SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-523994"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-523994" > Points2Regions :

  • Andersson, AxelUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen Vi3 (författare)

Points2Regions : Fast, interactive clustering of imaging-based spatial transcriptomics data

  • BokEngelska

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-523994
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-523994URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:vet swepub-contenttype
  • Ämneskategori:ovr swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Imaging-based spatial transcriptomics techniques generate image data that, once processed, results in a set of spatial points with categorical labels for different mRNA species. A crucial part of analyzing downstream data involves the analysis of these point patterns. Here, biologically interesting patterns can be explored at different spatial scales. Molecular patterns on a cellular level would correspond to cell types, whereas patterns on a millimeter scale would correspond to tissue-level structures. Often, clustering methods are employed to identify and segment regions with distinct point-patterns. Traditional clustering techniques for such data are constrained by reliance on complementary data or extensive machine learning, limiting their applicability to tasks on a particular scale. This paper introduces 'Points2Regions', a practical tool for clustering spatial points with categorical labels. Its flexible and computationally efficient clustering approach enables pattern discovery across multiple scales, making it a powerful tool for exploratory analysis. Points2Regions has demonstrated efficient performance in various datasets, adeptly defining biologically relevant regions similar to those found by scale-specific methods. As a Python package integrated into TissUUmaps and a Napari plugin, it offers interactive clustering and visualization, significantly enhancing user experience in data exploration. In essence, Points2Regions presents a user-friendly and simple tool for exploratory analysis of spatial points with categorical labels. 

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Behanova, AndreaUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen Vi3(Swepub:uu)andbe848 (författare)
  • Avenel, ChristopheUppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen Vi3,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)chrav452 (författare)
  • Windhager, JonasUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen Vi3(Swepub:uu)jonwi709 (författare)
  • Malmberg, Filip,1980-Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen Vi3,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)filma606 (författare)
  • Wählby, Carolina,professor,1974-Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Avdelningen Vi3(Swepub:uu)cli05194 (författare)
  • Uppsala universitetScience for Life Laboratory, SciLifeLab (creator_code:org_t)

Internetlänk

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy