Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/141977" >
Metaxa: a software ...
Metaxa: a software tool for automated detection and discrimination among ribosomal small subunit (12S/16S/18S) sequences of archaea, bacteria, eukaryotes, mitochondria, and chloroplasts in metagenomes and environmental sequencing datasets
-
- Bengtsson-Palme, Johan, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Physiology,Department of Cell and Molecular Biology,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
- Eriksson, Martin, 1970 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
Hartmann, Martin, 1977 (författare)
-
visa fler...
-
Zheng, Wang (författare)
-
Shenoy, Belle Damodara (författare)
-
Grelet, Gwen-Aëlle (författare)
-
Abarenkov, Kessy (författare)
-
- Petri, Anna, 1980 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
- Alm Rosenblad, Magnus, 1957 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg
-
- Nilsson, R. Henrik, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2011-06-15
- 2011
- Engelska.
-
Ingår i: Antonie van Leeuwenhoek: international journal of general and molecular microbiology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0003-6072 .- 1572-9699. ; 100:3, s. 471-475
- Relaterad länk:
-
https://aura.abdn.ac...
-
visa fler...
-
http://dx.doi.org/10...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://research.cha...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The ribosomal small subunit (SSU) rRNA gene has emerged as an important genetic marker for taxonomic identification in environmental sequencing datasets. In addition to being present in the nucleus of eukaryotes and the core genome of prokaryotes, the gene is also found in the mitochondria of eukaryotes and in the chloroplasts of photosynthetic eukaryotes. These three sets of genes are conceptually paralogous and should in most situations not be aligned and analyzed jointly. To identify the origin of SSU sequences in complex sequence datasets has hitherto been a time-consuming and largely manual undertaking. However, the present study introduces Metaxa (http://microbiology.se/software/metaxa/), an automated software tool to extract full-length and partial SSU sequences from larger sequence datasets and assign them to an archaeal, bacterial, nuclear eukaryote, mitochondrial, or chloroplast origin. Using data from reference databases and from full-length organelle and organism genomes, we show that Metaxa detects and scores SSU sequences for origin with very low proportions of false positives and negatives. We believe that this tool will be useful in microbial and evolutionary ecology as well as in metagenomics.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
Nyckelord
- Metagenomics
- Microbial communities
- rRNA libraries
- Phylogenetic assignment
- Metagenomik
- Mikrobiella samhällen
- rRNA-bibliotek
- Mikrobiella samhällen
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Bengtsson-Palme, ...
-
Eriksson, Martin ...
-
Hartmann, Martin ...
-
Zheng, Wang
-
Shenoy, Belle Da ...
-
Grelet, Gwen-Aël ...
-
visa fler...
-
Abarenkov, Kessy
-
Petri, Anna, 198 ...
-
Alm Rosenblad, M ...
-
Nilsson, R. Henr ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Ekologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
- Artiklar i publikationen
-
Antonie van Leeu ...
-
Antonie van Leeu ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Chalmers tekniska högskola