Energetics of the proposed rate-determining step of the glyoxalase I reaction

Feierberg, IsabellaUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi (författare)

The proposed rate-limiting step of the reaction catalyzed by glyoxalase I is the proton abstraction from the C1 carbon atom of the substrate by a glutamate residue, resulting in a high-energy enolate intermediate. This proton transfer reaction was modelled using molecular dynamics and free energy perturbation simulations, with the empirical valence bond method describing the potential energy surface of the system. The calculated rate constant for the reaction is approximately 300-1500 s(-1) with Zn2+, Mg2+ or Ca2+ bound to the active site, which agrees well with observed kinetics of the enzyme. Furthermore, the results imply that the origin of the catalytic rate enhancement is mainly associated with enolate stabilization by the metal ion.

Cameron, Alexander D (författare)
Åqvist, JohanUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)johanaq (författare)
Uppsala universitetInstitutionen för cell- och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Feierberg, Isabe ...; Cameron, Alexand ...; Åqvist, Johan

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.