Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-94858" >
Computational Desig...
Computational Design of a Protein-Based Enzyme Inhibitor
-
Procko, Erik (författare)
-
- Hedman, Rickard (författare)
- Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik
-
Hamilton, Keith (författare)
-
visa fler...
-
Seetharaman, Jayaraman (författare)
-
Fleishman, Sarel J. (författare)
-
Su, Min (författare)
-
Aramini, James (författare)
-
Kornhaber, Gregory (författare)
-
Hunt, John F. (författare)
-
Tong, Liang (författare)
-
Montelione, Gaetano T. (författare)
-
Baker, David (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Elsevier BV, 2013
- 2013
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of Molecular Biology. - : Elsevier BV. - 0022-2836 .- 1089-8638. ; 425:18, s. 3563-3575
- Relaterad länk:
-
https://europepmc.or...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- While there has been considerable progress in designing protein-protein interactions, the design of proteins that bind polar surfaces is an unmet challenge. We describe the computational design of a protein that binds the acidic active site of hen egg lysozyme and inhibits the enzyme. The design process starts with two polar amino acids that fit deep into the enzyme active site, identifies a protein scaffold that supports these residues and is complementary in shape to the lysozyme active-site region, and finally optimizes the surrounding contact surface for high-affinity binding. Following affinity maturation, a protein designed using this method bound lysozyme with low nanomolar affinity, and a combination of NMR studies, crystallography, and knockout mutagenesis confirmed the designed binding surface and orientation. Saturation mutagenesis with selection and deep sequencing demonstrated that specific designed interactions extending well beyond the centrally grafted polar residues are critical for high-affinity binding.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- protein-protein interactions
- hot spot
- Rosetta molecular modeling program
- protein engineering and design
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Procko, Erik
-
Hedman, Rickard
-
Hamilton, Keith
-
Seetharaman, Jay ...
-
Fleishman, Sarel ...
-
Su, Min
-
visa fler...
-
Aramini, James
-
Kornhaber, Grego ...
-
Hunt, John F.
-
Tong, Liang
-
Montelione, Gaet ...
-
Baker, David
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Journal of Molec ...
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet