onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-2749"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-2749" > Modeling of the elo...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Björnham, Oscar,1976-Umeå universitet,Institutionen för tillämpad fysik och elektronik (författare)
Modeling of the elongation and retraction of Escherichia coli P pili under strain by Monte Carlo simulations
- Artikel/kapitelEngelska2008
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2007-10-10
- Springer Science and Business Media LLC,2008
- printrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-2749
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-2749URI
- https://doi.org/10.1007/s00249-007-0223-6DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- P pili are fimbrial adhesion organelles expressed by uropathogenic Escherichia coli in the upper urinary tract. They constitute a stiff helix-like polymer consisting of a number of subunits joined by head-to-tail bonds. The elongation and retraction properties of individual P pili exposed to strain have been modeled by Monte Carlo (MC) simulations. The simulation model is based upon a three-state energy landscape that deforms under an applied force. Bond opening and closure are modeled by Bells theory while the elongation of the linearized part of the pilus is described by a worm-like chain model. The simulations are compared with measurements made by force measuring optical tweezers. It was found that the simulations can reproduce pili elongation as well as retraction, under both equilibrium and dynamic conditions, including entropic effects. It is shown that the simulations allow for an assessment of various model parameters, e.g. the unfolding force, energy barrier heights, and various distances in the energy landscape, including their stochastic spread that analytical models are unable to do. The results demonstrate that MC simulations are useful to model elongation and retraction properties of P pili, and therefore presumably also other types of pili, exposed to strain and/or stress. MC simulations are particularly suited for description of helix-like pili since these have an intricate self-regulating mechanical elongation behavior that makes analytical descriptions non-trivial when dynamic processes are studied, or if additional interactions in the rod or the behavior of the adhesion tip needs to be modeled.
Ämnesord och genrebeteckningar
- P pili
- Escherichia coli
- Optical tweezers
- Monte Carlo simulations
- Unfolding
- Force spectroscopy
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Axner, OveUmeå universitet,Institutionen för fysik(Swepub:umu)ovax0001 (författare)
- Andersson, MagnusUmeå universitet,Institutionen för fysik(Swepub:umu)musann96 (författare)
- Umeå universitetInstitutionen för tillämpad fysik och elektronik (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:European Biophysics Journal: Springer Science and Business Media LLC37:4, s. 381-3910175-75711432-1017
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- European Biophysics Journal (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Björnham, Oscar, ...
- Axner, Ove
- Andersson, Magnu ...
- Artiklar i publikationen
- European Biophys ...
- Av lärosätet
- Umeå universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
