Single base resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in 188 human genes implications for hepatic gene expression

doi:10.1093/nar/gkw316

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"20187838" > Single base resolut...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Ivanov, Maxim (författare)

Single base resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in 188 human genes implications for hepatic gene expression

E-artikel/E-kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2016

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:20187838
http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-307889uri
urn:nbn:se:uu:diva-307889urn
10.1093/nar/gkw316doi

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

deldatabas:Eplk_tEPLK

Anmärkningar

Published
Vetenskapsrådet
EU, FP7, Sjunde ramprogrammet [267038]
EU, Europeiska forskningsrådet [MJD71]
Carl Tryggers stiftelse för vetenskaplig forskning [CTS15:41]
Karolinska Institutets Forskningsstiftelse [C331601172]
gratis
To improve the epigenomic analysis of tissues rich in 5-hydroxymethylcytosine (hmC), we developed a novel protocol called TAB-Methyl-SEQ, which allows for single base resolution profiling of both hmC and 5-methylcytosine by targeted next-generation sequencing. TAB-Methyl-SEQ data were extensively validated by a set of five methodologically different protocols. Importantly, these extensive cross-comparisons revealed that protocols based on Tet1-assisted bisulfite conversion provided more precise hmC values than TrueMethyl-based methods. A total of 109 454 CpG sites were analyzed by TAB-Methyl-SEQ for mC and hmC in 188 genes from 20 different adult human livers. We describe three types of variability of hepatic hmC profiles: (i) sample-specific variability at 40.8% of CpG sites analyzed, where the local hmC values correlate to the global hmC content of livers (measured by LC-MS), (ii) gene-specific variability, where hmC levels in the coding regions positively correlate to expression of the respective gene and (iii) site-specific variability, where prominent hmC peaks span only 1 to 3 neighboring CpG sites. Our data suggest that both the gene-and site-specific components of hmC variability might contribute to the epigenetic control of hepatic genes. The protocol described here should be useful for targeted DNA analysis in a variety of applications.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Kals, Mart (författare)
Lauschke, Volker (författare)
Barragan, Isabel (författare)
Ewels, Philip (författare)
Kaller, Max (författare)
Axelsson, Tomas (författare)
Lehtio, Janne (författare)
Milani, Lili (författare)
Ingelman-Sundberg, Magnus (författare)
Uppsala universitetMedicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
Uppsala universitetScience for Life Laboratory, SciLifeLab (utgivare)

Sammanhörande titlar

Del av/supplement till:channel record
Ingår i:VärdpublikationNucleic Acids Research44:14, 6756-67690305-1048

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Nucleic Acids Research (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Ivanov, Maxim; Kals, Mart; Lauschke, Volker; Barragan, Isabel; Ewels, Philip; Kaller, Max; visa fler...; Axelsson, Tomas; Lehtio, Janne; Milani, Lili; Ingelman-Sundber ...; visa färre...

Av lärosätet: Swepub_uni:_t

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se