| 1. |
- Uhlén, Mathias, et al.
(author)
-
A human protein atlas for normal and cancer tissues based on antibody proteomics
- 2005
-
In: Molecular & Cellular Proteomics. - 1535-9476 .- 1535-9484. ; 4:12, s. 1920-1932
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Antibody-based proteomics provides a powerful approach for the functional study of the human proteome involving the systematic generation of protein-specific affinity reagents. We used this strategy to construct a comprehensive, antibody-based protein atlas for expression and localization profiles in 48 normal human tissues and 20 different cancers. Here we report a new publicly available database containing, in the first version, similar to 400,000 high resolution images corresponding to more than 700 antibodies toward human proteins. Each image has been annotated by a certified pathologist to provide a knowledge base for functional studies and to allow queries about protein profiles in normal and disease tissues. Our results suggest it should be possible to extend this analysis to the majority of all human proteins thus providing a valuable tool for medical and biological research.
|
|
| 2. |
- Egeland Ljung, Birgitta, et al.
(author)
-
Forskningsetiska frågor i flerspråkiga kontexter : Dilemman vid studier med vuxna och ungdomar med kort tidigare skolbakgrund
- 2023
-
In: Språk i praktiken – i en föränderlig värld. - : Stockholms universitet. - 9789187884306 ; , s. 309-329
-
Book chapter (other academic/artistic)abstract
- Syftet med detta kapitel är att bidra till en dialog gällande forskningsetik utifrånsåväl juridiska som humanistiska aspekter. Exempel hämtas från dilemman somuppstått i etnografiskt inriktade studier där deltagarna är andraspråksanvändareav svenska och där många har begränsad erfarenhet av formell utbildning ochanvändning av skrift. Det kan vara svårt att ge forskningsinformation på ett sättsom elever med olika bakgrund förstår, särskilt vad gäller konsekvenserna avinformationen, av att delta i forskningen och vad det betyder att vara anonym.En utgångspunkt för kapitlet tas i begrepp som rör etisk omtanke samt i begreppsom rör samtycke och som utvecklats inom forskning om och med barn: inlärtsamtycke och samtycke som pågående process. Samtliga begrepp behandlar på ett ellerannat sätt den makt forskaren har i relation till deltagarna. Vidare diskuteras hurdeltagares eventuella utsatthet eller sårbarhet behöver ses i relation till denaktuella kontexten snarare än utifrån på förhand definierade kategorier.Avslutningsvis belyses forskares ansvar för att hela tiden göra etiskaöverväganden i sin profession och att dessa innebär en ständig och systematiskreflektion och en mängd val. Vi ser ett samhällsintresse i att etnografisk forskninggenomförs i andraspråkssammanhang där deltagarna i olika avseenden kanbetraktas som i en utsatt position. Detta ställer krav på utveckling av nu användaformer för samtyckesförfarande.
|
|
| 3. |
- Ljung Egeland, Birgitta, et al.
(author)
-
Forskningsetiska frågor i flerspråkiga kontexter : Dilemman vid studier med vuxna och ungdomar med kort tidigare skolbakgrund
- 2023
-
In: Språk i praktiken – i en föränderlig värld. - Uppsala : Stockholms universitet. - 1100-5629 .- 2004-108X. - 9789187884306 ; , s. 309-329
-
Book chapter (peer-reviewed)abstract
- Syftet med detta kapitel är att bidra till en dialog gällande forskningsetik utifrån såväl juridiska som humanistiska aspekter. Exempel hämtas från dilemman som uppstått i etnografiskt inriktade studier där deltagarna är andraspråksanvändare av svenska och där många har begränsad erfarenhet av formell utbildning och användning av skrift. Det kan vara svårt att ge forskningsinformation på ett sätt som elever med olika bakgrund förstår, särskilt vad gäller konsekvenserna av informationen, av att delta i forskningen och vad det betyder att vara anonym. En utgångspunkt för kapitlet tas i begrepp som rör etisk omtanke samt i begrepp som rör samtycke och som utvecklats inom forskning om och med barn: inlärtsamtycke och samtycke som pågående process. Samtliga begrepp behandlar på ett eller annat sätt den makt forskaren har i relation till deltagarna. Vidare diskuteras hur deltagares eventuella utsatthet eller sårbarhet behöver ses i relation till denaktuella kontexten snarare än utifrån på förhand definierade kategorier. Avslutningsvis belyses forskares ansvar för att hela tiden göra etiska överväganden i sin profession och att dessa innebär en ständig och systematisk reflektion och en mängd val. Vi ser ett samhällsintresse i att etnografisk forskninggenomförs i andraspråkssammanhang där deltagarna i olika avseenden kan betraktas som i en utsatt position. Detta ställer krav på utveckling av nu använda former för samtyckesförfarande.
|
|
| 4. |
- Wang, Gang, et al.
(author)
-
Assessment of chronic bronchitis and risk factors in young adults : results from BAMSE
- 2020
-
In: European Respiratory Journal. - Stockholm : Karolinska Institutet, Dept of Clinical Science and Education, Södersjukhuset. - 0903-1936 .- 1399-3003.
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- BACKGROUND: Chronic bronchitis is associated with substantial morbidity among elderly adults, but little is known about its prevalence and risk factors in young adults. Our aim was to assess the prevalence and early life risk factors for chronic bronchitis in young adults. METHODS: Questionnaire data and clinical measures from the 24-year follow-up of the Swedish BAMSE cohort were used. We assessed chronic bronchitis (CB) as the combination of cough and mucus production in the morning during winter. Environmental and clinical data from birth and onwards were used for analyses of risk factors. RESULTS: At the 24-year follow-up, 75% (n=3064) participants completed the questionnaire and 2030 performed spirometry. The overall prevalence of CB was 5.5% (n=158) with similar estimates in males and females. Forty-nine percent of CB cases experienced more than 3 self-reported respiratory infections in the last year compared to 18% in non-CB subjects (p<0.001), and 37% of cases were current smokers (versus 19%). Statistically significant lower post-FEV(1)/FVC were observed in CB compared to non-CB subjects (mean z-score -0.06 versus 0.13, p=0.027). Daily smoking (adjusted Odds Ratio, aOR=3.85, p<0.001), air pollution exposure (black carbon during ages 1-4 years old, aOR=1.71 per 1 μg·m(3) increase, p=0.009) and exclusive breast-feeding during four months or more (aOR=0.66, p=0.044) were associated with CB. CONCLUSION: Chronic bronchitis in young adults is associated with recurrent respiratory infections. Besides smoking, our results support role of early life exposures, such as air pollution and exclusive breast-feeding, for respiratory health later in life.
|
|
| 5. |
- Wang, Gang, et al.
(author)
-
Early-life risk factors for reversible and irreversible airflow limitation in young adults : findings from the BAMSE birth cohort
- 2021
-
In: Thorax. - : BMJ Publishing Group Ltd. - 0040-6376 .- 1468-3296. ; 76:5, s. 503-507
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- We aimed to determine prevalence and early-life risk factors for reversible and irreversible airflow limitation in young adults from the general population. Among young adults in their 20s, the prevalence was 5.3% for reversible airflow limitation and 2.0% for irreversible airflow limitation. While parental asthma was the only risk factor for development of reversible airflow limitation, the risk factors for development of irreversible airflow limitation were current asthma, childhood respiratory tract infections and asthma, and exposure to air pollution.
|
|
| 6. |
- Ahlgren, Karin, et al.
(author)
-
De stora restaureringarna : Från Uppsala domkyrka till Skokloster
- 2004
-
Reports (pop. science, debate, etc.)abstract
- De stora restaureringarna har varit årets tema. Genom att dokumentera och analysera teori och praktik i några av 1800- och 1900-talets största restaureringar - från genomgripande stilrestaureringar till ett mer återhållsamt och tekniskt skonsamt synsätt. Därmed får vi också ett bättre underlag även för dagens ställningstagande.Föremål för våra studier är Uppsala domkyrka, Gripsholms slott, Vreta klosterkyrka, Gustav 11I:s paviljong i Haga, Kungapalatset i Vadstena och Skoklosters slott. Vi hoppas att denna utställning skall bidra till en kritisk hållning och en ökad kunskap om restaureringskonsten, som kvalificerad yrkesuppgift, tidsspegel för historiesyn och som gestaltningsideal.
|
|
| 7. |
- Ahlin, Gustav, et al.
(author)
-
Structural requirements for drug inhibition of the liver specific human organic cation transport protein 1
- 2008
-
In: Journal of Medicinal Chemistry. - : American Chemical Society (ACS). - 0022-2623 .- 1520-4804. ; 51:19, s. 5932-5942
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- The liver-specific organic cation transport protein (OCT1; SLC22A1) transports several cationic drugs including the antidiabetic drug metformin and the anticancer agents oxaliplatin and imatinib. In this study, we explored the chemical space of registered oral drugs with the aim of studying the inhibition pattern of OCT1 and of developing predictive computational models of OCT1 inhibition. In total, 191 structurally diverse compounds were examined in HEK293-OCT1 cells. The assay identified 47 novel inhibitors and confirmed 15 previously known inhibitors. The enrichment of OCT1 inhibitors was seen in several drug classes including antidepressants. High lipophilicity and a positive net charge were found to be the key physicochemical properties for OCT1 inhibition, whereas a high molecular dipole moment and many hydrogen bonds were negatively correlated to OCT1 inhibition. The data were used to generate OPLS-DA models for OCT1 inhibitors; the final model correctly predicted 82% of the inhibitors and 88% of the noninhibitors of the test set.
|
|
| 8. |
- Alhamdow, Ayman, et al.
(author)
-
Low-level exposure to polycyclic aromatic hydrocarbons is associated with reduced lung function among Swedish young adults
- 2021
-
In: Environmental Research. - : Elsevier BV. - 0013-9351 .- 1096-0953. ; 197
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Background: Exposure to polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) has been linked to adverse pulmonary effects. However, the impact of low-level environmental PAH exposure on lung function in early adulthood remains uncertain. Objectives: To evaluate the associations between urinary PAH metabolites and lung function parameters in young adults. Methods: Urinary metabolites of pyrene, phenanthrene, and fluorene were analysed in 1000 young adults from Sweden (age 22–25 years) using LC-MS/MS. Lung function and eosinophilic airway inflammation were measured by spirometry and exhaled nitric oxide fraction (FeNO), respectively. Linear regression analysis was used to evaluate associations between PAH metabolites and the outcomes. Results: Median urinary concentrations of 1-OH-pyrene, ∑OH-phenanthrene, and ∑OH-fluorene were 0.066, 0.36, 0.22 μg/L, respectively. We found inverse associations of ∑OH-phenanthrene and ∑OH-fluorene with FEV1 and FVC, as well as between 1-OH-pyrene and FEV1/FVC ratio (adjusted P < 0.05; all participants). An increase of 1% in ∑OH-fluorene was associated with a decrease of 73 mL in FEV1 and 59 mL in FVC. In addition, ∑OH-phenanthrene concentrations were, in a dose-response manner, inversely associated with FEV1 (B from −109 to −48 compared with the lowest quartile of ∑OH-phenanthrene; p trend 0.004) and FVC (B from −159 to −102 compared with lowest quartile; p-trend <0.001). Similar dose-response associations were also observed between ∑OH-fluorene and FEV1 and FVC, as well as between 1-OH-pyrene and FEV1/FVC (p-trend <0.05). There was no association between PAH exposure and FeNO, nor was there an interaction with smoking, sex, or asthma. Conclusion: Low-level PAH exposure was, in a dose-response manner, associated with reduced lung function in young adults. Our findings have public health implications due to i) the widespread occurrence of PAHs in the environment and ii) the clinical relevance of lung function in predicting all-cause and cardiovascular disease mortality.
|
|
| 9. |
- Alskär, Linda C., et al.
(author)
-
Impact of Drug Physicochemical Properties on Lipolysis-Triggered Drug Supersaturation and Precipitation from Lipid-Based Formulations
- 2018
-
In: Molecular Pharmaceutics. - : American Chemical Society (ACS). - 1543-8384 .- 1543-8392. ; 15:10, s. 4733-4744
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- In this study we investigated lipolysis-triggered supersaturation and precipitation of a set of model compounds formulated in lipid-based formulations (LBFs). The purpose was to explore the relationship between precipitated solid form and inherent physicochemical properties of the drug. Eight drugs were studied after formulation in three LBFs, representing lipid-rich (extensively digestible) to surfactant-rich (less digestible) formulations. In vitro lipolysis of drug-loaded LBFs were conducted, and the amount of dissolved and precipitated drug was quantified. Solid form of the precipitated drug was characterized with polarized light microscopy (PLM) and Raman spectroscopy. A significant solubility increase for the weak bases in the presence of digestion products was observed, in contrast to the neutral and acidic compounds for which the solubility decreased. The fold-increase in solubility was linked to the degree of ionization of the weak bases and thus their attraction to free fatty acids. A high level of supersaturation was needed to cause precipitation. For the weak bases, the dose number indicated that precipitation would not occur during lipolysis; hence, these compounds were not included in further studies. The solid state analysis proved that danazol and griseofulvin precipitated in a crystalline form, while niclosamide precipitated as a hydrate. Felodipine and indomethacin crystals were visible in the PLM, whereas the Raman spectra showed presence of amorphous drug, indicating amorphous precipitation that quickly crystallized. The solid state analysis was combined with literature data to allow analysis of the relationship between solid form and the physicochemical properties of the drug. It was found that low molecular weight and high melting temperature increases the probability of crystalline precipitation, whereas precipitation in an amorphous form was favored by high molecular weight, low melting temperature, and positive charge.
|
|
| 10. |
- Arnell, Jenny, et al.
(author)
-
Energi och miljöintegrering genom utnyttjande av lågvärdigt värme från kraftvärmeverk och fjärrvärmeanläggningar för effektivisering av avloppsvattenrening
- 2004
-
Reports (other academic/artistic)abstract
- Kväve i utgående vatten från avloppsreningsverk ger upphov till övergödning av många havsområden och sjöar med syrebrist och döda bottnar som följd. EU:s direktiv för avloppsvatten ställer högre krav på rening av kväve vid Svenska avloppsvattenrening. Att höja temperaturen på avloppsvattnet under de kalla perioderna kan vara en kostnadseffektiv lösning på kvävereningen. Värmeavtappning från fjärrvärmenätet till reningsverken leder till lägre temperaturer på returvattnet och detta medför att tillvaratagandet av energi kan optimeras. En lägre returtemperatur ger bättre förutsättningar för rökgaskondensering och därmed en förbättrad rening av de utgående rökgaserna. De praktiska möjligheterna att generera el i kraftvärmeanläggningar begränsas av fjärrvärmereturens temperatur. Det innebär att fjärrvärmeproducenterna får avsättning för lågvärdig värme och kan optimera sin elproduktion. För reningsverken innebär det miljömässiga och ekonomiska vinster genom att de får en effektivare och stabilare reningsprocess och kan uppfylla de hårdare kraven på kvävereningen. I en pilotstudie under verkliga förutsättningar har man inom projektet utrett den verkliga vinsten och studerat de problematiska stegen i den tekniska lösningen.
|
|
