Gene Ontology-based Semantic Alignment of Biological Pathways by Evolutionary Search

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Gamalielsson Jonas) > Gene Ontology-based...

Gamalielsson, JonasHögskolan i Skövde,Institutionen för kommunikation och information (författare)

Gene Ontology-based Semantic Alignment of Biological Pathways by Evolutionary Search

Artikel/kapitelEngelska2008

Förlag, utgivningsår, omfång ...

World Scientific Publishing,2008
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:his-2333
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:his:diva-2333URI
https://doi.org/10.1142/S0219720008003631DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Electronic version of an article published as Journal of Bioinformatics and Computational Biology (JBCB) Year: 2008 Vol: 6 Issue: 4 (August 2008) Page: 825 - 842] [Article DOI: 10.1142/S0219720008003631] © copyright World Scientific Publishing Company[http://www.worldscinet.com/jbcb/jbcb.shtml]
A large number of biological pathways have been elucidated recently, and there is a need for methods to analyze these pathways. One class of methods compares pathways semantically in order to discover parts that are evolutionarily conserved between species or to discover intraspecies similarities. Such methods usually require that the topologies of the pathways being compared are known, i.e. that a query pathway is being aligned to a model pathway. However, sometimes the query only consists of an unordered set of gene products. Previous methods for mapping sets of gene products onto known pathways have not been based on semantic comparison of gene products using ontologies or other abstraction hierarchies. Therefore, we here propose an approach that uses a similarity function defined in Gene Ontology (GO) terms to find semantic alignments when comparing paths in biological pathways where the nodes are gene products. A known pathway graph is used as a model, and an evolutionary algorithm (EA) is used to evolve putative paths from a set of experimentally determined gene products. The method uses a measure of GO term similarity to calculate a match score between gene products, and the fitness value of each candidate path alignment is derived from these match scores. A statistical test is used to assess the significance of evolved alignments. The performance of the method has been tested using regulatory pathways for S. cerevisiae and M. musculus.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
Bioinformatics
Bioinformatik

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Olsson, Björn,1962-Högskolan i Skövde,Forskningscentrum för Systembiologi,Institutionen för vård och natur(Swepub:his)olsb (författare)
Högskolan i SkövdeInstitutionen för kommunikation och information (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Journal of Bioinformatics and Computational Biology: World Scientific Publishing6:4, s. 825-8420219-72001757-6334

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Gamalielsson, Jo ...; Olsson, Björn, 1 ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

Artiklar i publikationen: Journal of Bioin ...

Av lärosätet: Högskolan i Skövde

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se