Sökning: WFRF:(Magnusson Patrik K.) >
Ranking and charact...
-
Shungin, Dmitry
(författare)
Ranking and characterization of established BMI and lipid associated loci as candidates for gene-environment interactions
- E-artikel/E-kapitelEngelska2017
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
PUBLIC LIBRARY SCIENCE2017
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:21643251
-
http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-330756uri
-
urn:nbn:se:uu:diva-330756urn
-
10.1371/journal.pgen.1006812doi
Kompletterande språkuppgifter
Ingår i deldatabas
Anmärkningar
-
Published
-
Vetenskapsrådet
-
Hjärt-Lungfonden
-
Novo Nordisk
-
gratis
-
Phenotypic variance heterogeneity across genotypes at a single nucleotide polymorphism (SNP) may reflect underlying gene-environment (GxE) or gene-gene interactions. We modeled variance heterogeneity for blood lipids and BMI in up to 44,211 participants and investigated relationships between variance effects (P-v), GxE interaction effects (with smoking and physical activity), and marginal genetic effects (P-m). Correlations between P-v and P-m were stronger for SNPs with established marginal effects (Spearman's rho = 0.401 for triglycerides, and rho = 0.236 for BMI) compared to all SNPs. When P-v and P-m were compared for all pruned SNPs, only BMI was statistically significant (Spearman's rho = 0.010). Overall, SNPs with established marginal effects were overrepresented in the nominally significant part of the P-v distribution (P-binomial < 0.05). SNPs from the top 1% of the P-m distribution for BMI had more significant P-v values (Pmann-Whitney = 1.46x10(-5)), and the odds ratio of SNPs with nominally significant (< 0.05) P-m and P-v was 1.33 (95% CI: 1.12, 1.57) for BMI. Moreover, BMI SNPs with nominally significant GxE interaction P-values (Pint < 0.05) were enriched with nominally significant P-v values (P-binomial = 8.63x10(-9) and 8.52x10(-7) for SNP x smoking and SNP x physical activity, respectively). We conclude that some loci with strong marginal effects may be good candidates for GxE, and variance-based prioritization can be used to identify them.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Deng, Wei Q.
(författare)
-
Varga, Tibor V.
(författare)
-
Luan, Jian'an
(författare)
-
Mihailov, Evelin
(författare)
-
Metspalu, Andres
(författare)
-
Morris, Andrew P.
(författare)
-
Forouhi, Nita G.
(författare)
-
Lindgren, Cecilia
(författare)
-
Magnusson, Patrik K. E.
(författare)
-
Pedersen, Nancy L.
(författare)
-
Hallmans, Göran
(författare)
-
Chu, Audrey Y.
(författare)
-
Justice, Anne E.
(författare)
-
Graff, Mariaelisa
(författare)
-
Winkler, Thomas W.
(författare)
-
Rose, Lynda M.
(författare)
-
Langenberg, Claudia
(författare)
-
Cupples, L. Adrienne
(författare)
-
Ridker, Paul M.
(författare)
-
Wareham, Nicholas J.
(författare)
-
Ong, Ken K.
(författare)
-
Loos, Ruth J. F.
(författare)
-
Chasman, Daniel I.
(författare)
-
Ingelsson, Erik1975-264196
(författare)
-
Kilpeläinen, Tuomas O.
(författare)
-
Scott, Robert A.
(författare)
-
Magi, Reedik
(författare)
-
Pare, Guillaume
(författare)
-
Franks, Paul W.
(författare)
-
Uppsala universitetMedicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet
(utgivare)
-
Uppsala universitetScience for Life Laboratory, SciLifeLab
(utgivare)
Sammanhörande titlar
-
Del av/supplement till:channel record
-
Ingår i:VärdpublikationPLoS Genetics13:61553-7390
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Shungin, Dmitry
-
Deng, Wei Q.
-
Varga, Tibor V.
-
Luan, Jian'an
-
Mihailov, Evelin
-
Metspalu, Andres
-
visa fler...
-
Morris, Andrew P ...
-
Forouhi, Nita G.
-
Lindgren, Cecili ...
-
Magnusson, Patri ...
-
Pedersen, Nancy ...
-
Hallmans, Göran
-
Chu, Audrey Y.
-
Justice, Anne E.
-
Graff, Mariaelis ...
-
Winkler, Thomas ...
-
Rose, Lynda M.
-
Langenberg, Clau ...
-
Cupples, L. Adri ...
-
Ridker, Paul M.
-
Wareham, Nichola ...
-
Ong, Ken K.
-
Loos, Ruth J. F.
-
Chasman, Daniel ...
-
Ingelsson, Erik ...
-
Kilpeläinen, Tuo ...
-
Scott, Robert A.
-
Magi, Reedik
-
Pare, Guillaume
-
Franks, Paul W.
-
visa färre...
- Av lärosätet
-
Swepub_uni:_t