Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:23c121b6-9125-4cb3-b5a2-e8aeb852a85b" >
Proteogenomics of n...
-
Lehtiö, JanneKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
Proteogenomics of non-small cell lung cancer reveals molecular subtypes associated with specific therapeutic targets and immune-evasion mechanisms
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2021-11-22
-
Springer Science and Business Media LLC,2021
-
19 s.
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:23c121b6-9125-4cb3-b5a2-e8aeb852a85b
-
https://lup.lub.lu.se/record/23c121b6-9125-4cb3-b5a2-e8aeb852a85bURI
-
https://doi.org/10.1038/s43018-021-00259-9DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:148601243URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Anmärkningar
-
Despite major advancements in lung cancer treatment, long-term survival is still rare and a deeper understanding of molecular phenotypes would allow the identification of specific cancer dependencies and immune-evasion mechanisms. Here we performed in-depth mass-spectrometry-based proteogenomic analysis of 141 tumors representing all major histologies of non-small cell lung cancer (NSCLC). We identified six distinct proteome subtypes with striking differences in immune cell composition and subtype-specific expression of immune checkpoints. Unexpectedly, high neoantigen burden was linked to global hypomethylation and complex neoantigens mapped to genomic regions, such as endogenous retroviral elements and introns, in immune-cold subtypes. Further, we linked immune evasion with LAG-3 via STK11 mutation-dependent HNF1A activation and FGL1 expression. Finally, we develop a data-independent acquisition mass-spectrometry-based NSCLC subtype classification method, validate it in an independent cohort of 208 NSCLC cases and demonstrate its clinical utility by analyzing an additional cohort of 84 late-stage NSCLC biopsy samples.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Arslan, TanerKarolinska Institute
(författare)
-
Siavelis, IoannisKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Pan, YanboKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Socciarelli, FabioKarolinska Institute
(författare)
-
Berkovska, OlenaKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Umer, Husen M.Karolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Mermelekas, GeorgiosKarolinska Institute
(författare)
-
Pirmoradian, MohammadKarolinska Institute
(författare)
-
Jönsson, MatsLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)medk-mjo
(författare)
-
Brunnström, HansLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Patologi, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Pathology, Lund,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Region Skåne(Swepub:lu)med-hsb
(författare)
-
Brustugun, Odd TerjeOslo university hospital,Vestre Viken Health Trust
(författare)
-
Purohit, Krishna PingankshaUniversity of Edinburgh
(författare)
-
Cunningham, RichardUniversity of Edinburgh
(författare)
-
Foroughi Asl, HassanKarolinska Institutet,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital
(författare)
-
Isaksson, SofiLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-sfi
(författare)
-
Arbajian, ElsaLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-eab
(författare)
-
Aine, MattiasLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-mai
(författare)
-
Karlsson, AnnaLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-akn
(författare)
-
Kotevska, MarijaLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital(Swepub:lu)ma2152ko
(författare)
-
Gram Hansen, CarstenUniversity of Edinburgh
(författare)
-
Drageset Haakensen, VildeOslo university hospital
(författare)
-
Helland, ÅslaugUniversity of Oslo,Oslo university hospital
(författare)
-
Tamborero, DavidKarolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Johansson, Henrik J.Karolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Branca, Rui M.Karolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Planck, MariaLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital(Swepub:lu)onk-mpl
(författare)
-
Staaf, JohanLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)onk-jst
(författare)
-
Orre, Lukas M.Karolinska Institutet,Karolinska Institute
(författare)
-
Karolinska InstitutetKarolinska Institute
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Cancer: Springer Science and Business Media LLC2:11, s. 1224-12422662-1347
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lehtiö, Janne
-
Arslan, Taner
-
Siavelis, Ioanni ...
-
Pan, Yanbo
-
Socciarelli, Fab ...
-
Berkovska, Olena
-
visa fler...
-
Umer, Husen M.
-
Mermelekas, Geor ...
-
Pirmoradian, Moh ...
-
Jönsson, Mats
-
Brunnström, Hans
-
Brustugun, Odd T ...
-
Purohit, Krishna ...
-
Cunningham, Rich ...
-
Foroughi Asl, Ha ...
-
Isaksson, Sofi
-
Arbajian, Elsa
-
Aine, Mattias
-
Karlsson, Anna
-
Kotevska, Marija
-
Gram Hansen, Car ...
-
Drageset Haakens ...
-
Helland, Åslaug
-
Tamborero, David
-
Johansson, Henri ...
-
Branca, Rui M.
-
Planck, Maria
-
Staaf, Johan
-
Orre, Lukas M.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Cancer
- Av lärosätet
-
Lunds universitet
-
Karolinska Institutet