Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-285717" >
Predicting target p...
-
Ahmed, LaeeqKTH,Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST),Royal Inst Technol KTH, Dept Elect Engn & Computat Sci, Lindstedtsvagen 5, S-10044 Stockholm, Sweden.
(författare)
Predicting target profiles with confidence as a service using docking scores
- Artikel/kapitelEngelska2020
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2020-10-15
-
Springer Nature,2020
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-285717
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-285717URI
-
https://doi.org/10.1186/s13321-020-00464-1DOI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-424040URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
QC 20201126
-
Background: Identifying and assessing ligand-target binding is a core component in early drug discovery as one or more unwanted interactions may be associated with safety issues. Contributions: We present an open-source, extendable web service for predicting target profiles with confidence using machine learning for a panel of 7 targets, where models are trained on molecular docking scores from a large virtual library. The method uses conformal prediction to produce valid measures of prediction efficiency for a particular confidence level. The service also offers the possibility to dock chemical structures to the panel of targets with QuickVina on individual compound basis. Results: The docking procedure and resulting models were validated by docking well-known inhibitors for each of the 7 targets using QuickVina. The model predictions showed comparable performance to molecular docking scores against an external validation set. The implementation as publicly available microservices on Kubernetes ensures resilience, scalability, and extensibility.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Alogheli, HibaUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)hibhu475
(författare)
-
Arvidsson Mc Shane, StaffanUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)staar541
(författare)
-
Alvarsson, Jonathan,1981-Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)jonal195
(författare)
-
Berg, ArvidUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)arvbe873
(författare)
-
Larsson, AndersUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,nbis - national bioinformatics infrastructure sweden(Swepub:uu)andla958
(författare)
-
Schaal, Wesley,PhDUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)weslscha
(författare)
-
Laure, ErwinKTH,Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST),Royal Inst Technol KTH, Dept Elect Engn & Computat Sci, Lindstedtsvagen 5, S-10044 Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1n9d88r
(författare)
-
Spjuth, Ola,Docent,1977-Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)olspj499
(författare)
-
KTHBeräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST)
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Journal of Cheminformatics: Springer Nature12:11758-2946
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Ahmed, Laeeq
-
Alogheli, Hiba
-
Arvidsson Mc Sha ...
-
Alvarsson, Jonat ...
-
Berg, Arvid
-
Larsson, Anders
-
visa fler...
-
Schaal, Wesley, ...
-
Laure, Erwin
-
Spjuth, Ola, Doc ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Läkemedelskemi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
-
Journal of Chemi ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Uppsala universitet