Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-129054" >
PDB_REDO :
-
Joosten, Robbie P.
(författare)
PDB_REDO : automated re-refinement of X-ray structure models in the PDB
- Artikel/kapitelEngelska2009
Förlag, utgivningsår, omfång ...
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-129054
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-129054URI
-
https://doi.org/10.1107/S0021889809008784DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Structural biology, homology modelling and rational drug design require accurate three-dimensional macromolecular coordinates. However, the coordinates in the Protein Data Bank (PDB) have not all been obtained using the latest experimental and computational methods. In this study a method is presented for automated re-refinement of existing structure models in the PDB. A large-scale benchmark with 16 807 PDB entries showed that they can be improved in terms of fit to the deposited experimental X-ray data as well as in terms of geometric quality. The re-refinement protocol uses TLS models to describe concerted atom movement. The resulting structure models are made available through the PDB_REDO databank (http://www.cmbi.ru.nl/pdb_redo/). Grid computing techniques were used to overcome the computational requirements of this endeavour.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Salzemann, Jean
(författare)
-
Bloch, Vincent
(författare)
-
Stockinger, Heinz
(författare)
-
Berglund, Ann-CharlottUppmax, SLV, Uppsala Universitet
(författare)
-
Blanchet, Christophe
(författare)
-
Bongcam-Rudloff, ErikUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
(författare)
-
Combet, Christophe
(författare)
-
Da Costa, L
(författare)
-
Deleage, Gilbert
(författare)
-
Diarena, Matteo
(författare)
-
Fabbretti, Roberto
(författare)
-
Fettahi, Geraldine
(författare)
-
Flegel, Volker
(författare)
-
Gisel, Andreas
(författare)
-
Kasam, Vinod
(författare)
-
Kervinen, Timo
(författare)
-
Korpelainen, Eija
(författare)
-
Mattila, Kimmo
(författare)
-
Pagni, Marco
(författare)
-
Reichstadt, Matthieu
(författare)
-
Breton, Vincent
(författare)
-
Tickle, J
(författare)
-
Vriend, Gert
(författare)
-
Uppmax, SLV, Uppsala UniversitetInstitutionen för cell- och molekylärbiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Journal of applied crystallography42, s. 376-3840021-88981600-5767
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Joosten, Robbie ...
-
Salzemann, Jean
-
Bloch, Vincent
-
Stockinger, Hein ...
-
Berglund, Ann-Ch ...
-
Blanchet, Christ ...
-
visa fler...
-
Bongcam-Rudloff, ...
-
Combet, Christop ...
-
Da Costa, L
-
Deleage, Gilbert
-
Diarena, Matteo
-
Fabbretti, Rober ...
-
Fettahi, Geraldi ...
-
Flegel, Volker
-
Gisel, Andreas
-
Kasam, Vinod
-
Kervinen, Timo
-
Korpelainen, Eij ...
-
Mattila, Kimmo
-
Pagni, Marco
-
Reichstadt, Matt ...
-
Breton, Vincent
-
Tickle, J
-
Vriend, Gert
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Journal of appli ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet