SwePub
Sök i SwePub databas

  Utökad sökning

Träfflista för sökning "id:"swepub:oai:DiVA.org:su-89873" "

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-89873"

  • Resultat 1-1 av 1
Sortera/gruppera träfflistan
   
NumreringReferensOmslagsbildHitta
1.
  • Granholm, Viktor, 1986-, et al. (författare)
  • Determining the calibration of confidence estimation procedures for unique peptides in shotgun proteomics
  • 2013
  • Ingår i: Journal of Proteomics. - : Elsevier BV. - 1874-3919 .- 1876-7737. ; 80, s. 123-131
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
    • The analysis of a shotgun proteomics experiment results in a list of peptide-spectrum matches (PSMs) in which each fragmentation spectrum has been matched to a peptide in a database. Subsequently, most protein inference algorithms rank peptides according to the best-scoring PSM for each peptide. However, there is disagreement in the scientific literature on the best method to assess the statistical significance of the resulting peptide identifications. Here, we use a previously described calibration protocol to evaluate the accuracy of three different peptide-level statistical confidence estimation procedures: the classical Fisher's method, and two complementary procedures that estimate significance, respectively, before and after selecting the top-scoring PSM for each spectrum. Our experiments show that the latter method, which is employed by MaxQuant and Percolator, produces the most accurate, well-calibrated results.
  •  
Skapa referenser, mejla, bekava och länka
  • Resultat 1-1 av 1
Typ av publikation
tidskriftsartikel (1)
Typ av innehåll
refereegranskat (1)
Författare/redaktör
Fernandez Navarro, J ... (1)
Käll, Lukas (1)
Noble, William Staff ... (1)
Granholm, Viktor, 19 ... (1)
Lärosäte
Kungliga Tekniska Högskolan (1)
Stockholms universitet (1)
Språk
Engelska (1)
Forskningsämne (UKÄ/SCB)
Naturvetenskap (1)
År
2013 (1)

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy