| 1. |
- Beal, Jacob, et al.
(författare)
-
Robust estimation of bacterial cell count from optical density
- 2020
-
Ingår i: Communications Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2399-3642. ; 3:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data.
|
|
| 2. |
- Bergkvist, Lisa, et al.
(författare)
-
Carbon Sequestration Potential f Agroforestry Systems For Phytoremediation In Chinandega, Nicaragua
- 2018
-
Ingår i: Linnaeus Eco-Tech 2018. ; , s. 211-211
-
Konferensbidrag (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Greenhouse gases in the atmosphere have increased to earlier unrecorded levels, causing global climate change that increases GMT and threaten ecosystems and livelihoods. IPCC report suggest that agroforestry offers considerable carbon sequestration (c seq.) potential, especially for developing countries. The purpose of this study is to estimate the c seq. potential in different agroforestry systems suitable in Chinandega, Nicaragua - a deforested region where the ground is polluted by toxaphene and other POP:s. Three scenarios where studied; Shading system using Tectona grandis and Pogostemon cablin; Alley cropping using Erythrina poeppigiana and Ricinus communis and Silvopasture using Cordia alliodora and Brachiaria ruziziensis, the last scenario being divided into two subscenarios; unmanaged (grazed) and managed (harvested) grass. Calculations were performed using the modelling program CO2FIX v. 3.2, with a runtime of 100 years and assuming deforested area with no previous land use. Results show a significantly higher c seq. potential in Shading system (168/217 MgC/ha). Alley cropping yields 71 MgC/ha and Silvopasture results in 80/84 MgC/ha unmanaged and 65/70 MgC/ha managed. The higher number includes products from harvest. All scenarios show fluctuations over time due to thinning and harvesting practices. Phytoremediation potential of POPs has been shown in Ricinus communis and grass species. Soil c seq. is especially important to consider in longterm scenarios as this c seq. can be sustained over longer time. The inclusion of crop residue, the effect of grazing animals or changes in density of trees and crops and environmental fate of the toxic compounds need further assessment before considering large scale applications. Agroforestry practices could contribute to several benefits, including climate change mitigation and phytoremediation.
|
|
| 3. |
- Docherty, Anna R, et al.
(författare)
-
GWAS Meta-Analysis of Suicide Attempt: Identification of 12 Genome-Wide Significant Loci and Implication of Genetic Risks for Specific Health Factors.
- 2023
-
Ingår i: The American journal of psychiatry. - : American Psychiatric Association Publishing. - 1535-7228 .- 0002-953X. ; 180:10, s. 723-738
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Suicidal behavior is heritable and is a major cause of death worldwide. Two large-scale genome-wide association studies (GWASs) recently discovered and cross-validated genome-wide significant (GWS) loci for suicide attempt (SA). The present study leveraged the genetic cohorts from both studies to conduct the largest GWAS meta-analysis of SA to date. Multi-ancestry and admixture-specific meta-analyses were conducted within groups of significant African, East Asian, and European ancestry admixtures.This study comprised 22 cohorts, including 43,871 SA cases and 915,025 ancestry-matched controls. Analytical methods across multi-ancestry and individual ancestry admixtures included inverse variance-weighted fixed-effects meta-analyses, followed by gene, gene-set, tissue-set, and drug-target enrichment, as well as summary-data-based Mendelian randomization with brain expression quantitative trait loci data, phenome-wide genetic correlation, and genetic causal proportion analyses.Multi-ancestry and European ancestry admixture GWAS meta-analyses identified 12 risk loci at p values <5×10-8. These loci were mostly intergenic and implicated DRD2, SLC6A9, FURIN, NLGN1, SOX5, PDE4B, and CACNG2. The multi-ancestry SNP-based heritability estimate of SA was 5.7% on the liability scale (SE=0.003, p=5.7×10-80). Significant brain tissue gene expression and drug set enrichment were observed. There was shared genetic variation of SA with attention deficit hyperactivity disorder, smoking, and risk tolerance after conditioning SA on both major depressive disorder and posttraumatic stress disorder. Genetic causal proportion analyses implicated shared genetic risk for specific health factors.This multi-ancestry analysis of suicide attempt identified several loci contributing to risk and establishes significant shared genetic covariation with clinical phenotypes. These findings provide insight into genetic factors associated with suicide attempt across ancestry admixture populations, in veteran and civilian populations, and in attempt versus death.
|
|
| 4. |
- Maudsdotter, Lisa, 1984-, et al.
(författare)
-
Lactobacilli reduce cell cytotoxicity caused by Streptococcus pyogenes by producing lactic acid that degrades the toxic component lipoteichoic acid
- 2011
-
Ingår i: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 0066-4804 .- 1098-6596. ; 55:4, s. 1622-1628
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Lactobacilli are known to prevent colonization by many pathogens; nevertheless, the mechanisms of their protective effect are largely unknown. In this work, we investigated the role of lactobacilli during infection of epithelial cells with group A streptococci (GAS). GAS cause a variety of illnesses ranging from noninvasive disease to more severe invasive infections, such as necrotizing fasciitis and toxic shock-like syndrome. Invasion of deeper tissues is facilitated by GAS-induced apoptosis and cell death. We found that lactobacilli inhibit GAS-induced host cell cytotoxicity and shedding of the complement regulator CD46. Further, survival assays demonstrated that lactic acid secreted by lactobacilli is highly bactericidal toward GAS. In addition, lactic acid treatment of GAS, but not heat killing, prior to infection abolishes the cytotoxic effects against human cells. Since lipoteichoic acid (LTA) of GAS is heat resistant and cytotoxic, we explored the effects of lactic acid on LTA. By applying such an approach, we demonstrate that lactic acid reduces epithelial cell damage caused by GAS by degrading both secreted and cell-bound LTA. Taken together, our experiments reveal a mechanism by which lactobacilli prevent pathogen-induced host cell damage.
|
|
| 5. |
- Mullins, Niamh, et al.
(författare)
-
Dissecting the Shared Genetic Architecture of Suicide Attempt, Psychiatric Disorders, and Known Risk Factors
- 2022
-
Ingår i: Biological Psychiatry. - : Elsevier. - 0006-3223 .- 1873-2402. ; 91:3, s. 313-327
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- BACKGROUND: Suicide is a leading cause of death worldwide, and nonfatal suicide attempts, which occur far more frequently, are a major source of disability and social and economic burden. Both have substantial genetic etiology, which is partially shared and partially distinct from that of related psychiatric disorders.METHODS: We conducted a genome-wide association study (GWAS) of 29,782 suicide attempt (SA) cases and 519,961 controls in the International Suicide Genetics Consortium (ISGC). The GWAS of SA was conditioned on psychiatric disorders using GWAS summary statistics via multitrait-based conditional and joint analysis, to remove genetic effects on SA mediated by psychiatric disorders. We investigated the shared and divergent genetic architectures of SA, psychiatric disorders, and other known risk factors.RESULTS: Two loci reached genome-wide significance for SA: the major histocompatibility complex and an intergenic locus on chromosome 7, the latter of which remained associated with SA after conditioning on psychiatric disorders and replicated in an independent cohort from the Million Veteran Program. This locus has been implicated in risk-taking behavior, smoking, and insomnia. SA showed strong genetic correlation with psychiatric disorders, particularly major depression, and also with smoking, pain, risk-taking behavior, sleep disturbances, lower educational attainment, reproductive traits, lower socioeconomic status, and poorer general health. After conditioning on psychiatric disorders, the genetic correlations between SA and psychiatric disorders decreased, whereas those with nonpsychiatric traits remained largely unchanged.CONCLUSIONS: Our results identify a risk locus that contributes more strongly to SA than other phenotypes and suggest a shared underlying biology between SA and known risk factors that is not mediated by psychiatric disorders.
|
|
| 6. |
- Ahlgren, Göran M., et al.
(författare)
-
Docetaxel Versus Surveillance After Radical Prostatectomy for High-risk Prostate Cancer : Results from the Prospective Randomised, Open-label Phase 3 Scandinavian Prostate Cancer Group 12 Trial
- 2018
-
Ingår i: European Urology. - : Elsevier BV. - 0302-2838. ; 73:6, s. 870-876
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Adjuvant chemotherapy is standard treatment for other solid tumours, but to date has not proven effective in prostate cancer. Objective: o evaluate whether six cycles of docetaxel alone improve biochemical disease-free survival after radical prostatectomy for high-risk prostate cancer. Design, setting, and participants: Open-label, randomised multinational phase 3 trial. Enrolment of 459 patients after prostatectomy. Inclusion criteria: high-risk pT2 margin positive or pT3a Gleason score ≥4+3, pT3b, or lymph node positive disease Gleason score ≥3+4. Patients assigned (1:1) to either six cycles of adjuvant docetaxel 75mg/m2 every 3 wk without daily prednisone (Arm A) or surveillance (Arm B) until endpoint was reached. Primary endpoint was prostate-specific antigen progression ≥0.5 ng/ml. Intervention: Docetaxel treatment after prostatectomy. Results and limitations: Median time to progression, death, or last follow-up was 56.8 mo. Primary endpoint was reached in 190/459 patients-the risk of progression at 5 yr being 41% (45% in Arm A and 38% in Arm B). There was evidence of nonproportional hazards in Kaplan-Meier analysis, so we used the difference in restricted mean survival time as the primary estimate of effect. Restricted mean survival time to endpoint was 43 mo in Arm A versus 46 mo in Arm B (p = 0.06), a nonsignificant difference of 3.2 mo (95% confidence interval: 6.7 to -1.5 mo). A total of 116 serious adverse events were recorded in Arm A and 41 in Arm B with no treatment-related deaths. Not all patients received docetaxel by protocol. The endpoint is biochemical progression and some patients received radiation treatment before the endpoint. Conclusions: Docetaxel without hormonal therapy did not significantly improve biochemical disease-free survival after radical prostatectomy. Patient summary: In this randomised trial, we tested whether chemotherapy after surgery for high-risk prostate cancer decreases the risk of a rising prostate-specific antigen. We found no benefit from docetaxel given after radical prostatectomy. In this randomised trial, docetaxel without hormonal therapy or continuous corticosteroids was given after radical prostatectomy for high-risk prostate cancer. We found no benefit from docetaxel alone given after radical prostatectomy.
|
|
| 7. |
- Ahnström, Eva-Lisa, et al.
(författare)
-
The profession of research management and administration in Sweden
- 2023
-
Ingår i: The Emerald Handbook of Research Management and Administration Around the World. - : Emerald Group Publishing Ltd.. - 9781803827018 - 9781803827025 ; , s. 751-757
-
Bokkapitel (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- This chapter outlines the development of the Swedish Higher Education System that led to the evolution of the profession of research management and administration (RMA) in Sweden. Evolution from an informal network towards more formalised and structured work within the Swedish RMA community is highlighted. Discussion on the level of salaries development depending on the education level, gender, experience and roles are elaborated too. The majority of the Swedish RMA community are women, which does not differ from most other RMA communities around the world. Swedish Association of Research Managers and Administrators (SWARMA) is the bridge between national research and innovation funding agencies and researchers. SWARMA selected members actively participate in the reference groups for EU R&I programmes. The future for RMAs in Sweden looks bright!.
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
- Andersson Granberg, Tobias, et al.
(författare)
-
Tåla : Trygghetsskapande åtgärder för landsbygden
- 2010
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- I april 2010 gav regeringen i uppdrag till Myndigheten för samhällsskydd och beredskap (MSB) att i ett projekt öka säkerheten på landsbygden genom nya former för räddning och respons. Inom ramen för ovanstående uppdrag, vilket benämns ”Samhällsviktig samverkan i landsbygd” har CARER – Centrum för respons- och räddningssystem – vid Linköpings universitet fått i uppdrag av MSB att inventera vilka behov och resurser för säkerhet och trygghet som existerar på lands- och glesbygd, samt undersöka vilka andra projekt och initiativ som föregått detta, nationellt och internationellt. CARERs projekt, som görs inom ramen för regeringsuppdraget, benämns Trygghetshöjande åtgärder för landsbygden (TÅLA).TÅLA har genomförts som fyra sammanhängande delstudier där de två första delstudierna använder kvalitativ metodik, främst intervjuer, och syftar till att skapa en förståelse för den upplevda tryggheten på lands- och glesbygden, samt utröna vad den består i och hur den kan stärkas. Delstudie 3 syftar till att kvantitativt uttrycka behov och resurser för säkerhet och trygghet på landsoch glesbygd genom ett urval av indikatorer. Delstudie 4 syftar till att ge en överblick över tidigare forskning och utveckling på området.Några generella slutsatser som kan dras från TÅLA-projektets olika delstudier är att det finns en god medvetenhet hos boende i land- och glesbygd för att det kan ta tid innan hjälp kan fås ifrån de traditionella räddningssystemen (som till exempel polis eller räddningstjänst), ett faktum som också kan bekräftas numerärt. Vissa indikatorer tyder dessutom på att boende på lands- och glesbygden är mer drabbade av olyckor än boende i tätort, vilket ger ett ökat behov av de aktuella resurserna. Detta har lett till att nya typer av lösningar har utvecklats, oftast av de boende, för att bistå vid olyckor, många baserade på självhjälp och frivillighet.Tydligt är också att trygghet omfattar mer än bara blåljusverksamheter och stöd från det allmänna. Här inkluderas också behov som el, vatten och möjligheten att handla mat. En stor del av den upplevda tryggheten hos befolkningen kommer från det sociala nätverk som finns i respektive by. Möjligheter till kommunikation är centralt och det är när individen är ensam utan möjlighet till kontakt med omvärlden som den största otryggheten infinner sig.Det framkom under projektet flera exempel på samverkan och de som medverkar framhåller vikten av att känna varandra innan insatsen, för att bästa möjliga resultat ska uppnås. Såväl de båda kvalitativa studierna som kunskapsöversikten pekar på att en trolig väg till framgång för en ökad säkerhet och trygghet på landsbygden bygger på att de lokala resurserna och strukturerna nyttjas i samverkan med de traditionella räddningsresurserna. Detta innebär att det bör vara möjligt att stärka dels de boendes möjligheter att hjälpa sig själva och att hjälpa varandra, men också att nyttja organisationer som idag inte tillhör blåljusmyndigheterna för att i samverkan med räddningstjänsten, sjukvården och polisen kunna bistå vid olyckor, akuta sjukdomsförlopp och andra relevanta händelser. Viktigt att beakta i detta sammanhang är då att använda de befintliga strukturer som existerar bland såväl boende som olika organisationer, för att på bästa sätt kunna dra nytta av den lokala kunskap, de resurser och det engagemang som existerar.
|
|
| 10. |
- Andersson, Lotta, et al.
(författare)
-
Underlag till kontrollstation 2015 för anpassning till ett förändrat klimat
- 2015
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- När klimatet förändras påverkas människor och deras egendom, företag, kommunal och statlig verksamhet, vilket gör att såväl myndigheter, kommuner, företag som enskilda fastighetsägare måste agera.Översvämningar, värmeböljor, ras och skred är bara några exempel på vad vi behöver rusta oss för. Vi ska möta klimatförändringar som sker här i Sverige, men vi måste också anpassa oss till vad klimatförändringar i andra länder innebär för Sverige.Kostnaderna för klimatanpassning kan bli höga, men bedöms av bland andra EUkommissionen ändå löna sig i förhållande till de skadekostnader som uppstår om inga åtgärder vidtas.Klimatanpassningsarbetet i Sverige har gått framåt under de senaste åren. Några exempel på myndighetsuppdrag är Nationell höjddatabas, Ras- och skredkarteringen av Göta älvdalen, Dricksvattenutredningen, länsstyrelsernas regionala handlingsplaner för klimatanpassning, samt inrättandet av Nationellt kunskapscentrum för klimatanpassning.Sveriges meteorologiska och hydrologiska instituts arbete med regeringsuppdraget att utarbeta underlag till kontrollstation 2015 för anpassning till ett förändrat klimat, visar på stort behov av fortsatta insatser. Denna rapport ger förslag till en färdplan för klimatanpassningen i Sverige. Slutsatserna handlar framförallt om att arbetet måste bedrivas långsiktigt, att roller och mandat förtydligas samt att en bättre samordning mellan olika aktörer uppnås.De viktigaste slutsatserna för fortsatt arbete är:Regelverk behöver anpassas, roller och ansvar samt strategier och mål måstetydliggörasPrioriterade forsknings- och utvecklingsinsatser, som fyller identifierade kunskapsbehov inklusive långtidsövervakning, behöver finansierasKunskap, beslutstöd och prognos- och varningssystem behöver göras mer tillgängligaHur kostnader ska fördelas mellan olika aktörer och hur resurser till prioriterade åtgärder ska säkerställas, behöver klarläggasUppdraget har inneburit att sammanställa kunskap om nuvarande och framtida risker och konsekvenser för samhället av ett förändrat klimat, till exempel effekter på samhällsviktiga funktioner och människors hälsa. Arbetet har också omfattat en kartläggning över vad som genomförts sedan Klimat- och sårbarhetsutredningen presenterades år 2007. Utifrån det underlaget har målet varit att beskriva behoven och lämna förslag på åtgärder för anpassning av olika delar av samhället. Hänsyn har tagits till EU:s strategi för klimatanpassning. Arbetet har bedrivits i bred samverkan med myndigheter, kommuner, forskare, branschorganisationer och andra näringslivsrepresentanter.Redovisningen av uppdraget omfattar en huvudrapport samt 18 bilagor. Huvudrapportens tredje kapitel är en syntes av rapportens alla förslag, och kan ses som färdplanen för att säkerställa att Sverige klimatanpassas.
|
|
