A high-density, multi-parental SNP genetic map on apple validates a new mapping approach for outcrossing species

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:slubar.slu.se:79473" > A high-density, mul...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Gustavsson, LarisaSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för växtförädling,Department of Plant Breeding (författare)

A high-density, multi-parental SNP genetic map on apple validates a new mapping approach for outcrossing species

Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2016-11-23
Oxford University Press (OUP),2016
Nature Publishing Group: Open Access Journals - Option B / Nature Publishing Group,2024

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:slubar.slu.se:79473
https://res.slu.se/id/publ/79473URI
https://doi.org/10.1038/hortres.2016.57DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Quantitative trait loci (QTL) mapping approaches rely on the correct ordering of molecular markers along the chromosomes, which can be obtained from genetic linkage maps or a reference genome sequence. For apple (Malus domestica Borkh), the genome sequence v1 and v2 could not meet this need; therefore, a novel approach was devised to develop a dense genetic linkage map, providing the most reliable marker-loci order for the highest possible number of markers. The approach was based on four strategies: (i) the use of multiple full-sib families, (ii) the reduction of missing information through the use of HaploBlocks and alternative calling procedures for single-nucleotide polymorphism (SNP) markers, (iii) the construction of a single backcross-type data set including all families, and (iv) a two-step map generation procedure based on the sequential inclusion of markers. The map comprises 15 417 SNP markers, clustered in 3 K HaploBlock markers spanning 1 267 cM, with an average distance between adjacent markers of 0.37 cM and a maximum distance of 3.29 cM. Moreover, chromosome 5 was oriented according to its homoeologous chromosome 10. This map was useful to improve the apple genome sequence, design the Axiom Apple 480 K SNP array and perform multifamily-based QTL studies. Its collinearity with the genome sequences v1 and v3 are reported. To our knowledge, this is the shortest published SNP map in apple, while including the largest number of markers, families and individuals. This result validates our methodology, proving its value for the construction of integrated linkage maps for any outbreeding species.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Sveriges lantbruksuniversitetInstitutionen för växtförädling (creator_code:org_t)
Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

Ingår i:Horticulture Research: Oxford University Press (OUP)32052-7276

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Horticulture Research (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Gustavsson, Lari ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

Artiklar i publikationen: Horticulture Res ...

Av lärosätet: Sveriges Lantbruksuniversitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se