & Biophys, Div Genome Biol, Stockholm, Sweden;Sci Life Lab, Stockholm, Sweden. (creator_code:org_t)
- 2021-11-19
- 2021
- Engelska.
-
Ingår i: npj Breast Cancer. - : Springer Nature. - 2374-4677. ; 7:1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://www.nature.c...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Emerging data indicate that genomic alterations can shape immune cell composition in early breast cancer. However, there is a need for complementary imaging and sequencing methods for the quantitative assessment of combined somatic copy number alteration (SCNA) and immune profiling in pathological samples. Here, we tested the feasibility of three approaches-CUTseq, for high-throughput low-input SCNA profiling, multiplexed fluorescent immunohistochemistry (mfIHC) and digital-image analysis (DIA) for quantitative immuno-profiling- in archival formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue samples from patients enrolled in the randomized SBG-2004-1 phase II trial. CUTseq was able to reproducibly identify amplification and deletion events with a resolution of 100 kb using only 6 ng of DNA extracted from FFPE tissue and pooling together 77 samples into the same sequencing library. In the same samples, mfIHC revealed that CD4 + T-cells and CD68 + macrophages were the most abundant immune cells and they mostly expressed PD-L1 and PD-1. Combined analysis showed that the SCNA burden was inversely associated with lymphocytic infiltration. Our results set the basis for further applications of CUTseq, mfIHC and DIA to larger cohorts of early breast cancer patients.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Zerdes, Ioannis
-
Simonetti, Miche ...
-
Matikas, Alexios
-
Harbers, Luuk
-
Acs, Balazs
-
Boyaci, Ceren
-
visa fler...
-
Zhang, Ning
-
Salgkamis, Dimit ...
-
Agartz, Susanne
-
Moreno-Ruiz, Pab ...
-
Bai, Yalai
-
Rimm, David L.
-
Hartman, Johan
-
Mezheyeuski, Art ...
-
Bergh, Jonas
-
Crosetto, Nicola
-
Foukakis, Theodo ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
npj Breast Cance ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet