Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-147589" >
Linking the Resourc...
Linking the Resource Description Framework to cheminformatics and proteochemometrics
-
- Willighagen, Egon, 1974- (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Wikberg group
-
- Alvarsson, Jonathan (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Farmaceutisk bioinformatik
-
- Andersson, Annsofie (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin,Onkologisk farmakologi och informatik
-
visa fler...
-
- Eklund, Martin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Farmaceutisk bioinformatik; Wikberg group
-
- Lampa, Samuel (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
-
- Lapins, Maris (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Farmaceutisk bioinformatik
-
- Spjuth, Ola (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Farmaceutisk bioinformatik
-
- Wikberg, Jarl (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Farmaceutisk bioinformatik
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2011
- 2011
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of Biomedical Semantics. - 2041-1480. ; 2:Suppl 1, s. 6-
- Relaterad länk:
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- BACKGROUND :Semantic web technologies are finding their way into the life sciences. Ontologies and semantic markup have already been used for more than a decade in molecular sciences, but have not found widespread use yet. The semantic web technology Resource Description Framework (RDF) and related methods show to be sufficiently versatile to change that situation.RESULTS :The work presented here focuses on linking RDF approaches to existing molecular chemometrics fields, including cheminformatics, QSAR modeling and proteochemometrics. Applications are presented that link RDF technologies to methods from statistics and cheminformatics, including data aggregation, visualization, chemical identification, and property prediction. They demonstrate how this can be done using various existing RDF standards and cheminformatics libraries. For example, we show how IC50 and Ki values are modeled for a number of biological targets using data from the ChEMBL database.CONCLUSIONS :We have shown that existing RDF standards can suitably be integrated into existing molecular chemometrics methods. Platforms that unite these technologies, like Bioclipse, makes this even simpler and more transparent. Being able to create and share workflows that integrate data aggregation and analysis (visual and statistical) is beneficial to interoperability and reproducibility. The current work shows that RDF approaches are sufficiently powerful to support molecular chemometrics workflows.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Elektroteknik och elektronik -- Telekommunikation (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Electrical Engineering, Electronic Engineering, Information Engineering -- Telecommunications (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Matematik -- Sannolikhetsteori och statistik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Mathematics -- Probability Theory and Statistics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmakologi och toxikologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Pharmacology and Toxicology (hsv//eng)
Nyckelord
- cheminformatics
- bioclipse
- chembl
- chemometrics
- Bioinformatics
- Bioinformatik
- Datatransmission
- Datatransmission
- Mathematical statistics
- Matematisk statistik
- Bioinformatics
- Bioinformatik
- Pharmacology
- Farmakologi
- Kemi med inriktning mot analytisk kemi
- Chemistry with specialization in Analytical Chemistry
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas