Sökning: onr:"swepub:oai:research.chalmers.se:064df9d5-9fb9-42b1-8e7e-29895be24007" >
Deep learning-based...
-
Li, Feiran,1993Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
(författare)
Deep learning-based k(cat) prediction enables improved enzyme-constrained model reconstruction
- Artikel/kapitelEngelska2022
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2022-06-16
-
Springer Science and Business Media LLC,2022
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:research.chalmers.se:064df9d5-9fb9-42b1-8e7e-29895be24007
-
https://doi.org/10.1038/s41929-022-00798-zDOI
-
https://research.chalmers.se/publication/530988URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Anmärkningar
-
Enzyme turnover numbers (k(cat)) are key to understanding cellular metabolism, proteome allocation and physiological diversity, but experimentally measured k(cat) data are sparse and noisy. Here we provide a deep learning approach (DLKcat) for high-throughput k(cat) prediction for metabolic enzymes from any organism merely from substrate structures and protein sequences. DLKcat can capture k(cat) changes for mutated enzymes and identify amino acid residues with a strong impact on k(cat) values. We applied this approach to predict genome-scale k(cat) values for more than 300 yeast species. Additionally, we designed a Bayesian pipeline to parameterize enzyme-constrained genome-scale metabolic models from predicted k(cat) values. The resulting models outperformed the corresponding original enzyme-constrained genome-scale metabolic models from previous pipelines in predicting phenotypes and proteomes, and enabled us to explain phenotypic differences. DLKcat and the enzyme-constrained genome-scale metabolic model construction pipeline are valuable tools to uncover global trends of enzyme kinetics and physiological diversity, and to further elucidate cellular metabolism on a large scale.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Yuan, Le,1994Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)leyu
(författare)
-
Lu, Hongzhong,1987Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)luho
(författare)
-
Li, Gang,1991Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)gangl
(författare)
-
Chen, Yu,1990Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)cheyu
(författare)
-
Engqvist, Martin,1983Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)marengq
(författare)
-
Kerkhoven, Eduard,1985Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)eduardk
(författare)
-
Nielsen, Jens B,1962Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,BioInnovation Institute (BII)(Swepub:cth)nielsenj
(författare)
-
Chalmers tekniska högskolaBioInnovation Institute (BII)
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Catalysis: Springer Science and Business Media LLC5:8, s. 662-6722520-1158
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Li, Feiran, 1993
-
Yuan, Le, 1994
-
Lu, Hongzhong, 1 ...
-
Li, Gang, 1991
-
Chen, Yu, 1990
-
Engqvist, Martin ...
-
visa fler...
-
Kerkhoven, Eduar ...
-
Nielsen, Jens B, ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Catalysis
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola