Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-283187" >
The Gypsy Database ...
-
Llorens, Carlos
(författare)
The Gypsy Database (GyDB) of mobile genetic elements : release 2.0.
- Artikel/kapitelEngelska2011
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2010-10-29
-
Oxford University Press (OUP),2011
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-283187
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-283187URI
-
https://doi.org/10.1093/nar/gkq1061DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
This article introduces the second release of the Gypsy Database of Mobile Genetic Elements (GyDB 2.0): a research project devoted to the evolutionary dynamics of viruses and transposable elements based on their phylogenetic classification (per lineage and protein domain). The Gypsy Database (GyDB) is a long-term project that is continuously progressing, and that owing to the high molecular diversity of mobile elements requires to be completed in several stages. GyDB 2.0 has been powered with a wiki to allow other researchers participate in the project. The current database stage and scope are long terminal repeats (LTR) retroelements and relatives. GyDB 2.0 is an update based on the analysis of Ty3/Gypsy, Retroviridae, Ty1/Copia and Bel/Pao LTR retroelements and the Caulimoviridae pararetroviruses of plants. Among other features, in terms of the aforementioned topics, this update adds: (i) a variety of descriptions and reviews distributed in multiple web pages; (ii) protein-based phylogenies, where phylogenetic levels are assigned to distinct classified elements; (iii) a collection of multiple alignments, lineage-specific hidden Markov models and consensus sequences, called GyDB collection; (iv) updated RefSeq databases and BLAST and HMM servers to facilitate sequence characterization of new LTR retroelement and caulimovirus queries; and (v) a bibliographic server. GyDB 2.0 is available at http://gydb.org.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Futami, Ricardo
(författare)
-
Covelli, Laura
(författare)
-
Domínguez-Escribá, Laura
(författare)
-
Viu, Jose M
(författare)
-
Tamarit, DanielUppsala universitet,Molekylär evolution(Swepub:uu)danta608
(författare)
-
Aguilar-Rodríguez, Jose
(författare)
-
Vicente-Ripolles, Miguel
(författare)
-
Fuster, Gonzalo
(författare)
-
Bernet, Guillermo P
(författare)
-
Maumus, Florian
(författare)
-
Munoz-Pomer, Alfonso
(författare)
-
Sempere, Jose M
(författare)
-
Latorre, Amparo
(författare)
-
Moya, Andres
(författare)
-
Uppsala universitetMolekylär evolution
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nucleic Acids Research: Oxford University Press (OUP)39:Database issue0305-10481362-4962
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Llorens, Carlos
-
Futami, Ricardo
-
Covelli, Laura
-
Domínguez-Escrib ...
-
Viu, Jose M
-
Tamarit, Daniel
-
visa fler...
-
Aguilar-Rodrígue ...
-
Vicente-Ripolles ...
-
Fuster, Gonzalo
-
Bernet, Guillerm ...
-
Maumus, Florian
-
Munoz-Pomer, Alf ...
-
Sempere, Jose M
-
Latorre, Amparo
-
Moya, Andres
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Nucleic Acids Re ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet