SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:139459267"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:139459267" > Integrating standar...

  • Ezewudo, M (författare)

Integrating standardized whole genome sequence analysis with a global Mycobacterium tuberculosis antibiotic resistance knowledgebase

  • Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2018-10-18
  • Springer Science and Business Media LLC,2018

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:139459267
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:139459267URI
  • https://doi.org/10.1038/s41598-018-33731-1DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Drug-resistant tuberculosis poses a persistent public health threat. The ReSeqTB platform is a collaborative, curated knowledgebase, designed to standardize and aggregate global Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) variant data from whole genome sequencing (WGS) with phenotypic drug susceptibility testing (DST) and clinical data. We developed a unified analysis variant pipeline (UVP) (https://github.com/CPTR-ReSeqTB/UVP) to identify variants and assign lineage from MTBC sequence data. Stringent thresholds and quality control measures were incorporated in this open source tool. The pipeline was validated using a well-characterized dataset of 90 diverse MTBC isolates with conventional DST and DNA Sanger sequencing data. The UVP exhibited 98.9% agreement with the variants identified using Sanger sequencing and was 100% concordant with conventional methods of assigning lineage. We analyzed 4636 publicly available MTBC isolates in the ReSeqTB platform representing all seven major MTBC lineages. The variants detected have an above 94% accuracy of predicting drug based on the accompanying DST results in the platform. The aggregation of variants over time in the platform will establish confidence-graded mutations statistically associated with phenotypic drug resistance. These tools serve as critical reference standards for future molecular diagnostic assay developers, researchers, public health agencies and clinicians working towards the control of drug-resistant tuberculosis.

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Borens, A (författare)
  • Chiner-Oms, A (författare)
  • Miotto, P (författare)
  • Chindelevitch, L (författare)
  • Starks, AM (författare)
  • Hanna, D (författare)
  • Liwskil, R (författare)
  • Zignol, M (författare)
  • Gilpin, C (författare)
  • Niemann, S (författare)
  • Kohl, TA (författare)
  • Warren, RM (författare)
  • Crook, D (författare)
  • Gagneux, S (författare)
  • Hoffner, SKarolinska Institutet (författare)
  • Rodrigues, C (författare)
  • Comas, I (författare)
  • Engelthaler, DM (författare)
  • Alland, D (författare)
  • Rigouts, L (författare)
  • Lange, CKarolinska Institutet (författare)
  • Dheda, K (författare)
  • Hasan, R (författare)
  • McNerney, R (författare)
  • Cirillo, DM (författare)
  • Schito, M (författare)
  • Rodwell, TC (författare)
  • Posey, J (författare)
  • Karolinska Institutet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Scientific reports: Springer Science and Business Media LLC8:1, s. 15382-2045-2322

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy