Sökning: WFRF:(Olopade Olufunmilayo I) >
Ancestry-shift refi...
-
Stacey, Simon N
(författare)
Ancestry-shift refinement mapping of the C6orf97-ESR1 breast cancer susceptibility locus.
- E-artikel/E-kapitelEngelska2010
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
Public Library of Science2010
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:22512830
-
http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-35468uri
-
urn:nbn:se:umu:diva-35468urn
-
10.1371/journal.pgen.1001029doi
Kompletterande språkuppgifter
Ingår i deldatabas
Anmärkningar
-
Published
-
gratis
-
We used an approach that we term ancestry-shift refinement mapping to investigate an association, originally discovered in a GWAS of a Chinese population, between rs2046210[T] and breast cancer susceptibility. The locus is on 6q25.1 in proximity to the C6orf97 and estrogen receptor alpha (ESR1) genes. We identified a panel of SNPs that are correlated with rs2046210 in Chinese, but not necessarily so in other ancestral populations, and genotyped them in breast cancer case:control samples of Asian, European, and African origin, a total of 10,176 cases and 13,286 controls. We found that rs2046210[T] does not confer substantial risk of breast cancer in Europeans and Africans (OR = 1.04, P = 0.099, and OR = 0.98, P = 0.77, respectively). Rather, in those ancestries, an association signal arises from a group of less common SNPs typified by rs9397435. The rs9397435[G] allele was found to confer risk of breast cancer in European (OR = 1.15, P = 1.2 x 10(-3)), African (OR = 1.35, P = 0.014), and Asian (OR = 1.23, P = 2.9 x 10(-4)) population samples. Combined over all ancestries, the OR was 1.19 (P = 3.9 x 10(-7)), was without significant heterogeneity between ancestries (P(het) = 0.36) and the SNP fully accounted for the association signal in each ancestry. Haplotypes bearing rs9397435[G] are well tagged by rs2046210[T] only in Asians. The rs9397435[G] allele showed associations with both estrogen receptor positive and estrogen receptor negative breast cancer. Using early-draft data from the 1,000 Genomes project, we found that the risk allele of a novel SNP (rs77275268), which is closely correlated with rs9397435, disrupts a partially methylated CpG sequence within a known CTCF binding site. These studies demonstrate that shifting the analysis among ancestral populations can provide valuable resolution in association mapping.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Sulem, Patrick
(författare)
-
Zanon, Carlo
(författare)
-
Gudjonsson, Sigurjon A
(författare)
-
Thorleifsson, Gudmar
(författare)
-
Helgason, Agnar
(författare)
-
Jonasdottir, Aslaug
(författare)
-
Besenbacher, Soren
(författare)
-
Kostic, Jelena P
(författare)
-
Fackenthal, James D
(författare)
-
Huo, Dezheng
(författare)
-
Adebamowo, Clement
(författare)
-
Ogundiran, Temidayo
(författare)
-
Olson, Janet E
(författare)
-
Fredericksen, Zachary S
(författare)
-
Wang, Xianshu
(författare)
-
Look, Maxime P
(författare)
-
Sieuwerts, Anieta M
(författare)
-
Martens, John W M
(författare)
-
Pajares, Isabel
(författare)
-
Garcia-Prats, Maria D
(författare)
-
Ramon-Cajal, Jose M
(författare)
-
de Juan, Ana
(författare)
-
Panadero, Angeles
(författare)
-
Ortega, Eugenia
(författare)
-
Aben, Katja K H
(författare)
-
Vermeulen, Sita H
(författare)
-
Asadzadeh, Fatemeh
(författare)
-
van Engelenburg, K C Anton
(författare)
-
Margolin, Sara
(författare)
-
Shen, Chen-Yang
(författare)
-
Wu, Pei-Ei
(författare)
-
Försti, Asta
(författare)
-
Lenner, Per
(författare)
-
Henriksson, Roger
(författare)
-
Johansson, Robert
(författare)
-
Enquist, Kerstin
(författare)
-
Hallmans, Göran
(författare)
-
Jonsson, Thorvaldur
(författare)
-
Sigurdsson, Helgi
(författare)
-
Alexiusdottir, Kristin
(författare)
-
Gudmundsson, Julius
(författare)
-
Sigurdsson, Asgeir
(författare)
-
Frigge, Michael L
(författare)
-
Gudmundsson, Larus
(författare)
-
Kristjansson, Kristleifur
(författare)
-
Halldorsson, Bjarni V
(författare)
-
Styrkarsdottir, Unnur
(författare)
-
Gulcher, Jeffrey R
(författare)
-
Hemminki, Kari
(författare)
-
Lindblom, Annika
(författare)
-
Kiemeney, Lambertus A
(författare)
-
Mayordomo, Jose I
(författare)
-
Foekens, John A
(författare)
-
Couch, Fergus J
(författare)
-
Olopade, Olufunmilayo I
(författare)
-
Gudbjartsson, Daniel F
(författare)
-
Thorsteinsdottir, Unnur
(författare)
-
Rafnar, Thorunn
(författare)
-
Johannsson, Oskar T
(författare)
-
Stefansson, Kari
(författare)
-
Umeå universitetMedicinska fakulteten268483
(utgivare)
-
Umeå universitetMedicinska fakulteten268483
(utgivare)
Sammanhörande titlar
-
Del av/supplement till:channel record
-
Ingår i:VärdpublikationPLoS genetics6:7, e10010291553-7404
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Stacey, Simon N
-
Sulem, Patrick
-
Zanon, Carlo
-
Gudjonsson, Sigu ...
-
Thorleifsson, Gu ...
-
Helgason, Agnar
-
visa fler...
-
Jonasdottir, Asl ...
-
Besenbacher, Sor ...
-
Kostic, Jelena P
-
Fackenthal, Jame ...
-
Huo, Dezheng
-
Adebamowo, Cleme ...
-
Ogundiran, Temid ...
-
Olson, Janet E
-
Fredericksen, Za ...
-
Wang, Xianshu
-
Look, Maxime P
-
Sieuwerts, Aniet ...
-
Martens, John W ...
-
Pajares, Isabel
-
Garcia-Prats, Ma ...
-
Ramon-Cajal, Jos ...
-
de Juan, Ana
-
Panadero, Angele ...
-
Ortega, Eugenia
-
Aben, Katja K H
-
Vermeulen, Sita ...
-
Asadzadeh, Fatem ...
-
van Engelenburg, ...
-
Margolin, Sara
-
Shen, Chen-Yang
-
Wu, Pei-Ei
-
Försti, Asta
-
Lenner, Per
-
Henriksson, Roge ...
-
Johansson, Rober ...
-
Enquist, Kerstin
-
Hallmans, Göran
-
Jonsson, Thorval ...
-
Sigurdsson, Helg ...
-
Alexiusdottir, K ...
-
Gudmundsson, Jul ...
-
Sigurdsson, Asge ...
-
Frigge, Michael ...
-
Gudmundsson, Lar ...
-
Kristjansson, Kr ...
-
Halldorsson, Bja ...
-
Styrkarsdottir, ...
-
Gulcher, Jeffrey ...
-
Hemminki, Kari
-
Lindblom, Annika
-
Kiemeney, Lamber ...
-
Mayordomo, Jose ...
-
Foekens, John A
-
Couch, Fergus J
-
Olopade, Olufunm ...
-
Gudbjartsson, Da ...
-
Thorsteinsdottir ...
-
Rafnar, Thorunn
-
Johannsson, Oska ...
-
Stefansson, Kari
-
visa färre...
- Av lärosätet
-
Swepub_uni:_t