SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Magnusson Patrik K.)
 

Sökning: WFRF:(Magnusson Patrik K.) > Ranking and charact...

  • Shungin, Dmitry (författare)

Ranking and characterization of established BMI and lipid associated loci as candidates for gene-environment interactions

  • E-artikel/E-kapitelEngelska2017

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • PUBLIC LIBRARY SCIENCE2017

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:21643251
  • http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-330756uri
  • urn:nbn:se:uu:diva-330756urn
  • 10.1371/journal.pgen.1006812doi

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Anmärkningar

  • Published
  • Vetenskapsrådet
  • Hjärt-Lungfonden
  • Novo Nordisk
  • gratis
  • Phenotypic variance heterogeneity across genotypes at a single nucleotide polymorphism (SNP) may reflect underlying gene-environment (GxE) or gene-gene interactions. We modeled variance heterogeneity for blood lipids and BMI in up to 44,211 participants and investigated relationships between variance effects (P-v), GxE interaction effects (with smoking and physical activity), and marginal genetic effects (P-m). Correlations between P-v and P-m were stronger for SNPs with established marginal effects (Spearman's rho = 0.401 for triglycerides, and rho = 0.236 for BMI) compared to all SNPs. When P-v and P-m were compared for all pruned SNPs, only BMI was statistically significant (Spearman's rho = 0.010). Overall, SNPs with established marginal effects were overrepresented in the nominally significant part of the P-v distribution (P-binomial < 0.05). SNPs from the top 1% of the P-m distribution for BMI had more significant P-v values (Pmann-Whitney = 1.46x10(-5)), and the odds ratio of SNPs with nominally significant (< 0.05) P-m and P-v was 1.33 (95% CI: 1.12, 1.57) for BMI. Moreover, BMI SNPs with nominally significant GxE interaction P-values (Pint < 0.05) were enriched with nominally significant P-v values (P-binomial = 8.63x10(-9) and 8.52x10(-7) for SNP x smoking and SNP x physical activity, respectively). We conclude that some loci with strong marginal effects may be good candidates for GxE, and variance-based prioritization can be used to identify them.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Deng, Wei Q. (författare)
  • Varga, Tibor V. (författare)
  • Luan, Jian'an (författare)
  • Mihailov, Evelin (författare)
  • Metspalu, Andres (författare)
  • Morris, Andrew P. (författare)
  • Forouhi, Nita G. (författare)
  • Lindgren, Cecilia (författare)
  • Magnusson, Patrik K. E. (författare)
  • Pedersen, Nancy L. (författare)
  • Hallmans, Göran (författare)
  • Chu, Audrey Y. (författare)
  • Justice, Anne E. (författare)
  • Graff, Mariaelisa (författare)
  • Winkler, Thomas W. (författare)
  • Rose, Lynda M. (författare)
  • Langenberg, Claudia (författare)
  • Cupples, L. Adrienne (författare)
  • Ridker, Paul M. (författare)
  • Wareham, Nicholas J. (författare)
  • Ong, Ken K. (författare)
  • Loos, Ruth J. F. (författare)
  • Chasman, Daniel I. (författare)
  • Ingelsson, Erik1975-264196 (författare)
  • Kilpeläinen, Tuomas O. (författare)
  • Scott, Robert A. (författare)
  • Magi, Reedik (författare)
  • Pare, Guillaume (författare)
  • Franks, Paul W. (författare)
  • Uppsala universitetMedicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
  • Uppsala universitetScience for Life Laboratory, SciLifeLab (utgivare)

Sammanhörande titlar

  • Del av/supplement till:channel record
  • Ingår i:VärdpublikationPLoS Genetics13:61553-7390

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy