Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:73c501c5-3224-4043-b2aa-4ee81ec15c3c" >
PHAISTOS: A framewo...
PHAISTOS: A framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure.
-
- Boomsma, Wouter (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Genomgår omorganisation,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Genomgår omorganisation,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics - Undergoing reorganization,Department of Astronomy and Theoretical Physics - Undergoing reorganization,Faculty of Science
-
Frellsen, Jes (författare)
-
Harder, Tim (författare)
-
visa fler...
-
Bottaro, Sandro (författare)
-
Johansson, Kristoffer E (författare)
-
Tian, Pengfei (författare)
-
Stovgaard, Kasper (författare)
-
Andreetta, Christian (författare)
-
Olsson, Simon (författare)
-
Valentin, Jan B (författare)
-
Antonov, Lubomir D (författare)
-
Christensen, Anders S (författare)
-
Borg, Mikael (författare)
-
Jensen, Jan H (författare)
-
Lindorff-Larsen, Kresten (författare)
-
Ferkinghoff-Borg, Jesper (författare)
-
Hamelryck, Thomas (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2013-04-26
- 2013
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of Computational Chemistry. - : Wiley. - 1096-987X .- 0192-8651. ; 34:19, s. 1697-1705
- Relaterad länk:
-
http://dx.doi.org/10...
-
visa fler...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- We present a new software framework for Markov chain Monte Carlo sampling for simulation, prediction, and inference of protein structure. The software package contains implementations of recent advances in Monte Carlo methodology, such as efficient local updates and sampling from probabilistic models of local protein structure. These models form a probabilistic alternative to the widely used fragment and rotamer libraries. Combined with an easily extendible software architecture, this makes PHAISTOS well suited for Bayesian inference of protein structure from sequence and/or experimental data. Currently, two force-fields are available within the framework: PROFASI and OPLS-AA/L, the latter including the generalized Born surface area solvent model. A flexible command-line and configuration-file interface allows users quickly to set up simulations with the desired configuration. PHAISTOS is released under the GNU General Public License v3.0. Source code and documentation are freely available from http://phaistos.sourceforge.net. The software is implemented in C++ and has been tested on Linux and OSX platforms. © 2013 Wiley Periodicals, Inc.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biofysik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biophysics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Boomsma, Wouter
-
Frellsen, Jes
-
Harder, Tim
-
Bottaro, Sandro
-
Johansson, Krist ...
-
Tian, Pengfei
-
visa fler...
-
Stovgaard, Kaspe ...
-
Andreetta, Chris ...
-
Olsson, Simon
-
Valentin, Jan B
-
Antonov, Lubomir ...
-
Christensen, And ...
-
Borg, Mikael
-
Jensen, Jan H
-
Lindorff-Larsen, ...
-
Ferkinghoff-Borg ...
-
Hamelryck, Thoma ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biofysik
- Artiklar i publikationen
-
Journal of Compu ...
- Av lärosätet
-
Lunds universitet